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評論行政院組織法
壹、99年1月新修正之行政院組織法(以下稱新法)，乃針對中央政府行政機關長久以來的病象，進行組織再造。
一、依研考會歸納的現行行政院組織之缺失有：
1. 水平組織過多，超出院長有效控制幅度。
2. 組織及員額不斷膨脹，導致財政負擔。
3. 相關業務分工過細，協調界面過多，造成洽公成本增加。
4. 統合機制薄弱，政治課責難以體現。
5. 政府核心職能調整過於僵化，難以適應環境快速變遷。
6. 機關名稱眾多，定位混淆。
二、此次修法的願景是提升國家競爭力，以精簡、彈性、有效能的政府為目標，其策略有：
1. 強化政府功能，釐清機關職掌。
2. 縮減部會數量，控管公務人力。
3. 健全決策機制，減少行政成本。
4. 改變組織文化，提升為民服務。
三、新法組織變動內容大致如下：
將不更動單純的業務部門，即內政部、外交部、國防部、財政部、教育部、法務部，除了經濟部合併其他委員會，改成經濟及能源部；交通部和公共工程委員會合成交通與建設部。勞委會、農委會、衛生署、環保署、文建會、國科會等整並其他單位業務，改成勞動部、農業部、衛生福利部、環境資源部、文化部和科技部；將行政院轄下數十個委員會，縮至八個委員會。
這些機關原本為便宜行事，依據舊法第十四條「行政院為處理特定事務，得於院內設各種委員會。」有些委員會的設置，並無委員會統整協調的功能，反而在做執行業務的功能。如此的修正，消弭了部會混淆的問題。
貳、以下就新法與相關法規是否符合本次行政革新的內涵一併討論之。
一、有關精簡的部份：
新法將原有的39個機關裁併為29個機關。目的是為了減少過多的委員會，削減組織疊床架屋的現象，控制公務人力增長，紓解財政困難，降低施政成本，提升行政效率。
仍有若干問題未解決：
1. 重疊性：
根據新法第四條設立八種委員會。其中僑委會掌管有關僑民之事務，與外交部的事權重疊；退輔會掌管有關退役官兵之事項，與國防部重疊；原民會及客委會是為推行族群文化存在，又與文化部重疊。
2. 定位：
首先，合議制機關是為了集思廣益，做政策統整協調，非經常性機關。但依據新法所設立的八種委員會，僅新設的海洋委員會符合，其餘皆為執行業務機關，與其名實不符。
第二，依據99年1月新修通過的中央行政機關組織基準法(以下簡稱中基法)第三條，「獨立機關是法律獨立行使職權，自主運作，除法律另有規定外，不受其他機關指揮監督之合議制機關。」意即獨立機關的存在是為特殊的公共事務，不受政治運作干預。
行政院原先擬定央行、中選會、通傳會、金管會、公平交易委員會、成為獨立機關，定案後，僅有中選會、通傳會、公平交易委員會為獨立機關，是否忽略其他機關重要性，或政治黑手會插入其中的運作的疑慮等等，都疑點重重。
此外，環保署納入林務局、水利署、國家公園管理處等單位改為環境資源部，未來可期「環保一條鞭」， 但林務局與國家公園管理處有部份業務重疊，整合後能否打破本位主義，做好調查，以利土地的規劃；又，國土的規劃與經濟部和交通部有關，未來的國家發展委員會能否協調的可期性，有待將來觀察。
3. 迴避國會監督：
依修正後的中基法第三條，例外規定的組織有國防、警察、檢察、調查，新增外交駐外機構和海防組織；同法第36條和新法第14條，指出機關可因法定事由，得以命令新設機關或單位，存續期間另定之。
換句話說，即使有中央政府機關總員額法限制，仍抵擋不了中基法第36與新法第14，因法定事由使組織規模龐大，連帶控制幅度變大；三級機關署跟局由原先中基法舊法限制五十個中基法新法提升至七十個，雖說是削減層級，組織反而橫向發展，上面的主管長官如何有效控制；即使有新法第5條政務委員增至9人，仍無法強化統合機制；而且組織重疊性沒有精簡乾淨，如何降低行政成本。
其次，中央銀行無設設立的法源依據，若說是依中基法第16條設置為附屬機關，而附屬機關又定位在提供公共服務的福利機構上，央行卻又不屬之；再來，若秉持依法行政原則，徹底檢討未以法規設立機關問題，又將國防、警察、檢察、調查，駐外機構和海防排除，何以依法行政；最後，組織皆以命令定之，無須立法院審議，民主行政的政治課責則坦蕩無存。
另外，舊有法規令行政機關名稱混亂的情況，仍無進步。像是故宮博物院未改成故宮博物館之類，導致首長名稱混亂；人事行政局及主計處依新法第6條改成人事行政總處即主計總處，定位為行政院幕僚機關，掌理之業務不變；又，人事局改變名稱，卻沒解決與考試院人事權共享的困境。
二、有關彈性部份
為了修正行政院組織未能適切對應政府核心職能的轉變，所以在彈性策略上實施以下三點：
1. 鬆綁中央行政機關組織法規，賦予行政部門組織設計靈活度。
例如：中基法第36條和新法第14條的訂定、性別平等處、還有降級的消保會改消費者保護處等。
2. 運用多元組織型態，重新建構公私部門間之關係，發揮便民效果。
例如：等待通過行政法人法的草案、推動國立大學法人化。
3. 推動行政法人制度，讓公部門在人事及經費運用上更有彈性。
行政法人藉由法律的創設，成立公法性質的法人，進行不適合由行政機關的推動公共事務，一方面引進企業精神，一方面不受行政機關的人事、會計等束縛，能更具專業與效能。惟現今故宮博物院沒與性質相似的中正文化中心改成行政法人，還沒通過行政法人設立的母法，如何重新建構公私關係或推動行政法人制度。
三、有關效能部份
過去行政組織強調效率，以致於產生諸多缺失；而效能不僅要完成任務，更要做好任務。目前因應行政院組織改造，將裁撤近萬的公務人力，符合條件的人員，鼓勵提早退休等的優惠方案來配套。工作力減少與組織重設計是精簡常用的手段，但能否提升效能還有待觀察，造成的影響有部份已能預知。
1. 對機關而言
裁撤人員需要發放一筆撫恤金，日後業務增加，新進人員也需要一筆訓練費用，無論如何，政府都要支出一筆不小的開銷。
2. 對人員而言
(1)資深人員離開，留下資淺人員，造成業務銜接斷層。
(2)公務機密可能外洩。
(3)資遣人員對補償金和慰助金的不滿，組成利益團體抗議，或打行政訴訟。
參、結論，新修之行政院組織法雖為達成「精簡、彈性、效能」的目標，惟如前針對美依目標達成的評論仍不盡完善，為配合其修法之相關法律，例如：中央行政機關組織基準法、行政院底下的一級、二級機關組織法、國土計劃法、還有預算的編制等等，也一起淪陷。如此諸多缺陷之法案能通過，國會不但沒善盡職責，成為橡皮圖章，連提升國家競爭力也是空談。
2版
新增三級機關與環資部問題
