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高血壓基因座與其他慢性病關聯之文獻分析

終焉ヲ謳ウ翼天者 | 2021-06-15 11:49:33 | 巴幣 0 | 人氣 248

高血壓(BP)是中風和冠狀動脈主要遺傳危險因子
疾病,在2015年全球造成780萬人死亡和1.48億行動不便需要照顧之人士
根據研究結果.高血壓取決於復雜的交互作用,包含生活型態,遺傳因子,環境因子
而本文獻乃生命歷程和遺傳因子之關聯研究。
先前的遺傳關聯研究已經確定並驗證了274個基因座的變異體,這些變異體與高血壓因子有著顯著關聯,總共解釋了大概3%的性狀差異
•而血壓性狀的全基因組發現分析分為-收縮壓(SBP)舒張壓(DBP)和脈壓(PP)
•來自英國生物庫的歐洲血統人士(UKB)13和國際血壓基因組聯盟協會研究(ICBP)
我們採用了一階段和兩階段研究設計的組合來進行測試
•等位基因較小的常見和低頻單核苷酸多態性(SNP)頻率(MAF)≥1%與BP性狀相關
總共研究了超過一百萬歐洲血統的人,包括來自美國百萬退伍軍人的複製數據計劃(MVP,N = 220,520)14和塔爾圖大學愛沙尼亞基因組中心(EGCUT,N = 28,742)生物庫
而此外,研究者對新擴展的ICBP GWAS數據中的血壓性狀進行了GWAS分析包括針對多達299,024個以各種陣列進行基因分型的歐洲人的77項獨立研究,並歸因於1,000個基因組參考專家組或HRC平台進行標準化控制後,研究者在個體研究水平上應用了genomic control,並獲得了INFO≥0.3且異質性Cochran的Q value過濾為P≥1×10-4的約700萬個SNP的匯總效應量(在線方法)。然後,研究者使用反方差加權Meta anlysis將UKB和ICBP GWAS結果結合起來,給出了多達757,601個個體的總發現樣本

Manhattan plot顯示所有血液中關聯的最小 P 值發現階段的血壓特徵,不包括已知的和以前報告的變種基因。研究者匯集Manhattan plot 757,601 個個體進行全基因組meta analysis(統合分析),剔除274 個已知基因座中的變異,以變異數倒數 (inverse variance法) 作為權重以用來顯示SBP、DBP 和 PP。
y 軸顯示 –log10 P 值,x 軸顯示它們的染色體位置。水平線代表全基因組 P = 5 x 10-8 的閾值顯著性和 P = 1 x 10-6 分別用於選擇 SNP 進行複製。
藍色SNPLD (r2  > 0.8) 325 個從two stage design的新變體,
紅色SNP LD (r2  > 0.8) 210 SNP 通過 one stage design的基因複製。 任何超出顯著性的黑色或灰色位點發現meta anlysis中的閾值是顯著的,但不符合標準一級或二級設計之複製(do not meet the criteria ofreplication in the one- or two-stage designs)

經過上述的剃除程序後.共210個基因座符合stage  1 design之標準(P <5x10的-9次方)共121個基因座符合stage  1 design之標準共210個基因座符合stage  1 design之標準對所有535個新基因座,我們顯示了與每個血壓特徵相關的基因座數量。 我們首先呈現兩階段基因座,然後是一階段基因座。 SBP:收縮壓;DBP:舒張壓; PP:脈壓; UKB:來自UK Biobank 之樣品;; ICBP:國際血壓協會之樣品。

對於 535 個新的基因座SNP進行迴歸分析,包括Linkage Disequilibrium (r平方 ≥ 0.8) (r2  ≥ 0.8) 與全基因組顯著關聯。
意即表示相互獨立,隨機組合,實際觀察到的群體中單倍體基因型 A和B 同時出現的概率。 P (AB) = D P (A) * P (B) 。 D是表示兩位點間LD(Linkage Disequilibrium)程度值。
注釋:SBP:收縮壓; DBP:舒張血壓力; PP:脈壓; HR:心率; ECG:心電圖特徵; CAD :冠狀動脈疾病 CHD; 冠心病 MI; 心肌梗死; T2D:II型糖尿病。SNP=基因突變之性狀

結論:
自DisGeNET database資料庫中與274個基因座中挑選 LD r平方>0.8之個體,進行高血壓,疾病與基因座之基因統計學圖表. 圖表a顯示基因座變異點之位置 圖表b顯示基因座與各級病因子之關聯Y 軸顯示與涵蓋的疾病相關的變異Overlap百分比可以觀察到位於Triglycererides與Alkaline phosphatase(鹼性磷酸生物酶)變異的基因座與高血壓病人Overlap最多,而CAD,CHD,MI的病人性狀與高血壓性狀Overlap最多.因此可以針對磷酸生物酶進行遺傳檢測而提早得出高血壓之危險因子,進行生活型態上之預防醫學,並警惕冠心病,動脈阻塞等病人高血壓的高風險(雖然常常是併發症)。

文末還提到高血壓與TGFβ signalling pathway紊亂之關聯. 紅色表示此次基因座與高血壓患者最常見的異常Overlap site可能就是因為先天的Wnt蛋白傳遞路徑不足,導致鈣離子於血液內調控異常而造成高血壓之基因座.而現行藥物能做的類似機制也只有後天的CCB(鈣離子阻斷劑)能夠阻斷周邊血流之鈣離子,而造成血管擴張減少張力降低壓力,如果有能針對這些SKI,MAP2K2蛋白治療的藥物,相信能維持更久療效與更好的為患者降低服藥抵制(提高順從性)與減少來就診拿慢處方箋之時間。

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