實際直隸君主部門
實際直隸君主部門為東寧的中央政府組織，類似中華民國的一府五院的概念，東寧共有一閣一軍一監四院直屬於君王。
內閣
君主攝政部門、最高行政部門，首長為內閣首輔，下有平章事、參知事各15人，其成員皆由大議院國務議員從中選出組成，向大議院負責，另外還下轄直屬之機務房廳、委員會、特別機關等部門單位(如新聞廳、原住民委員會等)。前身為中書科，本為秘書單位，後成為諮詢顧問機關，不過因為各部級行政機關(如吏務部、中務部、度支部等)名義上還是直屬於東寧君主，而其內閣成員可兼任各國務部尚書、侍郎，所以內閣其實就像是在各部上「加蓋」一樣，最終在近現代成為代理君主的機關。
大議院
最高立法部門，有國務議員202名，其皆由具選舉權之國民選出，並從中推派出大議院正副首長大議院院長、副院長以及內閣成員。前身為都察院與全國協商局，在東寧進行西化改革後成為國會，並在後續增加重要性與影響力。而在成立之初因缺乏原都察院之部份機能，因此特設觀察使，進行行政監察、選舉監管，後來成為常設，審計、申訴等事務也包括其中，觀察使員額20至30名不定，是由行政機關委任，但只向議會報告。
大理院
最高司法部門，由最高推官12名組成，由內閣首輔提名，其中2名分別擔任正副首長大理院院長、副院長，下轄東寧各級審理所，其他10名最高推官負責進行解釋憲法、律法。前身為審理所，只處理宗室、宮中紀律、案件覆核，近代改革後從刑部、都察院承接所有審判職能，處理全國上下各級各司法審判事務。
全東寧國軍
最高軍事部門，但僅名義上存在，東寧君主世襲總統招討大將軍統率軍隊，實際上是由下屬之總參謀部、陸軍部、海軍部、空軍部等軍事機關主導指揮、規劃、管理等事務，並且總帥權由防務部官員代理君主來行使，閱兵時會象徵性交還君王。
儲賢院
最高學術部門，首長為儲賢院院長，由內部會議選出，下轄各館科所等，前身為儲賢館，為人才儲備、培訓與修編文書之機關，後在近代轉變為學術研究機關，聘用各界有才之專業學者，為國家與學界進行研究。
承宣院
君主諮詢部門，首長為承宣院長，下有員額不定之承宣使以及由諸行政機關首長兼任之承宣知事，皆由君主直接任命。前身為承宣使司，為處理君主與各部門之間的文書、其重要性本來愈來愈低，甚至時常被內閣成員兼任，直到後來因為內閣的性質變化，使君主實質缺乏諮詢機關，因此將承宣使司改制為承宣院，專為君主，成員除現任行政長官外，大多為退休官員、將領。
內侍監
君主侍務部門，首長為內侍監監正，處理君主、親族、宮中、祭祀等事務，其為所有實際直隸君主部門之中最特殊，其財政運用自給自足，在國會預算審核中只需編列1圓，也因此內部之人事選任、考核幾乎完全自主，不受外部干涉，被視為是最封閉的政府部門。
