寧清戰爭
一、東寧的走私天下
在十八世紀，東寧官方與民間在中國沿海建立起廣大的走私網絡，遍布浙閩粵三省，甚至延伸海外到東南亞，以此滿足東寧的兩大需求：人與貨物。
也可以說只有一種，如果把人當成貨物的話。
由於東寧在十八世紀時仍有大片未開發的土地，但人口數無法快速開拓這些土地，因此不少勳貴仕紳想要圈地卻因缺工而無法墾地，也因此就產生了對勞動力的大量需求，而國內沒有，那就進口。這使得東寧用盡各種辦法讓福建廣東的居民渡海來島，也就產生兩岸官方許可的「客工制度」，讓唐山人可以合法來到東寧打工，但此制度是有名額限制，且須造冊管制，根本供不應求，最後也就變成合法掩護非法的存在，偷渡非法登島的打工仔仍佔多數。這些人也有不少就直接定居在東寧，成為了「歸化民」。要成為歸化民也不困難，找幾個東寧國子民作保後向地方衙門申請，再繳點規費，就可以剪辨子換漢服成為堂堂正正的東寧國國民，並且合法擁有土地，這是最吸引這些開拓者們入籍的原因，也因此歸化民一個拉一個的互相作為保證人，大量充實東寧的人口。到了1780年，東寧已有80萬人口，是一百年前的4倍，其中歸化民就超過一半，此外還有難以估計的客工數量，約在10~20萬之間。也因為出現只有大量男性的社會環境下，想要成家立業成為困難的事，也就有大量對女性的需求，連帶著關於女性的人口販運變得相當猖狂，每年都有數千名女性被販運到東寧，甚至出現漳泉沿海的家庭不殺女嬰的情況，直接賣給人蛇集團。
而要讓每年運送數千數萬人渡海往返兩岸的走私系統可以運作，除了有東寧官民的投資，自然也需要有可以在中國執行的龐大的組織與勢力，而源自中國的會黨結社便承擔這項任務，不少客工領袖本身就是會黨幹部，也才能有人脈為雇主們引進大量客工。當然這對東寧並非毫無弊端，大規模的人口流動就帶來了瘟疫，以及因為身份問題導致的大量客工械鬥，東寧就有不少官員認為應當嚴禁走私，還打算從贌港來開刀，永除後患。但是土地開發帶來的利益更加龐大，並且不只牽涉到單純的地主們，還有宗室、貴族、文武官員，甚至是自己的同事，最後這些諫言在巨大利益鏈之下都是不了了之的，成為官方默許的行為，頂多固定時間作作樣子大規模把想回家的非法客工免費送回去，當作官爺們有在緝私。
當然要管理這些有大量黑數的客工們也是有困難，因此東寧官府便從他們的客工領袖下手，客工領袖們被官方稱為「工頭」，本身必須為合法客工或是歸化民，會被造冊登記，負責管理數十到數百的客工，並代理這些沒記錄的韭菜們徵收人頭稅與各種規費，客工的各種日常事務，如生病、受傷、死亡也都由工頭負責管理，而當然客工們作亂時官府也都是先找有名有姓的工頭算帳，小事就叫工頭把犯人抓出來給官府，大事則不只工頭自己的人頭會掉，連歸化時的保證人們也都會被牽扯進來。在這種粗略的管理方式下，多少算是讓工頭們會盡力約束自己底下的客工們不作亂，減少東寧的治安問題。
不過除了東寧的投資贊助、會黨的仲介與運作，走私也是需要滿清官府的閉上眼睛裝作沒看見，但這很簡單了，給錢就好。為了避免走私系統在中國遭到大規模緝捕，東寧對中國沿海文武官員行賄可以說是家常便飯，甚至後來還光明正大的以「救難銀」的名義「感謝」中國官員。因為不只是救援失事商船與人員的時候會感謝，就連幫忙找回東寧商人不小心「丟失」的商品貨物也會收到救難銀，但實際上這些「遺失物」根本不存在，是由滿清官員事先準備的各種高價位珍品，再拿來「歸還」給東寧商人，然後就可以拿到跟那些商品差不多價錢的「救難銀」。
最後，東寧就這樣藉由強盛的水師艦隊與龐大的走私網成為了十八世紀東亞海上最強的商業巨頭，不論是呂宋夷、紅毛番、英圭黎、佛朗哥都要看東寧王的臉色，由過去的山海十商與勳貴私人商隊整合而成的「戶部貿易局」變成為了東方的東印度公司，為東寧賺取無法估計、上百千萬的銀兩收入，讓不到百萬人口的小國財政歲入可以與中國的一省相當。
但也因為這樣，將為東寧帶來災禍。
二、世子登基
三、會案與走向開戰肅宗鄭邦煦(Tēnn Pang-ù)為仁宗嫡子，年少時積極勤學，不怠學享樂，時常與士人學習與討論各種知識，並且受到他的老師——擔任世子紀善陳仲吉的影響，對天文、西學皆有接觸，與在宮廷服務的傳教士有頻繁交流，而肅宗也在仁宗臥病在床後以世子的身份攝政，開始將自己所學的知識用於對國家未來的規劃，並代理父王仁宗處理政事。這位年輕的監國世子立刻就展開了自身手腳。首先是黨爭問題，傳統的勳貴-武官集團、宗室集團以及士大夫，是立國一直以來的政治格局，而士大夫儘管在抑制前兩者的勢力時有著重大的功用，但仁宗時期卻分化出了北黨與南黨，這是因為士大夫逐漸形成的兩大團體造成的分裂，北黨繼承朱子學與陽明學，調和於兩說之間，在施政上也較保守，並以「澄社」為團體核心，根據地位於京城北側，故稱北黨；南黨則主張新興的「實學」，由前工部主事蔣律建立起完整的學術脈絡，思想較屬開放，經世致用為首要，並受到西學的影響，在政策上也較為激進，主張改革社會制度，在外交上也曾主張南征呂宋，以「湖社」為團體核心，根據地位於京城南側，故稱南黨。而不同的政治與學說主張也就導致兩方在官場上互相排斥明爭暗鬥。儘管在仁宗時期，兩黨逐漸形成與對立，仁宗算是不願偏頗兩邊，在一定程度上緩解兩方紛爭，但肅宗成為監國後，與之親近的南黨便在陳仲吉的主導下，大力排擠北黨，很快就被驅離出決策圈，使得兩黨形勢再度惡化，並讓北黨只好開始依附勳武集團。但同時肅宗也藉此擴展了自身權威，為自己登基做準備。不久後，1790年春，仁宗也隨之賓天，肅宗登基。而後肅宗更加重用南黨，備受肅宗重用的陳仲吉掌管戶部後，權勢也迅速攀升，朝中幾乎無人能制，一君一臣成為短短幾年內就鞏固了自己的地位。
由於和中國會黨群眾長年與東寧密切合作，從走私中獲取不少利益，像天地會就藉此匯集不少作為起義反清的資金，但1792年以天地會為首的泉州起義，雖然聲勢浩大，但缺乏組織性，很快就被鎮壓而失敗，此時不少會黨幹部偷渡逃入東寧，也就產生「天地會案」，簡稱「會案」。儘管東寧為避免爭議，很快抓捕了幾名天地會成員後引渡回中國，打算切割關係，但閩浙總督伍拉納卻上報乾隆帝，聲稱東寧官方背地裡提供天地會資金並煽動叛亂、綁架婦女幼童、走私鴉片食鹽等，使東寧長年以來在中國運作的地下走私網絡系統問題驚動了滿清朝廷，建議應當懲罰東寧，要求封閉海關、召回東寧內所有客工，隨後乾隆帝也同意此事，下令對東寧進行貿易制裁。此舉便立刻毫無疑問地對東寧經濟造成打擊，在事態不妙的情況下肅宗也派出以禮部正堂洪寧宣為首的使節團前往北京辯駁，甚至不惜帶數十萬銀兩賄賂乾隆帝與中央各官，希望趕快結束紛爭，但乾隆帝早已知曉東寧藉由商貿獲得龐大財富，這名帶頭貪汙、搜刮民脂民膏的「一代明君」自然不會放過這次拿錢的機會，他與他的寵臣和坤直接向使節團勒索了遠超帶來白銀數量——大約500萬兩。因為龐大的勒索費，讓使節團的無功而返，也使東寧朝廷充滿混亂與議論，雖然500萬兩不是奏不出來，但此時肅宗相當憤怒，在與內閣、六官議論後，已經決定開始走向強硬的對策，之後召開參贊機務會議時肅宗詢問水師總督杜亮懷，東寧水師是否有能力抗衡滿清水師，杜亮懷回答清軍水師頂多只能緝捕海寇，船弱砲少，只要指揮妥當，東寧水師絕對有能力可以消滅中國長江以南所有的水上力量。肅宗聽完後大悅，指示準備戰備與制訂計畫，陳仲吉亦同樣支持，並開始對滿清進行「報復」，那就是進行海上破交。1792年秋，東寧戰船便於中國沿海進行大規模的掠奪，大量商船與港口都遭洗劫，北從浙江南至廣州皆是如此，損失難以估計，也影響了中國南北運輸，造成中國沿海省份的民生也出現問題，而得不到東寧屈服，還目中無天朝，乾隆帝便憤怒的下令開始備戰征討東寧，將動員中國東南數個省份。然而曾經與東寧一同剿過海盜的清朝將領幾乎都明白兩者的差距，清朝水師幾乎還滯留在100年前，要與東寧進行海戰是幾乎不可能的事情，因此福建水師提督蔡攀龍上奏應當嚴守海岸，而非直接出海征討，結果被痛斥後革替，改由哈當阿接任，開始在廈門集結操練福建水師，並調撥廣東水師鎮守潮州，兩國之間的關係過了百餘年再次劍拔弩張了起來。於此同時，東寧在得知清軍備戰的消息後，決定先發制人，東亞海上最強艦隊將要直接殺過來了。
四、東方納爾遜的摧枯拉朽
杜亮懷，字光遠，萬年州人，生於1741年，家族為世襲軍戶，父親擔任過水師中階軍官，在父親去世後也就繼承其道路，不過杜亮懷的智才出眾，也參與了數次前往海外剿寇的行動，儘管東寧軍隊制度正逐漸僵化，但正好遇上東寧水師在1760年代以後出現的革新化，因此晉升算是很快，最終在50歲時以水師二鎮總兵官的身份兼任「水師總督」，水師總督雖在表面上是一個沒有品級的差遣職，但實際上如同是東寧水師總司令。這位杜總督剛新上任不久後便獲得了一份重大任務，那就是準備與大清帝國開戰的戰略規劃，隨後清軍水師開始備戰操練後，東寧肅宗也直接任命杜亮懷為「水陸總督」，以因應瀕臨戰爭的局勢，這意味著不只是水師，就連部分陸師也歸入杜亮懷之下進行統籌，明確表明他將會是接下來戰爭爆發時的大統帥。
1793年3月，杜亮懷完成整軍戰備與對中國沿海的偵查完畢後，在和肅宗、朝廷、參贊機務會議議論後，便決定率軍出征，杜亮懷親率東寧五鎮水師以及其他陸師，共1萬5000人從鹿耳門港出發，停留澎湖一天後，向廈門航行而去，於拂曉之時，寧清戰爭的第一場戰役——廈門海戰就此展開。
此時身兼福建陸路、水師提督哈當阿收到東寧軍來襲的消息時，還以為只是刺探敵情的騷擾船，只派出幾艘戰船去應付，因為福建水師的大部份戰船就集中在廈門，東寧的大軍應該不可能就這樣莽撞的直衝而來，這也是為了避免清軍戰船分散各處而遭各個擊破。但是灰塵始終是灰塵，聚在一起只不過是變得容易清掃，隔日哈當阿驚覺東寧大軍真的來了後雖立刻下令全軍出擊，可此時東寧軍早就迅速的將金門島上的砲台炸爛，安心的在料羅灣佈陣，並與傾力而出的福建水師正面應戰。僅管東寧五鎮水師也就約五、六千人的規模而已，但仿造洋船的東寧戰船遠比清軍還要來的大，艦炮數量與也是遠遠多，甚至可以說是當時遠東最強大的海上艦隊，就連西班牙與荷蘭都畏而屈之，毫無疑問的，廈門海戰的結果便是在杜亮懷的親自指揮下在一天之內將福建水師覆滅，東寧水師則死傷不足百人，隨後東寧軍登陸廈門島，人就在廈門的哈當阿見狀立刻出逃，廈門島也就快速的陷落了，之後東寧軍趁勝追擊，一周內陸續掃蕩廈門周遭地區，同安縣、馬巷廳、海澄縣等城皆陷。
而儘管水師被殲，但哈當阿依然對陸戰頗有信心，因為他認為東寧軍的兵力不多，只要調動大量軍隊，就算不能打敗，也能逼迫東寧退軍，因此開始調動閩北各鎮陸師在泉州組織反攻，打算要和漳州鎮聯合在陸上向同安夾擊，而此時閩浙總督伍拉納也率督標至泉州坐鎮。結果杜亮懷並不打算打陸戰，棄守廈門灣沿岸，將軍隊撤回廈門、金門後，命副總督翁林爽文鎮守當地，加強這兩島的防禦，臨時建築了不少砲台與防禦工事，而自己則是直接率領水師進攻閩粵交界的銅山島、南澳島，將當地嚴陣以待的廣東水師直接殲滅，徹底解除東寧本土可能被攻擊的威脅。
回到廈門後，杜亮懷很快又進行了下一波攻勢，在清軍企圖在廈門灣沿岸重新建立陣地時，其率領水師北上泉州，轟爛了崇武要塞，封鎖泉州灣後派遣陸師登陸，將灣岸周圍砲台摧毀，小型軍船沿晉江而上侵擾泉州城，作勢要準備進攻泉州城，哈當阿只好分兵回防泉州，然而杜亮懷卻又高歌離席泉州灣向北進攻海壇島(平潭)，殲滅海壇鎮，確保了東寧北部的安全(因為是離東寧最近)，最後才回到廈門島暫時整頓。
不到兩個月的時間內，清軍根本毫無對策應付這支海上雄獅，廈門、南澳銅山、泉州灣、海壇慘敗的消息傳回了北京，這讓乾隆帝大怒，也讓朝廷群臣對於原本東寧侵擾行為的共識從認為是「當倭寇來取利」一致變成了是要再次「反清復明」，使得乾隆帝決定趕緊要求還在西藏的福康安趕快前往東南，授予他為閩浙總督來統理對東寧的戰事，並從中央加派兩萬軍隊，其中包括健銳營與察哈爾八旗，誓言要撲滅這些反賊。
於此同時，杜亮懷回到廈門後與諸將策畫針對廈門灣周圍的清軍，原本清軍打算要在沿岸建立臨時堡壘並進駐重兵以此封鎖廈門灣，但因為泉州遭到襲擊，加上閩南各地開始發生會黨引起的民變，讓清軍不得不再次分兵，使得廈門附近的兵力剩下2萬人，其中福建陸師的主力也在內，東寧的陸師將領便認為這是可以趁機個個擊破、掃蕩守軍的機會，儘管身為總督的杜亮懷認為這是沒有必要的，但光是一個水師總兵騎在頭上就讓陸師將領們很不是滋味了，考量到這種傳統的軍種對立問題，最後杜亮懷還是採定了這項行動，至少讓這陸師可以有些表現，好讓之後的作戰可以讓陸師願意協同合作。
在五月初，東寧軍再度出擊了，在水師的砲火掩護下登陸了靠近廈門的集美、杏林等地，並運用大量火炮猛烈轟擊堡壘，臨時建築的堡壘很快就被摧毀，此時哈當阿決定進行近戰或許還有一戰的可能，因此決定親自率兵迎擊，但結果卻是同樣被東寧火炮摧毀了攻勢，更不用說他們的對手是以親軍為首的東寧精銳主力，就算是近身戰也不是對手，清軍一舉就被擊潰，哈當阿也因此戰死，兩週之內清軍在陸上潰敗，暫時還是閩浙總督的伍拉納棄守廈門周圍地區，清軍殘部撤回了漳州與泉州兩地府城，將在一段時間內無法再對廈門有所威脅。
這時杜亮懷算是完成了他的戰略計畫第一階段——在廈門建立進攻基地。東寧軍也暫時進行約一個月的整修與補給，同時也為彌補兵力較少的劣勢，開始藉由會眾來招募「義師」，大量會黨在閩粵各地引發騷動，造成清軍不少麻煩，漳浦縣城還直接被會眾起義掀掉，而一些願意直接聽從東寧軍指揮的則被編組為「義勇鎮」，儘管素質不高，來源也人蛇混雜，但一個月內歸附成軍者就有一萬多人，義勇的番號一口氣來到義勇十鎮，分散於福建內陸各處。
位在東寧的肅宗大悅到睡不著，稱杜亮懷為百年未有之大功，直接晉正一品階，冊封為伯爵、授太保，並且加派軍隊與更多資源前往中國支援杜亮懷，還派遣戶部侍郎劉應熊協助已經進駐廈門負責監軍的兵部郭廷機， 並授任福建宣慰使，總理佔領區政務，進行長期作戰的準備。而陳仲吉也藉由此次的大勝，更加鞏固權力，將自己的政敵、反對者、異見者通通排除，被自己的人馬替換掉，成為東寧歷史上少見的權臣，然而這也是日後陳仲吉快速失勢的原因。
而當福康安、北方援軍趕到來福建的六月之時，杜亮懷也率領水師、八鎮陸師，共約一萬兩千人，從廈門出海再度北征，先是在閩江口清掃駐防八旗漢軍水師與剩下的福建水師後，繼續北上，沿途的溫州、台州，當地水師不是被殲就是避戰。到七月，東寧水師抵達寧波外海，並對舟山守軍定海鎮發動進攻潰敗守軍，東寧軍順利佔領舟山群島，並隨後襲擊乍浦與鎮海的軍營要塞將其摧毀，得以封鎖杭州灣，並成功的距離杜亮懷的目標已經沒有多遠了，而那個目標便是——封鎖大運河。
東寧之所以會主動開啟戰事，除了早就瀕臨戰爭邊緣，所以倒不如先下手為強，另一方面便是希望取得對於中國富貴的江南地區的諸多貨品對外輸出的壟斷權，這概念有點類似於英國的航海法案，將中國東南沿海的航海、運輸事業給囊括其中，尤其是江南到廣東的海上事業，這將能夠實質上的將半個中國海岸給控制住，能夠藉此獲得的財富也不用說，當然是天文數字。
也因此當東寧派遣使者向福康安給予議和書時，雖然表示依然希望當個朝貢國，並將走私事件推的一乾二淨，說明東寧同樣倍受走私之害，國內有人勾結走私可以除，但走私都是來自中國，東寧管不到對岸，所以走私才會一直氾濫而無法根除，然後提出了解決辦法，也就是和談條件：設立『總理海防捕盜衙門』，讓東寧水陸鎮營可以光明正大的進駐中國沿海，協防清朝剿匪緝私，方可三年內緝私根絕寇匪。
到這個時候，清朝才有人終於明白東寧搞了這大事背後到底是在想什麼了。福康安也很快就知道東寧其實是在覬覦中國的財富，水師北上也是為了封鎖大運河，來藉此逼迫北京中央屈服，意識到大事不妙的福康安緊急上奏乾隆帝，請求使用大絕——遷界令，打算要以拖待變，要讓東寧無利可圖，最後以此逼降。但是這項策略卻讓朝廷內部激辯，因為遷界令涉及的層面相當廣泛，此時清朝統治已經不能再像一百年前那樣暴力執行，現在實施有可能會造成民生困頓與衍生出新的動盪，所以也開始有官員提議應當採取折衷，進行一定程度的固壁清野，而目標則從「逼降」改為「安撫」，只要東寧撤軍並派遣使節為會案致歉就可以一筆勾銷，恢復到戰前狀態。
但就在清朝內部爭辯之時，杜亮懷已經在八月掃蕩長江口，使得整個江南官民人仰馬翻，在此之前兩江總督書麟嘗試提議停戰，來進行緩兵之計，但杜亮懷已讀不回，最後是找了江南紳商們湊集50萬銀兩給予東寧當作停戰費，並在隨軍的監軍兵部郭廷機要求下，杜亮懷方才不得不同意暫停作戰一個月，而期限已到，將會隨時下令水師進軍，準備長驅直入前往揚州與鎮江。
可就在這樣關鍵的時刻，東寧本土卻發生大事變。
五、事變與虎頭蛇尾
七月底，肅宗突然染病發燒，陳仲吉找來了洋醫，用放血療法來醫治，結果病況更加嚴重，就這樣，這位具有雄才壯志的君主還未施展拳腳，在八月初直接賓天了，共計在位三年多。
因為那個洋醫就是自己請來的，當初為了搞政治鬥爭，而拿醫治前朝仁宗不力的事情來打擊政治對手，並從外國聘請了洋醫來擔任宮廷御醫，結果現在直接把小病醫成死人，這時陳仲吉知道自己大概是百分之兩百快要完蛋了，趕緊把洋醫給刣了，傳喚原本的大夫醫生們進宮，要脅開設偽證肅宗是因奇病而猝死，打算拖個幾天再宣布肅宗回天乏術。
可是宮廷一直都是宗室、勳貴們的地盤，君主駕崩的事情要藏根本藏不住，不到兩天，就已經傳到宗室、勳貴、反對陳仲吉的政治異見者們通通都知道了，海量的憤怒反對派共同以蔡太妃為首，下令抓捕陳仲吉，儀衛司跟幾隻留守東寧本土的軍隊立刻聽命，進入皇宮內要捉拿陳仲吉，陳仲吉來不及寫遺書，直接原地自縊。事後蔡太妃與一干宗室宣布由肅宗的胞弟鄭邦煒為新君，後世稱「世宗」。
但這場事變的風波還未結束，陳仲吉的親人被判誅夷三族，其黨羽，也就是控制整個中央政府的南黨黨人，也都受到牽連，大量的南黨官員被以涉嫌謀反為由遭到撤換與逮捕入獄，稱為「南黨大獄」，並換上原本那些被陳仲吉排擠的北黨文人們。
也因國內政治上的巨變，剛上位的北黨與世宗、蔡太妃議事後，下令身在江南的杜亮懷立刻回軍廈門，並宣布解除兵部郭廷機的職務，要求杜亮懷逮補他。一開始杜亮懷搞不清楚這是怎麼一回事，畢竟「陳仲吉謀反」這事就像在唬爛一樣，反倒是突然上位的北黨還比較像是謀反的那方，但來自東寧的官船一次又一次的快速趕到江南傳遞命令並警告，這才讓杜亮懷暫時收兵回到舟山群島，而後派遣副總督王增回到東寧了解實情，最後王增與新任的兵部尚書陳瑞玉一同前往舟山，正式宣布撤軍命令，郭廷機這時也才被解除職務與逮捕。
到九月底時，在江南地區的東寧軍悉數返回廈門或是東寧本土，避免還有南黨的殘餘支持者叛變，同時北黨也開始進行和談行動，希望結束這場他們認為由南黨發起的荒謬戰事。
面對一百八十度大轉變的東寧，清廷也是滿頭問號，但是明確的知道現在東寧國內已經不是那麼團結了，儘管東寧願意已經回到戰前狀態並且派遣使節致歉，這讓不少清朝官員鬆了一口氣，但是帝國失去的顏面可不能這麼算了，福康安此時主張應當繼續清野固壁、貿易封鎖，乾隆帝也同意否決和談，繼續讓福康安主持戰事。福康安有了乾隆帝的不斷支持後，在將閩粵兩地民變鎮壓的差不多時前往廣州，找上了葡萄牙澳門總督跟若干洋商人，要他們把自己旗下的船隻組成一個聯合艦隊，用以防禦東寧水師，十三行負責出錢支付當軍費，洋人們面對這種無理要求也只能看在大清面子上敷衍一下，然後討價還價的表示只能在珠江口巡航，不能前往粵東，因為他們壓根不想跟東寧水師對抗，福康安也知道這點，就只是多少充當廣州的海防面子一下。
可是這消息傳到東寧本土，那些北黨官員卻開始害怕了起來，基於對西方事務認識的欠缺與排斥，他們以為會是一支可以直撲東寧的大艦隊，尤其和談遭到打槍後北黨開始著急了起來，趕緊傳令杜亮懷，要他要麼南征將那隻艦隊消滅掉，要麼趕快回軍東寧固守本土。但這讓前線的將軍們覺得這根本莫名其妙，因為比起沒放在眼裡的聯合艦隊，開始在漳州進行整備的八旗精銳才是需要關注的重點，水陸兩軍一致認為應當再次發動攻勢，正面打垮清軍精銳才有條件與機會和談，因此對於北黨，軍方可說是頗有微詞，並且上奏世宗希望可以固守金廈以此禦敵，以此得到君主的支持，但對軍事一竅不通、剛剛才上位的世宗也不知該如何是好，態度相當模稜兩可、猶豫不決，這也加深了文武都在拉攏世宗，造成兩方的矛盾。
最後，因為東寧傳統上一直都是君主與文官聯合起來箝制住武官集團，加上世宗與北黨官員也都想要壓在這群軍頭上來豎立威信，因此世宗決定採取較為保守的撤防之計，下令杜亮懷撤軍，不過同時也對前線將士們大封賞賜，以此平息軍方的不滿。
然而就在1793年年底，正將撤軍時，福康安下令整頓補修完畢的八旗精銳發起了反攻，這將會是寧清戰爭的最後一場陸上戰役。
六、終結與影響
12月中旬，閩浙總督福康安下令反攻廈門灣沿岸一帶，號稱十萬大軍(實際約2萬人)，面對清軍的大舉反攻，杜亮懷決定優先讓圍頭灣、海澄一帶的軍隊避戰撤離，撤出同安、馬巷，以此收縮戰線，剩下集美到萬松關一帶留有駐軍，而福康安本人便親自率軍，以健銳營2000人、督標2000人、其他綠營2000人作為主力部隊從漳州向跨過山區向萬松關進軍，此時東寧在這裡與附近堡壘只剩下大約4000人駐守於此，其中親軍1000人、陸師2000人、義軍1000人，由陸師提調總兵王德穆正面抵禦，雖然萬松關緊鄰漳州盆地，東寧早在此加強防禦，但面對清軍精銳依然受創嚴重，其炮火猛烈壓制，有數座堡壘很快就被健銳營攻克，杜亮懷得知情報後認為必須要在此地阻擋清軍主力進攻，才能讓後續撤軍行動順利，因此決定投入了5000人從廈門、金門島上前往增援，其中包含了兩鎮親軍也在之內，也算是精銳盡出。但即便如此，東寧也得不到什麼優勢，雙方在此役都承受了不小的死傷，經過六天的血戰後，最後是東寧不惜將艦炮搬下來，運用大量的「大東寧炮」，藉由強大火力壓過了清軍攻勢，這才使得福康安選擇撤退，不過不久後東寧也將萬松關與附近堡壘還有江東橋自毀，全軍撤至廈門。1794年1月，此時東寧軍完全撤出大陸上，也有半數軍隊返回東寧本土，2月將最後的8000名士兵移防澎湖，杜亮懷本人也被招回京城後明昇暗降成為「中提督協理」，失去統兵權，總督一職改由副總督王增接任，以進行海上的巡防。而這之後便是長達半年的和平談判，在7月時由東寧使節李世介於泉州與福康安訂立停戰協議，正式結束了一年多的寧清戰爭。之後寧清雙方互派使節，分別是重新朝貢與「冊封」世宗為正式的東寧君主。
而以役被定調成由陳仲吉為首的南黨虛言惑主所挑起的戰爭，數十名原本只是被罷黜的南黨前官員遭北黨改以凌遲或斬首處死，後世稱為「議和之禍」。但這只是東寧政局掀起波瀾的開端，以儀衛司翁林傳豐為首的武官勢力崛起，開始試圖干政。沒有達成壟斷中國貿易市場的東寧，則因為戰爭導致了原有的貿易網絡毀壞，掌控海洋貿易的黃金時代就此將終結，步入逐漸衰退的「北政時代」。
至於大清帝國，乾隆帝將此次戰爭列為十全武功之一，以耀名威(雖然根本沒打贏)，然而五十年後大清再次面對同樣的挑戰時，將會有截然不同的結局。至於覆滅的南方水師，在其重建期間，儘管有滿清官員提議仿造「東寧船」，但因為不久後爆發的川楚教亂、苗民起義，導致最後都不了了之，並且因為中國東南沿海產生了權力真空地帶，被稱為「大出海」的大海盜將會趁機竄起，不只是中國沿海，東寧也將受其影響......
