明中葉開始引進美洲作物，如番薯、馬鈴薯、玉米、花生，紓解人口上的壓力，還發展棉、桑等經濟作物，農業生產力提高，推動了商業與手工業。專業市鎮興起，松江（上海）的棉布、蘇州的綾羅綢緞，聞名天下。
不僅專業市鎮，商人集團也興起，商人在各地興建會館，作為聯繫寄居之所，山西、徽州亦成立了商幫，跑遍大江南北的生意。而在西班牙人經營「海上絲路」後，白銀成為主要通行的貨幣。明世宗嘉靖36年（1557），明朝將廣東澳門租借予葡萄牙人進行貿易。
明神宗初年（1572），皇帝朱翊鈞昏庸（在位48年），宦官專權，並出現黨爭，政治日趨敗壞。經濟上因為土地兼併、人民逃避錢糧力役等問題，政府財政困難。此時一代首輔（大學士）張居正崛起，開始積極改革，整飭吏治。
明神宗萬曆6年（1578）張居正下令清丈土地，丈量田畝，後於萬曆9年（1581）正式實行「一條鞭法」，讓力役與田賦合併，按畝徵銀，推廣到全國。此法雖然沒有徹底貫徹，但納稅土地從四百多萬頃回升到七百萬頃以上，使政府的財政情況有所改善。國防上，張居正委任戚繼光、李成梁等名將鎮守北疆，名震蒙古、日本倭寇。
張居正的改革雖然一度恢復明朝的安定，可惜隨著明神宗萬曆10年（1582）張居正病逝，人亡政息，改革功敗垂成。明朝本有望重振的「黃金十年」，付諸流水。
明神宗萬曆11年（1583），東北女真族崛起：原本女真接受明朝的冊封，臣服於明朝。但出身建州左衛指揮使世家的愛新覺羅努爾哈赤因祖、父被明朝誤殺，故憤而起兵。努爾哈赤統一女真各部，於建州（今牡丹江、綏芬河及長白山）稱霸。
明神宗萬曆32年（1604），荷蘭軍官韋麻郎（Wybrand van Warwijck）打算進攻廣東澳門，以作為與明朝貿易的基地。因被當地的葡萄牙人擊退，韋麻郎轉而趁明軍無汛兵防守時，佔領澎湖。但明朝名將沈有容率兵到澎湖，要求韋麻郎離開。韋麻郎迫於此壓力下，且無法順利與中國貿易，因而離開。
明神宗萬曆44年 （1616），努爾哈赤在赫圖阿拉（今遼寧省新賓縣西老城）稱帝，建國號「大金」，史稱「後金」。
明熹宗天啟元年（金太祖天命6年，1621），後金軍隊攻取攻取遼陽，並下令遷都遼陽，遼東城市接連淪入後金手中。天啟2年（金太祖天命7年，1622），荷蘭又派遣軍官雷約生（Cornelis Reijersen）進攻廣東澳門，再敗，雷約生遂轉佔澎湖，並在風櫃尾築城。
明熹宗天啟4年（金太祖天命9年，1624），明軍擊退佔領澎湖的荷蘭人，荷蘭人遷往鄰近的臺灣，並逐步開墾臺灣。臺灣當地自此進入「荷據時期」。金太祖天命10年（明熹宗天啟5年，1625），努爾哈赤又決定遷都瀋陽，並改瀋陽為盛京。
後金太祖努爾哈赤在政策上，建立民兵合一的八旗制，創制滿文，翻譯明代法典和漢籍，效法漢人的經驗施政，為後金國政奠基。天命11年（明熹宗天啟6年，1626）努爾哈赤攻打寧遠，是為「寧遠戰役」。
寧遠一役在明軍將領袁崇煥的防守下久攻不克，後袁崇煥採用紅夷大砲，將在位10年的努爾哈赤打成重傷，不久逝世。其八子愛新覺羅皇太極在一場權力鬥爭獲勝後繼位。後金太宗天聰3年起（明思宗崇禎2年，1629），皇太極多次入塞伐明，在第一次伐明中，他誘使明思宗朱由檢處死袁崇煥，又仿製紅衣（夷）大砲，並建立現代化砲兵部隊——重軍。
金太宗天聰8年（明思宗崇禎7年，1634），皇太極打敗蒙古（韃靼）察哈爾部，漠南蒙古（今內蒙古）各部向後金臣服。金太宗天聰9年（明思宗崇禎8年，1635），皇太極改女真族名為「滿洲」。天聰10年（明思宗崇禎9年，1636），皇太極改國號為「大清」，建立清朝。
清太宗天聰11年（明思宗崇禎10年，1637），皇太極率軍親自征討不服從清朝統治的朝鮮，迫使朝鮮向其臣服；從此朝鮮成為清朝的藩屬。皇太極便開始專心對付明朝。崇德4至6年（明思宗崇禎12年，1639─1641），清明於遼寧錦州爆發「松錦之戰」，清太宗皇太極帶病急援，大敗明軍，生俘名將洪承疇，並且令其投降，大大打擊了明軍的士氣。
清太宗崇德8年（明思宗崇禎16年，1643），在位17年的皇太極駕崩，其弟「睿親王」愛新覺羅多爾袞立皇太極之子愛新覺羅福臨為帝，是為「清世祖順治」。
明思宗末年，流寇起因於陝北飢荒，以「闖王」李自成、張憲忠勢力最強。崇禎17年（清世祖順治元年，1644），李自成在西安稱王，國號「大順」，李自成為「大順永昌帝」，不久便攻陷北京，在位17年的明思宗朱由檢自縊殉國。而張獻忠領導的民變軍控制了湖廣、四川地區，國號「大西」，張獻忠為「大西皇帝」。
北京淪陷後，南京以及南方各省仍在明朝的控制之下，明思宗死訊一傳到南京，其堂兄弟「福王」朱由崧在眾臣擁護下稱帝，即「明安宗」、「弘光帝」，國號依舊為「大明」，史稱「南明」。同年間，原本鎮守山海關的明將吳三桂，引清兵入關，清朝攝政王多爾袞大舉進軍，入主中原，清軍攻克大順軍，迫使李自成逃往西安。至此，清世祖順治成為清朝入關的第一個皇帝。
清世祖順治2年（明安宗弘光元年，大順永昌2年，大西張獻忠大順2年，1645），大順軍兵敗如山倒，在位僅1年的永昌帝李自成一路南逃，後在湖北通山縣南九宮山被忠於明朝的地方武力殺死（一說李自成自殺、失蹤、出家為僧等）。李自成死訊傳開後，其三弟李自敬為諸將擁立，成為大順第二位皇帝。
同年間，清朝多爾袞將軍事重心東移，對付南明，恰好南明因為「崇禎太子案」發生內鬨，使清軍輕易南下，攻陷南明多地，更攻破江北重鎮揚州，進行十天屠殺，史稱「揚州十日」。登基1年的明安宗朱由崧逃至安徽蕪湖被逮，後被送到北京殺害。
明安宗死後，明朝宗室又有杭州的「潞王」朱常淓、金陵的「崇禎太子」朱慈烺、撫州的「益王」朱慈炲、福州的「唐王」朱聿鍵、紹興的「魯王」朱以海、桂林的「靖江王」朱亨嘉等監國政權先後建立，其中唐王在鄭芝龍等人的擁立下，於福建福州稱帝，即「明紹宗」、「隆武帝」。
此外，明紹宗很賞識鄭芝龍之子鄭森，稱帝後封其為忠孝伯、御營中軍都督，賜「國姓」朱、改名「成功」，也便是後世聞名的「國姓爺」鄭成功。
此時清朝宣布「薙髮令」（剃滿族髡髮髮型，半光頭，紮辮），江南一帶掀起了「反薙髮」的抗清鬥爭，清軍後方發生動亂，一時無力繼續南進。但南明內部嚴重的黨派鬥爭與地方勢力跋扈自雄，且明紹宗朝廷與魯王政權不但沒有利用這種有利形勢，發展抗清鬥爭，反而在自己之間為爭正統地位而形同水火，各自為戰，錯失良機。
清世祖順治3年（明紹宗隆武2年，大順李自敬2年，大西張獻忠大順3年，1646），清軍再度南下，南明監國政權先後為清軍所個個擊滅，清朝就此占領浙江、福建，魯王朱以海逃亡海上舟山群島持續抗爭，登基也1年的明紹宗朱聿鍵則被俘而死，鄭芝龍降清，唯其子鄭成功避走福建金門，然後於沿海各地招兵買馬、收編鄭芝龍舊部，更在廣東南澳募集了數千兵力。
同年間，清軍亦猛攻大順政權的荊州，大順軍大敗，領軍1年的大順皇帝李自敬等人被追至夷陵投降被殺。此時，大順僅餘李自成之侄李過，李過繼位，成為大順第三位領導人（未稱帝），和南明聯軍（南明勢力尚存），但不奉其詔，內部仍稱李自成「先帝」，後駐守廣西南寧。
清世祖順治3年末，清將鰲拜出征四川張獻忠大西軍，留守漢中的大西將領劉進忠投降清軍，在南充大破大西軍軍營，隔年初（1647年初），領軍3年的大西皇帝張憲忠於鳳凰山被殺，大西政權瓦解（但仍有大西軍殘眾）。
明紹宗朱聿鍵死後，廣東一帶又成立了兩個南明政權：紹宗之弟「小唐王」朱聿鐭繼位於廣州，是為「紹武帝」；「桂王」朱由榔稱帝於肇慶，改元永曆，是為「明昭宗」、「永曆帝」。紹武、昭宗二帝也不能團結，甚至大動干戈，互相攻伐。而紹武政權僅存在40天就被清軍消滅。
明昭宗永曆元年（清世祖順治4年，大順李過2年，1647），「益王」朱由榛在揭陽稱監國，不久被清兵消滅；同年間以張憲忠義子孫可望、李定國為主的大西軍進佔雲南、貴州二省，加以經營、整頓後，成了後來南明軍的後方基地。
明昭宗永曆2年（清世祖順治5年，大順李過3年，1648），大順農民軍餘部與明軍大敗清軍，在湖南連連取得勝利，幾乎收復了湖南全境，華中、華南等各地「反清勢力」接連響應，發動廣泛攻勢。同年間，鄭成功在南澳一度立「淮王」朱常清為監國，後得知明昭宗已登基，便廢了淮王。
明昭宗永曆3年（清世祖順治6年，大順李過4年，1649），四川夔州的「楚王」朱容藩稱監國與昭宗爭立，沒多久就被效忠昭宗的明臣所殺；同年大順軍領導人李過病死，此後也未再立皇帝，大順政權可算滅亡，餘眾直接依附南明。
而由於華中、華南的反清勢力相助下，南明疆域一時擴大到了雲南、貴州、廣東、廣西、湖南、江西、四川等7省，還包括北方山西、陝西、甘肅等3省一部以及東南福建、浙江等2省的沿海島嶼，明朝出現了第一次抗清鬥爭的高潮。
可惜南明內部仍然矛盾重重，各派政治勢力互相攻訐，農民軍也倍受排擠打擊，不能團結對敵，這就給了清軍以喘息之機。明昭宗永曆4年（清世祖順治7年，1650），清軍重新佔領湖南、廣西，南明其他剛剛收復的失地又相繼喪失。同年間，攝政王多爾袞勞累過度而逝。
清世祖順治8年（明昭宗永曆5年，1651），清軍攻陷舟山群島，魯王朱以海赴廈門依靠鄭成功，魯王監國政權瓦解。同年間，清世祖順治皇帝親政，開始恢復許多多爾袞攝政期間廢止、排斥的中原王朝制度，並在清朝疆域內大力鼓勵漢人入仕。
明昭宗永曆6年（清世祖順治9年，1652），南明接受原大西國將領孫可望、李定國的聯合抗清建議，定都貴州安龍。不久，南明軍對清軍展開了全面反擊：大西軍收復湖南大部、廣西全省、川南、川東；東南沿海的鄭成功等抗清軍隊也乘機發動攻勢，連克閩南各地。這一下，南明恢復到雲南、貴州、廣西等3省全部，湖南、四川等2省大部，廣東、江西、福建、湖北等4省一部，明朝出現了第二次抗清鬥爭的高潮。
之後南明戰況又不利，將領間亦有糾紛於軍隊團結有礙，所以明軍在四川、湖南、福建三個戰場上沒能擴大戰果，陷入了與清軍相持的局面。之後李定國與鄭成功聯絡，於明昭宗永曆7年（清世祖順治10年，1653）、永曆8年（清世祖順治11年，1654）率軍兩次進軍廣東，約定與鄭會師廣州，一舉收復廣東，但鄭軍屢誤約期，加上瘟疫流行，導致明軍沒能攻下廣東肇慶、新會等城池，時近3年的出師湖廣之役全面失敗。
明昭宗永曆9年（清世祖順治12年，1655），鄭成功仍憑著戰功顯赫深受明昭宗的賞識，明昭宗便冊封他為「延平王」，從此亦有人稱鄭成功為「鄭延平」、「延平郡王」。
明昭宗永曆10年（清世祖順治13年，1656），「延平王」鄭成功於福建泉州大捷，重創清軍；同年，大西軍將領孫可望祕謀篡位，南明內部引發一場內訌，李定國護送昭宗至雲南。永曆11年（清世祖順治14年，1657），鄭軍於護國嶺一役，沉重打擊了清軍引以為傲的八旗騎兵。
同年間，李定國大敗孫可望的叛軍，孫可望勢窮降清，其降清後將西南軍事情報盡供清廷，雲貴虛實盡為清軍所知。永曆12年（清世祖順治15年，1658），清軍主力從湖南、四川、廣西三路進攻貴州，年底吳三桂攻入雲南。
明昭宗永曆13年（清世祖順治16年，1659），清軍下昆明，昭宗狼狽西奔，進入緬甸（東吁王朝）。李定國率全軍設伏於磨盤山，企圖一舉殲滅敵人追兵，但因內奸洩密導致未能大獲全勝，南明軍精銳損失殆盡。
這時，「延平王」鄭成功趁清軍主力大舉攻擊西南之際，率領十餘萬大軍北伐，接連在浙江、江蘇取得定海關大捷、瓜州大捷、鎮江大捷等戰果，一度兵臨南京城下，然而鄭軍中了清軍緩兵之計，最終失敗，撤回廈門。清軍派大軍圍攻廈門，企圖一舉殲滅鄭成功，但鄭成功沉著應戰，取得廈門大捷的勝利，穩定了東南沿海局勢。
明昭宗永曆15年（清世祖順治18年，1661），「延平王」鄭成功親率將士25000名、戰船數百艘，自福建金門出發，抵達臺灣鹿耳門，開始攻臺。大陸方面，清世祖順治病逝，其三子愛新覺羅玄燁7歲登基，是為「清聖祖康熙」。
根據清世祖順治之遺詔，年幼的清聖祖康熙由四大顧命大臣索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜輔佐之。清聖祖登基該年，清將吳三桂率清軍入緬，索求明昭宗，東吁王朝國王平達力（莽達）將昭宗交予清軍。
明昭宗永曆16年（清聖祖康熙元年，1662），鄭軍打敗佔據臺灣的荷蘭人，當地長官揆一（Frederick Coyett）與鄭成功簽署締和條約投降，臺灣臺江領地盡落明將鄭成功之手，並帶3萬軍民移民過來。臺灣當地結束38年的「荷據時期」，進入「明鄭時期」。但島上因為中部的大肚王國以及瑯嶠（屏東恆春半島）的斯卡羅王國、大龜文王國、瑪家王國（屏東瑪家鄉）等原住民部落聯盟的抵禦，鄭成功實際的統治範圍，僅約北至二林（今彰化縣二林鎮），南達茄藤（今屏東縣佳冬鄉）。
鄭成功將臺灣的赤崁地方（今臺南中西區）定為「東都明京」，並設立了承天府（即臺灣），和天興（臺南中南部）、萬年（高雄、臺南南部）二縣，還禮遇明朝宗室、尊重明朝體制。
鄭成功為解決兵糧問題和反清之需要，實施「寓兵於農」政策，屯墾臺灣。然而好景不常，南明才剛得到臺灣僅僅4個月，「延平王」鄭成功便急病而亡。
大陸方面，登基16年的明昭宗朱由榔，以及其子哀愍太子朱慈煊等人，被吳三桂處死於昆明，南明再未立過皇帝。另一明將李定國在真臘（今柬埔寨）得知紹宗死訊後亦憂憤而死。
鄭成功一死，其五弟鄭襲在安平立刻被擁立為監國。而身在福建廈門的鄭成功之子鄭經被擁立為王，繼承「延平王」之爵位，仍沿用「永曆」之年號。準備5個月後，鄭經便親率陳永華、馮錫範等部屬攻入鹿耳門，擊敗鄭襲，奪回臺灣的管轄權。鄭襲本人則遭鄭經押回廈門軟禁，不久懼死而投清。
明延平王鄭經永曆17年（清聖祖康熙2年，1663），清朝與荷蘭組成聯軍進攻廈門、金門，明鄭軍不敵，鄭經只好退回臺灣，並將「東都」改為「東寧」。永曆18年（清聖祖康熙3年，1664），鄭經放棄閩南沿海諸島，全面撤守臺、澎，此為鄭氏所代表的南明抗清政權的總撤退，不僅鄭經所轄軍隊、官員，連明朝的縉紳遺老，也隨鄭經來臺，遷臺總人數約有7000人。同年間，清軍進攻重慶，殲滅前大西軍背景的「夔東十三家」，清朝穩定四川，大陸盡歸清朝所有，唯一反清的明鄭政權則據守臺灣。
明延平王鄭經永曆19年（清聖祖康熙4年，1665），清荷聯軍繼續進攻澎湖，遭遇颱風、無功而返，清朝於是放棄了攻佔臺灣的企圖，轉而與鄭經談判。清朝的立即威脅解除後，「延平王」鄭經開始強化對臺灣的統治力：永曆20年（清聖祖康熙5年，1666），為了推廣儒家思想，在陳永華的建議下，臺灣第一座孔廟建於卓仔埔，即今日臺南孔子廟，也是第一座官立的儒學學堂，人稱「全臺首學」。同年間，鄭經率兵進攻駐守雞籠（基隆）的荷軍，雖未成功佔領，但荷蘭方面認為雞籠難以防守，便於永曆22年（清聖祖康熙7年，1668）棄守雞籠，亦從此放棄臺灣。
清聖祖康熙6年（明延平王鄭經永曆21年，1667），聖祖的四大顧命大臣索尼病逝，蘇克薩哈被另一大臣鰲拜殺死，而遏必隆適逢鰲拜獨斷專行，見其屢次矯詔誅殺大臣，卻選擇明哲保身，不加阻止也未曾彈劾，鰲拜等同獨霸朝綱。
清聖祖康熙8年（明延平王鄭經永曆23年，1669），聖祖以大不敬之罪下令逮捕鰲拜、遏必隆等人，正式親政。清聖祖康熙很是勤政，堅持每日御臨乾清門會見朝臣處理政務，居住在暢春園、熱河行宮，甚至在出巡途中仍聽政不惜。黎明時分，部院大臣，起居注官員到位，各部院衙門依次奏事，皇帝與內閣大臣商決裁斷。
臺灣方面，明朝延平王鄭經對東寧的統治日漸鞏固後，任用陳永華為諮議參軍，拓展實業，整飭吏治，強固治安，以「官田」、「私田」、「屯田」三田並用，使得飽經戰亂的臺灣得到休養生息的機會，也得到了發展的機會，一時間稱為樂土。
明永曆22年（1668），延平王鄭經收復了荷蘭人撤出的雞籠後，在臺灣南北路和澎湖設置三個安撫司，在福建泉州一帶建築了19個具有軍事性質的寨子，鞏固了臺灣內外圍的防禦。期間清軍雖然嘗試進攻澎湖，都因鄭軍防守的當使得清軍無功而返。此後10年間，臺海維持了相對的穩定局面。
臺灣鄭經還試圖以貿易來提升明鄭東寧的國力：除了與清朝進行走私貿易外，日本的德川幕府也是東寧國的重要貿易夥伴，明鄭大量進口日本的銀、銅等金屬與盔甲，以武裝自己的軍隊，雙方貿易於永曆19至26年（清聖祖康熙4至11年，1665─1672）達到高峰，鄭經更允許日本商人居於雞籠，以促進明鄭與日本的貿易交流。
當時的日本人還以「東寧國王」尊稱鄭經。此外，鄭經亦於永曆26年（1672）邀請英國東印度公司來到臺灣，並與之簽訂通商條約，出口糖與鹿皮、進口西洋槍砲以增強明鄭軍之戰力，更請求英國人訓練砲兵，戰時更借用英國砲兵手作戰。
明鄭在全臺教育上，除了興建孔廟，還另在地方上設立學校，年滿8歲就要入學。「鄭氏諸葛」陳永華還制定科舉辦法，在天興州、萬年州，每三年有二次州試，合格後再通過府試、院試，就可進入太學就讀，以育人才。此外為推動漢化，陳永華對於入學的原住民，特別免除他們的徭役。
明鄭治安上，陳永華引進保甲制度，來維持臺灣的地方秩序：以十戶為一牌，十牌為一甲，十甲為一保。人民無論遷徙、職業、婚姻、出生、過世都要透過保甲向地方官員報備。同時還禁止賭博。明鄭東寧在延平王鄭經、陳永華等人用心經營下，大有成就。
明延平王鄭經永曆27年（清聖祖康熙12年，1673），大陸清朝平西王吳三桂於雲南起兵反清，史稱「三藩之亂」。
明延平王鄭經永曆28年（清聖祖康熙13年，1674），靖南王耿精忠於福建起兵響應，吳軍兵勢甚猛，數月之間便攻佔雲南、廣西、貴州、四川、湖南、福建等6省，以及浙江、江西大部，吳三桂親赴湖南督戰，鞏固江南。
同年間，耿精忠邀請臺灣的鄭經加入，鄭經允之西征，但只是聯合發出討伐滿清檄文，並未聯合出兵北伐，雙方都是藉此機會擴大地盤：鄭經渡海後，重佔金門、廈門，後要求耿精忠將漳州、泉州交給自己，但耿精忠拒絕之，鄭經遂出兵佔領海澄、同安，泉州、漳州、潮州陸續投靠鄭經，耿精忠見情勢不對便出兵進攻泉州，但卻被明鄭將軍劉國軒擊退，雙方交惡、互攻。
明延平王鄭經永曆29年（清聖祖康熙14年，1675），蒙古察哈爾部首領布爾尼，聽聞吳三桂舉兵攻占江南六省，清軍主力大舉南下，而北京「宿衛盡空」，亦聯合乃蠻部響應反清，後被清兵鎮壓。
蒙古起兵的同時，吳三桂義子王輔臣亦於陝西、甘肅一帶起兵抗清，也很快被鎮壓。陝甘平定之後，清朝開始集中精力進攻湖南。同年間，耿精忠與鄭經談判分治福建，雙方以楓亭為界，北屬耿氏、南屬鄭氏，平息戰鬥，並聯手進攻廣東沿海各處。
明延平王鄭經永曆30年（清聖祖康熙15年，1676），鄭經擊敗平南王尚之信，迫使尚之信加入反清行列，隨後佔領廣東惠州。由於鄭經於擁有漳州、泉州、潮州、惠州等四座首府後，又攻下汀州，因此與耿精忠的聯盟再度破裂。
因著鄭耿交惡，原本應支援浙江反清友軍的耿精忠也無暇理會，浙江的反清勢力便被清朝趁虛而破，浙江又回到滿清手中。腹背受敵耿精忠亦只好降清，獨自面對清軍的鄭經節節敗退，明鄭所得閩粵各地全部得而復失（福建僅保金門、廈門），前功盡棄，最後只好退回廈門，從此一蹶不振。
清聖祖康熙16年（明延平王鄭經永曆31年，1677），清朝大力反擊下，已重佔浙江、福建、廣西、江西、湖南東北等地。聖祖得以喘息之際，開始了整治黃河工程。
清聖祖康熙17年（明延平王鄭經永曆32年，1678），吳軍勢力已有解體之狀，為挽回聲望，吳三桂以明裔斷絕為由，示意部下勸進，遂於湖南衡陽稱帝，國號「周」，史稱「吳周」，吳三桂為「周太祖」。同年間，清朝國勢基本穩定之際，清聖祖開辦博學鴻儒科之考試，望各地舉薦人才，為國效力。
周太祖吳三桂稱帝後，調集三路大軍攻打永興，以期奪回都城衡州之門戶。吳軍圍城，原本戰況順利，但登基不過5個月的吳三桂卻於中途病死，永興之圍自解。吳三桂死後，其孫吳世璠繼位吳周皇帝，退據貴州貴陽，清軍趁勢追擊。
清聖祖康熙18年（明延平王鄭經永曆33年，周吳世璠洪化元年，1679），清朝重佔湖南，吳周軍兵敗如山倒，吳周疆域僅餘雲南、貴州。康熙19年（明延平王永曆34年，周吳世璠洪化元年，1680），清軍直指雲南，吳世璠退守昆明，吳周軍駐守五華山，打算與清軍作最後一搏；清軍同時從明鄭手中復佔福建之金門、廈門。
同年間，明朝延平王鄭經從廈門撤守臺灣。鄭經返臺後，面對抗清局面不斷惡化，意志消沉，移居北園別館，終日飲酒賦詩、棋藝書畫、出外狩獵，將東寧政務全權交予監國世子鄭克臧、總制陳永華。 而陳永華被當權者馮錫範、劉國軒排擠，後為馮錫範所騙，陳永華辭去一切職務，退居龍湖巖（今臺南市六甲區赤山龍湖巖），一個月後病逝，堂堂一代忠於明朝、鄭家的「鄭氏諸葛」抱憾而終。
清聖祖康熙20年（明延平王鄭經永曆35年，周吳世璠洪化2年，1681），大陸清軍攻陷昆明，吳世璠兵敗自縊，歷時近8年的「三藩之亂」、立國不出3年的吳周政權至此平定。同年間，臺灣鄭經因狩獵摔傷不治，治臺18年的明朝延平王鄭經隨其父成功而去。鄭經臨終前曾授長子鄭克臧監國劍印，並託孤於馮錫範、劉國軒等人。
但馮錫範等人打算擁立鄭克臧之弟鄭克塽，說服鄭成功正室董太妃在北園別館（今臺南開元寺）廢掉鄭克臧的監國之位，但是鄭克臧不肯交出監國璽。馮錫範等人便誣賴鄭克臧是野種，而非王室骨肉，派人將鄭克臧絞死（另一說為被迫自縊），是為「東寧之變」，這場政變距鄭經死亡僅2天光陰。
鄭克臧遇害時，其正室陳妃已懷有身孕，並於絕食數日後投繯殉死。今臺南延平郡王祠有「夫死婦亦死，君亡明乃亡」之聯即追憶鄭克臧夫妻。明鄭的實權落入馮錫範、劉國軒手中，馮錫範如願擁立年僅12歲的女婿鄭克塽為王，臺灣民心漸漸渙散，明朝東寧亦從此一蹶不振，不過2年敗亡。
清聖祖康熙21年（明延平王鄭克塽永曆36年，1682），原明鄭降將施琅上書聖祖請求征臺，聖祖允之。在澎湖海戰中，施琅順利擊潰劉國軒所率領的明鄭海軍，攻佔澎湖。 康熙22年（明延平王鄭克塽永曆37年，1683），鄭克塽與眾臣商議後，呈降表予清朝。臺灣當地結束21年的「明鄭時期」，進入「清領時期」。
明朝降清不久，朱家宗室隨鄭克塽降清，唯獨「寧靖王」朱術桂身著大明衣冠而昂然自盡。鄉人感其忠義，將他和元配羅氏、早夭之子朱儼鑑合葬於湖內村棚仔林中（今高雄市湖內區湖內里），墓地未做特別標示，並築偽墓一百多座，以混淆清軍的搜尋。同年間，施琅入臺納降，臺灣納入清朝版圖，明亡，經歷大明、南明、明鄭東寧共315年。
清朝將臺灣、澎湖併入福建省，最高長官設「福建分巡臺灣廈門道」，任命周昌為首任道員，另置「一府三縣」：府治稱「臺灣府」，屬「臺灣縣」（今臺南），臺灣縣以南設「鳳山縣」（今高雄、屏東），以北設諸羅縣（今嘉義以北，不含宜蘭、花蓮、臺東），縣級以下坊里莊社等行政劃分多沿用明鄭舊制。
清聖祖時期，臺灣雖歸屬清廷，但對臺灣治理有實質影響力的是施琅及其家族，施琅家族不僅接手並壟斷前明鄭之貿易市場，更挾有軍功之威望支配鹿港（今彰化縣鹿港鎮）地區，引渡不少泉州移民來臺發展。
清聖祖康熙23年（1684），歷時7年的整治黃河工程完成。康熙24年（1685），清朝派兵攻入羅剎國（俄羅斯）佔領的雅克薩城（中俄交界），雅克薩督軍托爾布津在受降儀式上發誓不再返回雅克薩，在清軍撤軍後背棄誓言捲土重來。
清聖祖康熙25年（1686），清軍再攻雅克薩並圍城10個月。康熙26年（1687），蒙古準噶爾汗國崛起，其首領噶爾丹為統一蒙古，攻入喀爾喀蒙古（漠北）。康熙27年（1688），噶爾丹攻到到內蒙古烏珠穆沁，蒙古諸部無法抵擋，聯名向清聖祖求救，聖祖認為噶爾丹威脅清朝統治，命10萬軍隊在烏蘭布通之戰中擊敗噶爾丹的2萬軍隊。噶爾丹僅率數千人逃回科布多。
清聖祖康熙28年（1689），中俄雙方達成和議，《尼布楚條約》正式簽字：「以外興安嶺、額爾古納河為界，劃分兩國邊界。」俄軍便撤出雅克薩，拆毀雅克薩城，清軍亦收復尼布楚城。
清聖祖康熙34年（1685），準噶爾汗國捲土重來，噶爾丹軍3萬再次進兵喀爾喀，逼得聖祖御駕親征。康熙35年（1696），清軍運用多年研發出來的火砲，於此戰發揮重要作用，重創噶爾丹軍，噶爾丹僅率20餘騎逃脫。康熙36年（1697），噶爾丹暴死，準噶爾汗國對清朝的威脅消除，清聖祖10來年的「三征噶爾丹」就此結束。
戰亂平定後，清聖祖專注於內政、外交各方面等發展：康熙46年（1707），聖祖委任遠洋而來的耶穌會傳教士雷孝思、白晉、社德美及國內學者何國楝、明安圖等人走遍各省，運用當時最先進的經緯圖法、三角測量法、梯形投影技術等在全國大規模實地測量。
清聖祖康熙50年（1711），國內爆發「南山案」，左都御史趙申喬舉發翰林戴名世（人稱「戴南山」）的作品《南山集》「狂妄不謹」、「語多狂悖」，以致戴名世於康熙52年（1713）被斬：此案是聖祖除鰲拜後，親政以來發生的較重大的文字獄，但此案最後只斬首戴南山一人，聖祖以牽連太廣，「覽奏惻然」，原定處死者皆改流放，「得旨而全活者，三百餘人」，這顯示清聖祖已將重點放在籠絡士大夫身上。
清聖祖康熙54年（1715），羅剎國傳教士首次來華，加強了中俄兩國經濟、文化之間的交流。 康熙55年（1716），聖祖編輯成書《康熙字典》，記錄了當時漢字的點畫寫法、音讀、義訓，作爲自漢代《說文解字》以來的字典之集大成者。
清聖祖康熙57年（1718），按照多年前耶穌會傳教士、國內學者開始的全國實地測量，終於繪製成《康熙皇輿全覽圖》，其作被稱為在當時世界地理學的最高成就，連近代知名的英國生物化學家李約瑟，亦稱之為「這不但是亞洲當時所有的地圖中最好的一幅，而且比當時的所有歐洲地圖都要好、更精確」。
臺灣方面，由於遷臺人數長期以來並無控管盤查，不少移民因無法治生產淪為遊民，且男女比例失衡，治安日壞，閩浙總督覺羅滿保便提出警告，惟可惜康熙年間官兵怠於治理的態度放任過久，積習難改，地方十分吏治敗壞，臺灣民怨四起，最終導致清聖祖康熙60年（1721）杜君英、朱一貴等人之叛亂，此史稱「朱一貴事件」。
朱一貴還一度攻下臺灣府城，以明太祖朱元璋後裔自居，定國號為「大明」，並受眾人擁戴為「中興王」，自稱「義王」，又因朱一貴原本養鴨維生，世人俗稱「鴨母王」、「鴨母皇帝」。明中興王朱一貴後來卻與杜君英發生內鬨，杜君英敗走，後來降清。
清聖祖康熙61年（明中興王永和2年，1722），覺羅滿保與施琅之子施世驃平定臺灣的「朱一貴事變」，明中興王朱一貴和杜君英俱被押解回京，處斬，不過1年的「鴨母王朝」就此落幕。年末，清聖祖康熙皇帝駕崩，享壽68歲。聖祖近臣步軍統領隆科多奉聖祖遺詔，命四皇子愛新覺羅胤禛繼承皇位，是為「清世宗雍正」。
清世宗雍正元年（1723），世宗登基後首項任務就是整頓吏治，一方面告誡文武百官「時刻以吏治兵民為念」，一方面完善監督體制，緊抓貪腐，並注重官員、民眾的思想道德教化，樹立反腐典範。同年，世宗禁教，中西交流中斷，失去發展海洋的機會，影響社會經濟，喪失刺激自身進步的動力，以致清末的中國難與西方列強對抗。
清世宗雍正即位之後，勵精圖治，大力整飭清聖祖後期怠政的弊病，例如為了緩和社會矛盾，縮小貧富差距，世宗推行官紳一體當差，一體納糧，要求士紳和平民一樣服徭役，納糧捐稅，此舉得到廣大百姓的支持。
而清兵入關已近80年，承平日久，軍備廢弛，八旗兵也是喪失鬥志，每日遊手好閒，貪圖享樂。清世宗便針對八旗旗務進行整頓，像是給那些無所事事的旗人分配土地、農具，讓其自力更生，且多派八旗子弟去前線參戰等。此外，世宗的勤政，連帶影響對臺灣治理的態度：世宗重用漳州人藍鼎元，採納其治理臺灣的多方建言，在臺的經濟、秩序大有改善。
臺灣自「朱一貴事件」後，清朝鑒於諸羅縣幅員過廣，不易管理，清世宗經藍鼎元倡議，於大甲溪以北設「淡水廳」，大甲溪以南、虎尾溪以北設置「彰化縣」，彰化縣縣城設於半線庄（今彰化市），並將原在諸羅縣（今嘉義市）之北路協鎮移駐到彰化縣，便於北控淡水、南馭諸羅。
清世宗雍正2年（1724），「火耗歸公」的政策推廣全國，世宗將明朝以降的「耗羨」附加稅（火耗）改為法定正稅，並制度養廉銀，藉由高薪，來激發官員廉潔習性，用意在打擊地方官吏的任意攤派行為。
同年間，福建水師提督藍廷珍在臺灣大肚溪北岸設立藍張興庄（約今臺中盆地南緣），報墾立戶陞科，申辦墾照「藍張興」，引渡漳州移民偷渡來臺開墾農田、闢建水圳，並取消廣東移民來臺的禁令，客家移民也在雍正年間起有規模地移入臺灣。
清世宗雍正4年（1726），世宗開始實施「攤丁入地」，將康熙末年已經固定的丁稅數目，分攤入田賦，使得沒有田產的人可以不納稅賦，此政策延續至雍正7年（1729）；施行「攤丁入地」之同期，清朝國力強盛，中央政府已有足夠力量加強對少數民族地區的統治、同化，便大力推行「改土歸流」政策，以防民變。
清世宗雍正5年（1727），清朝與羅剎國簽訂《恰克圖界約》，劃分了中俄兩國在今蒙古國地區北部邊界，還規定了中俄的通商關係。
同年間，清世宗在西藏設置駐藏大臣，加強對西藏的控制；此外，朝廷將澎湖群島從臺灣縣分割出來，設「澎湖廳」，清領臺灣轉變為「一府四縣二廳」之行政規制。
清世宗雍正7年（1729），世宗頒行《大義覺迷錄》，在書中梳理對華夷、正統、君臣、封建等問題，論述了他自己所謂的民族「大一統」觀點，該書描述了一秀才曾靜從反世宗到護世宗這一「大義覺迷」的過程，利用第三人稱的角色為切入題材，成為近代學者研究滿清的重要史料。
清世宗雍正8年（1730），世宗成立「軍機處」，並完善「密摺制」，當時主要為了緊急應對西北軍情，協助辦理皇帝處理對準噶爾用兵的各種軍務：而軍機處設有軍機大臣，從大學士、尚書、侍郎、皇親國戚中擔任。 議政王大臣會議與軍機大臣在清世宗時期依然並存，雙方職責各不盡相同，共同點皆須處理軍務。
清世宗在位期間還實施「廢除賤籍」一項改革：他下令為賤民開豁為民，編入正戶，准許置產定居、考試，宣示廢除賤民階級，但影響有限，未能改變社會大眾的歧視風氣，賤民仍然存在，如福州疍民群體較明顯存續到清末。
清世宗雍正9年（1731），臺灣的清官對原住民指派勞役過多，引起原住民群起反抗，尤以中部大肚王國抗爭最烈，發生「大甲西社番亂」（大甲西社抗清事件），清軍利用岸裡社「以番制番」，翌年（雍正10年，1732）被鎮壓下來，各族人陸續逃離原居地，遷往埔里（南投北部）一帶，大肚王國亦告瓦解。
清世宗雍正13年（1735），清世宗雍正皇帝駕崩，享年57歲，結束多年的勤政生涯。其遺詔命其四子愛新覺羅弘曆登基繼位，是為「清高宗乾隆」。
清高宗即位後，以「寬猛相濟」理念施政，先後平定新疆、蒙古，還使四川、貴州等地繼續改土歸流，人口不斷增加，至乾隆末年時突破3億大關，約占當時世界人口的三分之一。
清高宗乾隆38年（1773），高宗下令編纂《四庫全書》，歷時9年成書，是當時世界上最為龐大的百科全書。《四庫全書》順便將羅剎國的稱呼正式統一為「俄羅斯」或簡稱「俄國」，自此沿用至今。
清高宗乾隆統治期間，與清聖祖康熙、清世宗雍正二朝合稱「康雍乾盛世」（亦稱「康乾盛世」）。 但高宗為了打擊朋黨以及加強對人民的思想控制，大興文字獄，並藉此焚書箝制漢人反清思想的傳播。
經歷聖祖、世宗二帝的滿清，當時民族矛盾、鬥爭的情況本已經逐漸緩和，並且漢族臣民普遍已承認清朝對全國的統治，但清高宗將民族矛盾和鬥爭的嚴重性誇大，在有關文字獄和禁書的決定中作錯誤估計，表現得過度敏感，阻礙到滿漢和諧。
對於臺灣的治理，清高宗沒聖祖、世宗來的勤奮，並無心思經營，大多採取放任政策，好不容易好轉的臺灣開始腐敗，長年處於吏治敗壞的狀態，導致當地械鬥四起、民亂不斷。
清高宗乾隆51年（1786），「天地會」林爽文起兵反清，爆發「林爽文事件」。清軍弭平之後，高宗肯定順服清廷的諸羅縣軍民在這場亂事中的抗敵有功，乾隆52年（1787）「諸羅縣」更名為「嘉義縣」，乃取「嘉勉其義」之意，臺灣行政設置仍維持「一府四縣二廳」。
乾隆晚年，高宗多次下江南，有安撫百姓，檢閱軍隊，視察水利，增加科舉、免除稅收之舉。高宗為了打擊腐敗之風，鼓勵人們向他密報官員們的可疑行為，如收受賄賂、欺詐、任人唯親、濫權、瞞報等，其初時堅定了懲治貪腐的決心，下令任何案件只要涉贓額超過一千兩，案犯就斬立決。
可惜清高宗越到後期，官員貪污這一嚴重問題再次出現，每隔幾年就爆出一些重大案件及彈劾案，當時年邁的高宗已無魄力去嚴懲官員的瀆職行為，甚至寵信位高權重的貪官和珅，國勢由盛轉衰。
清高宗乾隆60年（1795），85歲的清高宗乾隆皇帝將皇位傳予十五子愛新覺羅顒琰，是為「清仁宗嘉慶」。高宗自稱太上皇，但軍國大事及用人皆由高宗躬親指教，仁宗朝夕敬聆訓聽。
清仁宗嘉慶2年（1796），漳籍的臺灣人吳沙率領漳州、泉州、粵籍人士向今宜蘭地區開墾，侵占噶瑪蘭族土地，是臺灣華人首位成功打入蘭陽平原之民間領導者，但也因「原漢衝突」造成世居此地的原住民流離失所。
清仁宗嘉慶4年（1799），高宗乾隆皇帝駕崩於北京紫禁城養心殿內，享壽87歲，結束了長達63年又4個月的統治。從此，清仁宗正式親政，僅5天即逮捕權臣和珅，並將其賜死，抄沒其家產。親政第15天，就將和珅一黨一網打盡。當時清廷歲入七千萬兩白銀，時人謂「和珅跌倒，嘉慶吃飽」。
清仁宗對貪污深惡痛絕，但他卻拿不出治貪的辦法，其治貪方式僅針對和珅一人，不肯擴大掃蕩層級，以致於收效有限，更無以改變朝廷全面性的腐化，尤其到了清仁宗嘉慶25年（1820）更發生「嘉慶兵部大印丟失案」遷出一系列朝廷腐化內幕，朝野震動。
清仁宗嘉慶17年（1812），因臺灣宜蘭當地原漢糾紛甚多，實有新設行政官廳的必要，朝廷遂增設「噶瑪蘭廳」，正式將宜蘭地區納入清朝行政版圖。
終仁宗一朝，雖「宵旰勤勞，曾無一日稍紓聖慮」，但貪污問題不減反增，期間還爆發了白蓮教、天理教等民變，社會衝突激化，鴉片流入中國、八旗生計問題、錢糧虧空、河道漕運的難題，清朝國勢日非。清廷只能傾全力平定叛亂。
清仁宗在嘉慶18年（1813）天理教起義平定後，頒布「罪己詔」，史稱這時期為「嘉道中衰」 。嘉慶25年（1820），清仁宗嘉慶皇帝因可能併發心血管病或腦中風而猝死，卒年61歲，在位15年。仁宗次子愛新覺羅旻寧繼位，是為「清宣宗道光」。
清宣宗即位時正值鴉片氾濫，通貨膨脹嚴重，為挽救國家財政危機，他主張禁菸，多次下詔禁鴉片進口，禁止自種自製，更禁止走私。道光19年（1839），宣宗還任命湖廣總督林則徐為欽差大使，大力取締鴉片，林則徐前往廣州查辦，強制外商繳出鴉片，保證不再販賣，並在虎門銷煙，這是六三「禁煙節」的由來。
然而清朝此舉，惹毛了意圖拓展中國市場的英國政府。清宣宗道光20年（1840），中英爆發「鴉片戰爭」，英軍東來，攻佔定海，進逼大沽口。道光22年（1842），英軍直入長江，兵臨南京。在清廷無可奈何的情勢下，中英簽訂《南京條約》，內容大致為：一、割讓廣東香港。二、賠款。三、開放五口通商─廣東之廣州，福建之廈門、福州，浙江之寧波，江蘇之上海。四，允許中英兩國官員文書往來平等。
清宣宗道光24年（1844），中英《南京條約》又訂續約，英國在中國取得下列權利：一、領事裁判權。二、協定關稅。三、片面最惠國待遇。四、租界。如此一來，英國的領事裁判權損害到中國司法主權，產生排外情緒，協定關稅也逼得中國不能藉由提高關稅來保護民族產業，而凡是中國讓與任何一國的權利，只要訂有最惠國待遇的國家，均得援例享有。泱泱大國遭到如此屈辱，可謂頭一遭。
清宣宗道光28年（1848），徐宗幹擔任按察使銜分巡臺灣兵備道，其治理臺灣期間，廣建書院，興辦義學，整頓綠營班兵，變通船政，頗有治績；然而，臺灣自高宗乾隆至宣宗道光仍不時爆發上百次的民變，以及多次閩客（閩粵）、泉漳、原漢等械鬥衝突。
清宣宗道光29年（1849），長期租用廣東澳門的葡萄牙，停止向清朝交地租並佔領關閘。道光30年（1850），清宣宗道光皇帝病逝，其四子愛新覺羅奕詝繼位，是為「清文宗咸豐」。咸豐元年（1851），福建臺灣的閩南人開始往東部奇萊（花蓮）開墾。
清末時局動盪，民生困苦，社會不安。自清仁宗嘉慶以後，國內人口大增，耕地有限，又連年災荒，哀鴻遍野。官吏貪婪成風，知法犯法；軍隊廢弛，盜匪四起。加上鴉片戰爭失敗的影響，致使清廷威信受損，割地賠款，導致賦稅不斷增加，早已違背昔日清聖祖康熙對百姓「永不加賦」之承諾與理想。
此時，一位名叫洪秀全的廣東人，參酌基督教創立「拜上帝會」，自稱「上帝次子」、「耶穌之弟」，號召眾多信徒在廣西桂平縣金田村起事。清文宗咸豐元年（1851），洪秀全建立「太平天國」，自稱「天王」；同年間，葡萄牙佔領澳門氹仔。咸豐3年（1853），太平軍勢如破竹，攻佔南京，天王洪秀全將其定為國都，改稱「天京」。
太平天國全盛時期的疆域曾達浙江、江西、蘇南、皖南、鄂西，幾乎雄踞半塊華中以及零星的廣西。政治上，為控制思想，毀廟宇、燒儒經，制度嚴重違背中國傳統的倫理秩序，同時執政者極端專制、愚妄殘暴，諸王內鬥不斷。財政上，標榜「公有公享」之宏願，日常所需由聖庫供給，提出「發放糧食，田地平分」之口號。社會上雖提倡「男女平等」的前衛思想，但王公貴人卻姬妾成群，形成一大諷刺。
清廷為對抗太平天國，名將曾國藩、李鴻章、左宗棠等人組建湘、淮軍，會同外人協助編練的常務軍、常捷軍，裝備洋槍、洋砲，成為對抗太平軍的主要力量。曾國藩還以中國禮義人倫為號召，贏得社會大眾的認同，共抗太平軍。
清文宗咸豐6年（1856），清朝廣州水師在英國商船亞羅號（Arrow）上進行的搜查、逮捕海盜及嫌疑犯等行動，史稱「亞羅船事件」。同年，法國天主教傳教士聖馬賴（Auguste Chapdelaine）到中國傳教，由於違規進入大陸傳教，因此遇害，史稱「廣西西林教案」。
而正好英國、法國一直要求中國：「全面開放通商，公使駐京，鴉片合法上市。」遭清廷拒絕，惹火英法兩國。咸豐7年（1857），英法各自以「亞羅船事件」、「廣西西林教案」作為藉口，組成聯軍，對華出兵，史稱「英法聯軍」。第一次英法聯軍攻佔大沽、天津，第二次英法聯軍攻陷北京，大肆掠奪珍品財物，火燒圓明園。文宗出奔熱河承德避暑山莊，躲避英法聯軍。
清文宗咸豐8年（1858），俄羅斯趁著中國陷於太平天國、英法聯軍交相為患之際，脅迫清廷訂定《璦琿條約》，割讓黑龍江以北、外興安嶺以南之領土。
清文宗咸豐10年（1860），清廷又被迫與英、法、俄簽訂《天津條約》、《北京條約》，其內容為：一、外國得駐使北京。二、鴉片合法買賣。三、賠款。四，割讓九龍給英國。五、中國沿海、江開放更多通商口岸──如臺灣之淡水、基隆、安平、打狗（高雄）。六、外國商船、軍艦可在內河自由航行。七、允許外人進入大陸與臺灣傳教、遊歷。八、割讓烏蘇里江以東給俄國。不平等條約對中國之害又加深一層，九龍與香港一樣正式脫離廣東，成為英國的殖民地，而列強勢力也由海口進入內地。
清文宗咸豐11年（1861），咸豐皇帝駕崩，享年30歲。其5歲之長子愛新覺羅載淳繼任，是為「清穆宗同治」。原設年號為「祺祥」，隨後不及一年發生「辛酉政變」，最終由其嫡母慈安太后與生母慈禧太后共同垂簾聽政，史稱「兩宮聽政」，並改年號為「同治」。
同年間，由於鴉片戰爭、英法聯軍的刺激，加上太平天國未平，清朝恭親王奕訢以及李鴻章、左宗棠、曾國藩、張之洞等諸將在兩宮太后主導下，開始推動經歷33年的「自強運動」（1861─1894）：中國設置首個外交機構—總理各國事務衙門，負責經營外交、通商、海關、洋務等相關事宜。也開始翻譯國際公法，派遣駐外使節、留學生，逐漸融入國際社會。
清穆宗同治元年（1862），中國為培養翻譯及外交人才，創辦同文館、廣方言館等新式學堂。曾國藩還設置「安慶內軍械所」，製造子彈、火藥、槍炮、輪船，為中國最早的現代軍工企業。安慶內軍械所還製造出中國第一個蒸汽機、第一艘火輪船，乃中國科技之進步。同年間，陝西、甘肅爆發「同治陝甘回變」，還波及寧夏、青海、新疆、外蒙古，西北民變持續延燒。
清穆宗同治2年（1863），葡萄牙於廣東澳門，又佔領塔石、沙岡、新橋、沙梨頭等地。同治3年（1864），清軍大破太平軍，太平天國首都天京被湘軍攻破，洪秀全之子兼繼承人幼天王洪天貴福被俘虜，作亂14年的太平天國終於滅亡。同年間，葡萄牙佔領澳門路環；新疆因「同治陝甘回亂」之影響，爆發「同治新疆回變」，俄羅斯乘亂入侵、吞併了中國巴爾喀什湖以東的大片領土。
清穆宗同治4年（1865），清廷開始發展新式工業：李鴻章於上海成立「江南機器製造總局」，亦為清朝自強運動中成立的軍事生產機構，為晚清中國最重要的兵工廠，為後來「江南造船廠」的前身。 同年間，在南京也建立了「金陵機器製造局」。
清穆宗同治5年（1866），左宗棠設立「福州船政局」，設有鐵廠、馬尾造船廠、船政學堂，是中國近代第一個新式造船廠，也是清朝經營的最大造船廠，為自強運動中具有代表性的中國近代軍事工業。該局成立後，福建地方官員便開始向英、法、德、美等國採購及製造小型戰艦用作巡洋緝私；後成立「福建水師」，負責守衛福建、臺灣臨海。該局到清德宗光緒33年（1907）為止，共製造各種船舶約40艘。
福州船政局成立同年，時任兩廣總督瑞麟向英國、法國購入6艘蒸汽火炮艦船，成立「廣東水師」，用於巡海、緝私、捕盜，主要基地設在廣州黃埔。
清穆宗同治6年（1867），清廷成立「天津機器製造局」，最初由三口通商大臣完顏崇厚為經始督辦人、英國人密妥士（John Armstrong Taylor Meadows）擔任總辦。該局基本工程是煉鋼，以製造火藥、槍炮、子彈、水雷，布置水雷用的輪船和挖河船為主。同治8年（1869），左宗棠建立「西安機器局」，專門生產彈藥。同治9年（1870），李鴻章接手承辦天津機器製造局的事務。
清穆宗同治10年（1871），一琉球船隊登上臺灣東南部海岸，被當地原住民視為入侵者，遭到出草（獵首）、處決，船隊69人僅12人生還回國，史稱「八瑤灣事件」。
清穆宗同治11年（1872），左宗棠將西安的機器局遷往蘭州，「蘭州機器局」成為西北最早的現代工業企業。同年起，中國每年向美國派遣30名幼童留學，一直到清德宗光緒元年（1875）。這群留美學生為國家未來之主人翁，大多成為日後的重要人物，例如廣東人詹天佑，為首批中國留美幼童之一，後來成為中國首位鐵路總工程師，於光緒31年（1905）負責修建京張鐵路等工程，有「中國鐵路之父」、「中國近代工程之父」之稱。
清穆宗同治12年（1873），湘軍左宗棠的部隊終於把持續10餘年的「同治陝甘回變」完全平定。 同治13年（1874），日本因為3年前的「八瑤灣事件」，出兵臺灣，攻打屏東的原住民政權斯卡羅、大龜文，史稱「牡丹社事件」。後來清廷開始派遣福建船政大臣沈葆楨主導南洋海防，並遠赴臺灣經辦政務，並在清兵的援助下，中日戰爭情勢扭轉，雙方得以談判，年底日軍全撤。有鑑於「牡丹社事件」的震撼，清廷兼採「鞏固海防（沿海、臺灣）」與「塞防（蒙古、新疆）」之國策，對臺灣治理轉入積極。
臺灣「牡丹社事件」剛平息不久，清穆宗同治皇帝死於天花，年僅18歲，為清朝壽命最短的皇帝。穆宗無後，慈禧太后即挑出清文宗之弟「醇賢親王」奕譞之子愛新覺羅載湉（穆宗之堂兄弟）入嗣為帝，是為「清德宗光緒」。由於德宗才3歲，故仍為慈安、慈禧兩宮垂簾聽政。
清德宗光緒元年（1875），而當時日軍剛撤出臺灣，漢原又起衝突，大龜文王國的原住民對漢人出草，沈葆楨派兵鎮壓，大龜文總頭目率眾投降，諸社薙髮歸化，大龜文歸順清廷。
清朝的福建臺灣增設為「二府八縣四廳」。新設臺北府下轄三縣一廳，即宜蘭縣、淡水縣、新竹縣、基隆廳；臺灣府下轄五縣三廳，即彰化縣、嘉義縣、臺灣縣、鳳山縣、恆春縣、卑南廳（今臺東、花蓮、宜蘭南部、屏東東南）、澎湖廳、埔裏社廳（南投埔里）。 沈葆楨還廢除渡臺禁令，使得中國人大量遷臺。沈葆楨返回大陸後， 任兩江總督兼南洋通商大臣，成立「南洋水師」。
清德宗光緒2年（1876），左宗棠率師西征，收復迪化一帶。光緒3年（1877），清軍收復了除伊犁外的新疆全境，持續10餘年的「同治新疆回變」結束。光緒5年（1879），廣東澳門的葡萄牙人佔領龍田村。光緒7年（1881），慈安太后駕崩，慈禧太后獨自垂簾聽政；同年，清朝通過交涉收回被俄羅斯侵佔的伊犁。光緒9年（1883），葡萄牙人佔領澳門的望廈村（望廈）、荔枝灣 、石澳、青洲等地，建立海島市。
清德宗光緒10年（1884），清廷下旨設立新疆省。同年間，法國侵略清朝屬國─越南。此為「中法戰爭」，法軍攻佔北越，被清軍擊退，但法國海軍炮毀馬尾造船廠，還占領澎湖，封鎖臺灣。中國不得不承認越南為法國的保護國，英國也趁機進佔緬甸。11月24日，廣東人孫中山於夏威夷檀香山創立革命團體「興中會」，矢志革命，企望讓中國走向共和。
清德宗光緒11年（1885），臺灣脫離福建，改制成為獨立的「福建臺灣省」，安徽人劉銘傳被委任為第一任臺灣巡撫。福建臺灣省成立後，立即修改行政區劃：臺灣省之下，卑南廳升格為臺東直隸州；而淡水縣、新竹縣、宜蘭縣、基隆廳受臺北府管轄；臺灣縣、彰化縣、雲林縣、苗栗縣、埔裏社廳受臺灣府管轄；安平縣、嘉義縣、鳳山縣、恆春縣、澎湖廳受臺南府管轄。臺灣省為「三府十一縣三廳一直隸州」，省會定於臺灣縣（今臺中）。光緒13年（1887），劉銘傳完成建省工作，也建設電燈、電報，臺北府首先有電燈，為臺灣近代化奠定相當基礎。
臺灣完成建省工作的同一年中，已幾乎占領整個廣東澳門的葡萄牙，迫使清廷簽訂《中葡和好通商條約》，規定中國同意葡國「永居管理澳門」，但未經中國同意葡萄牙永不得轉讓澳門予他國。
清德宗光緒14年（1888），臺灣巡撫劉銘傳計劃從基隆至臺南敷設縱貫鐵路，便開始動工；同年間，李鴻章在山東威海衛劉公島正式成立「北洋水師」，是清朝新式海軍艦隊中規模最大、投資最巨者，規模一度為世界第八、亞洲第一。光緒16年（1890），臺灣「劉銘傳鐵路」完成，但由於資金不足及劉銘傳離職，故僅敷設基隆到臺北約32公里，後於光緒19年（1893）又延伸到新竹約67公里。 此為為今日縱貫線北段之前身，亦是臺灣第一座鐵路隧道，也是當時中國的第一座鐵路隧道。
清德宗光緒20年（1894），朝鮮（韓國）發生「東學黨之亂」，中日兩國皆出兵，日本突襲清廷駐軍，挑起「甲午戰爭」。中國海軍、陸軍皆敗，北洋艦隊嚴重受創。至此，歸納清朝33年來「自強運動」之失敗：初期強兵、中期求富，卻缺乏通盤的計劃、健全的領導，一味模仿技術器械，不在制度、思想上革新，還有清朝官吏敷衍塞責、貪汙浪費的政治風氣，中央上慈禧太后的剛愎自用與保守派人士的阻撓破壞，以致「自強運動」一敗塗地。
清德宗光緒21年（1895），中日簽訂《馬關條約》。清朝代表為李鴻章、日方代表為伊藤博文，雙方簽訂以下內容：一、割讓遼東半島、臺灣省（含澎湖）給日本。二、賠款二億兩。三、承認朝鮮獨立。四、允許外人在通商口岸設廠製造。然而，俄、德、法三國干涉日本歸還遼東半島。李鴻章還採取「聯俄制日」的政策，與俄羅斯簽訂《中俄密約》，俄國勢力深入東北。《馬關條約》的影響，使得海外各國後續在華劃分勢力範圍，要求租借港灣，使中國深陷瓜分的危機：德國在山東；俄國在東北、長城以北；英國在長江流域；法國在西南各省；日本則在福建。
《馬關條約》剛簽不久，臺灣省被割讓的消息，令當時治省的巡撫廣西人唐景崧以及許多臺灣民眾不服，唐景崧與當地士紳密談，會後發表「臺民布告」，又叫士紳們發電報給總理衙門、北洋大臣、南洋大臣、閩浙總督、福建布政使、全臺長官，表明獨立的意圖，隨後宣布成立「臺灣民主國」的政權。唐景崧被推為臺灣民主國的大總統、客家人丘逢甲為副總統兼團練使，領導義勇軍抗日。
可惜隨著日軍登臺，雙方衝突在「乙未戰爭」軍力懸殊之下，「臺灣民主國」的義勇軍節節敗退，才當1個月大總統的唐景崧逃跑，副總統丘逢甲也隨後逃（但據說曾經率兵抗戰20日不力才逃）。繼承第二任大總統的廣東人劉永福鎮守臺南4個月，一樣陣前潛逃，將近5個月的「臺灣民主國」就此滅亡。至此，臺灣當地結束212年的「清領時期」，進入「日據時期」。
臺灣日據時代開始的第一年，興中會在英屬香港成立總會。首次幹部會議決定先攻取廣東廣州為根據地，為「乙未廣州起義」，但後因情報走漏以致軍事行動失敗。
自甲午戰爭之後，有感於中國面臨瓜分亡國的危險，清德宗銳意變法革新，誓願「不做亡國之君」，於光緒24年（1898）歲次戊戌頒布《明定國是詔》，表明變革決心。在慈禧太后的默許下，德宗起用康有為、梁啓超等推行新政，史稱「戊戌變法」、「百日維新」。
清德宗光緒皇帝的「戊戌變法」，新政內容如下：教育上，廢八股文，改試策論（實例題）；設立新式學堂，學習西學，受新式教育的新知識份子崛起，逐漸取代傳統士大夫，成為帶動社會變革的主要力量。政治上，裁減冗官冗員，去蕪存菁；鼓勵官民上書議論時政，期間有識者已提出「召開國會」、「君主立憲」、「共和立憲」等要求，促使中國之民主發酵。軍事上，裁減舊式軍隊，訓練新式海陸軍。經濟上，設農工商總局、鐵路礦物局，興辦新式實業。清末軍人、商人社會地位提高，鼓吹「男女平等」、「婚姻自由」的中國婦女亦覺醒。
然變法不過百日最後失敗，失敗原因有三：第一，缺乏通盤考量。第二，引起滿人與眾官員的疑懼。第三，主事者無實權。加上清德宗有意通過「維新派」奪回權力，威脅到慈禧太后的地位，慈禧太后等「守舊派」發動「戊戌政變」，德宗被囚禁，慈禧太后獨霸中央。而慈禧重新當政，激化民間輿論支持興中會孫中山、黃興等人「推翻帝制，建立共和」的革命主張。
清德宗光緒25年（1899），美國提出「門戶開放政策」，尊重中國領土、主權之完整，海外各國對華貿易機會均等，列強支持，中國暫免於瓜分。而西方傳教士自深入中國傳教以後，不肖教民橫行鄉里，造成民怨，使很多未信基督教的華人產生「仇洋反教」的情結。
清德宗光緒26年（1900）歲次庚子，有一名為「義和團」的武裝幫派盛行於山東一帶，以「扶清滅洋」為口號，到處攻擊國內的外國人。時任山東巡撫袁世凱壓制其活動，義和團遂轉至直隸省（今河北）發展。
自「維新派」失敗後，康有為、梁啟超等人得到外國政府庇護，慈禧太后謀廢德宗，先立德宗堂兄載漪之子愛新覺羅溥儁為儲君，各國反應冷淡，加上「仇洋反教」的熱潮，更使慈禧與「守舊派」痛恨外人。於是義和團一入直隸，慈禧縱容他們對洋人展開攻擊，史稱「庚子事變」。義和團入京後，先後殺害日本大使國書記、德國公使，引起各國抗議，慈禧太后直接下詔宣戰，招惹「八國聯軍」。
德、法、英、美、俄、義、日、奧等八國聯軍攻華期間，興中會孫中山等人先赴香港，但被禁入境後轉往臺灣，得臺灣總督府官員答允支持在廣東惠州三洲田（今深圳市鹽田區三洲田村）發動「惠州起義」，後因日本官員臨時變卦而失敗。而在八國聯軍的槍砲威力下，已攻佔天津、北京，俄羅斯也乘機侵占東北，空有拳頭、刀劍的義和團潰敗，慈禧太后帶著清德宗倉皇逃往西安。
清德宗光緒27年（1901）歲次辛丑，清朝派李鴻章與各國簽訂《辛丑和約》：中國付上四萬萬五千萬兩的鉅額賠款，並允許各國派兵駐守北京及附近要地，且削平大沽的砲臺。朝野從仇外到懼外，賠款增加人民沉重負擔，華北要地處於外國軍隊控制之下，再無國防可言。
而庚子事變後，革命形勢急速發展，成立許多革命團體。清德宗光緒31年（1905），由興中會、華興會、光復會結合，於日本東京成立「中國革命同盟會」（簡稱「同盟會」）。入會誓詞包含孫中山提倡的《三民主義》宗旨：「驅逐韃虜、恢復中華（民族主義／民有）、創立民國（民權主義／民主）、平均地權（民生主義／民享）。」
清德宗光緒30至31年（1904─1905），由於「八國聯軍」時俄羅斯佔領東北一事，令日本不滿，兩國開戰，爆發「日俄戰爭」。日本打敗俄國，兩國瓜分東北權益，日本勢力進入東北。此戰激發國內輿論，要求立憲，清廷為抵制革命，有意立憲。清廷派遣大臣出國考察憲政，並於光緒32年（1906）宣布預備立憲。
清德宗光緒33年（1907），國內兩廣地區接連爆發余丑的「潮州黃花岡起義」（廣東潮州黃花岡）、鄧子瑜的「七女湖起義」（廣東惠州市惠城區汝湖鎮）、王和順的「防城起義」（廣西欽州王光山）、黃明堂的「鎮南關起義」（廣西友誼關），皆失敗。
清德宗光緒34年（1908），清廷正式頒布《憲法大綱》，在各省成立諮議局，北京成立資政院。而外國的侵略並不停歇，葡萄牙對中國要求擴展澳門邊界，並劃定澳門的界址，澳門正式脫離廣東，成為葡萄牙殖民地。
同年間，興中會黃興由廣西安南率革命軍發動「欽廉上思之役」、黃明堂於雲南河口爆發「河口起義」，俱敗。年末，清德宗光緒皇帝駕崩，隔日換慈禧太后駕崩，眾臣均奉慈禧遺詔，尊德宗之姪愛新覺羅溥儀為帝，是為「宣統皇帝」，為清朝最後一位皇帝，也是中國帝制的末代皇帝。由於登基時年僅3歲，其父載灃擔任監國攝政王。
清宣統元年（1909），自強運動時的四大艦隊「北洋水師」、「南洋水師」、「廣東水師」、「福建水師」合併，並重組劃分為巡洋艦隊和巡江艦隊，日後成為著名的「中華民國海軍」。同年間，位於北京和河北張家口境內之京張鐵路正式通車，全線從豐臺柳村為起點，經關溝至張家口站，全長201.2公里，共建14個車站、4條隧道、125座橋樑。
清宣統2年（1910），失業軍官倪映典於廣州發動「廣州新軍起義」，失敗。同年間，在臺灣的閩南籍醫師蔣渭水，即使在日本統治之下，仍勇敢從事一些充滿民族意識的反抗異族運動。蔣渭水還認為：「要救臺灣，非先從救祖國著手不可。」於是他便向志同道合的臺灣民眾募款，支持中國革命。
清宣統3年（1911）歲次辛亥，清廷成立責任內閣，國內輿論譏為「皇族內閣」。「皇族內閣」顯示清廷無立憲誠意，立憲人士大失所望，轉而支持革命。同年4月23日，同盟會於廣州發起「黃花崗起義」，由黃興指揮。此役72烈士與眾多先烈之犧牲，振奮革命黨士氣，乃「武昌起義」成功的前奏。
同年5月，清廷宣布鐵路國有，要將地方準備興建的川漢鐵路、粵漢鐵路進行國有化。6月起，四川掀起「保路運動」，得到湖南、廣東等各省熱烈迴響，湖北的革命黨亦乘機起義。
同年10月10日，爆發「武昌起義」。革命黨奮戰至12日佔領武漢三鎮，成立中華民國軍政府鄂軍都督府。 此時中國革命之火燎原，大多數省分及上海、南京均宣布獨立，「辛亥革命」大成。光復各省決定推派代表組織中華民國臨時政府。
中華民國元年（1912）元旦，中華民國正式成立，孫中山在南京就任臨時大總統。中國終結長達兩千年的帝制政體，建立史上第一個共和國，是中國走向民主共和的開端，在中國歷史中具有里程碑意義。
同年2月12日，北洋軍的袁世凱出面逼退6歲的清宣統溥儀，壓制住清朝眾臣，結束自後金努爾哈赤起延續近286年的清朝，亦結束滿清200餘年的統治。
同年4月1日，孫中山辭職，頒布《中華民國臨時約法》，推薦袁世凱繼任大總統。
中華民國13年（1924）3月12日，孫中山因肝癌在北京逝世，享年60歲。
中華民國29年（1940）3月12日，孫中山被中央政府尊為「中華民國國父」。
創作內容
寒假年假去哪玩？在家讀史：整理【中華民國】的前朝概要（下）
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