【序章】現在，歇梅露爾大陸！
為了阻止假面男子的陰謀而奮鬥的主角們。
但是一行人不管怎麼樣抵抗，守護著Logres大陸的「六女神的大結界」還是崩毀了。
當醒來之時，已經度過了兩年的光陰。
在這期間，不斷守護著主角們的是旅館「奇諾波亭」的女主人巴托姆，以及其女妮雃。
聽完兩人的解釋後，隨著「那一天」被擄走的普莉希拉，連喬都失蹤了。
未開拓的航路、死之瘴氣、凶險的怪物、襲擊而來的黑暗之民…。
將妮雅當作新同伴的主角一行人 作為「特別遠征部隊」將航行於歇梅露爾大陸。
【1～3章】喬墮落之後！
在歇梅露爾大陸再會的喬，經過奇雷涅之手，成為了黑暗之民的一員。
為了將被洗腦的喬恢復原狀並帶回去，一行人尋找著黑暗民族的根據地，往歇梅露爾大陸內部前進。
在彼岸山岳有古代巨人歐岡洛帝站崗，拉碧朗特森林有猛毒來襲。在與喬的戰鬥之中，妮雅察覺到了喬的那顆溫柔的心，還存留在他的身體當中。
【4章～6章】魔王路西法的陰謀
隨著亥貝爾克的犧牲，一行人總算能從黑暗之民的陰謀當中逃脫。
前往蔓延著詛咒的沙漠，得知了躲在假面男子背後的黑幕「魔王路西法」。雖然救出了被詛咒侵蝕的克麗奧佩脫拉，但被企圖將黑暗的女神普西芬妮復活的假面男子們奪走了「普西芬妮的魂核」…。
為了尋找能將喬恢復正常的「萬能藥」，主角一行人抵達了虛幻之地露茵黑。
雖然從途中相遇的神秘少年路奇那裡得到了「萬能藥就在教會」的情報，但在那裡，正是曾舉行普西芬妮復活儀式的地方。
為了阻止復活儀式的主角一行人，再次向黑暗之民們刀劍相向。
滿身瘡痍的一行人在教會深處裡看見的是魔王路西法與復活了的黑暗女神普西芬妮。
在這裡，主角們得知了將世界破壞與再次構築的魔王路西法的陰謀。
【7章】與魔王的鬥爭，新冒險的開始
得到拿吉爾所改良的萬能藥「艾利庫西魯」與強力夥伴的一行人，追著喬踏進了瘴氣之洞窟。
雖與復活的「四魔神」的激烈戰鬥中身負重傷，總算將喬恢復原狀的主角們，等在他們前方的是魔王路西法與黑暗女神普西芬妮。
在那背後則是被囚禁的普莉希拉。
想要阻止魔王陰謀的一行人，還是在壓倒性的力量面前敗北了。
在這絕望的狀況之中，千鈞一髮之際，經過普里希拉之手而前往了光之女神塞庫媞斯的所在地。
從光之女神塞庫媞斯得到阻止魔王陰謀提示的主角，為了拯救未來，回到了遠古時代。
【時間女神篇-序章】故事的過去，女神的時間旅行
為了阻止魔王的陰謀，在遠古時代以時之女神柯羅諾斯的所在地為目標的主角。
從柯羅諾斯的巫女希洛艾的懷錶邪神納嘉拉賈的領域裡成功逃出的主角，經過艾特魯諾王國，抵達了時間之塔。
但是追在後面的納嘉拉賈也跟著侵入了時間之塔。
擊退邪神的主角們接受了柯羅諾斯的助言，為了拯救未來而巡遊於時空當中。
達人
