嘗試以新入坑新玩家便於理解為前提 整理軌跡系列劇情
為了縮短篇幅 我將與主線故事沒有太大關係的部分全都省略掉了
盡量用人物之間的聯繫來串起劇情 人名和地名都會用粗楷體標示
同時會附上地圖 就跟魔戒一樣 軌跡系列為能融入劇情一定要看地圖XD
空之軌跡 （利貝爾王國）
空之軌跡分為本傳的FC、SC，以及外傳的3rd三部
首先是FC的部分
《ＦＣ》
ＯＰ：
序章 父親，啟程 （洛連特地區）
十六歲的少女艾絲蒂爾．布萊特終於和義弟約書亞．布萊特一起成為了夢寐以求的遊擊士，雖然還是見習的……這個時候，同樣身為現役遊擊士的父親卡西烏斯．布萊特突然接到一封信，使得他必須前往埃雷波尼亞帝國出差。姐弟倆只好待在家鄉，和前輩雪拉扎德．哈維一起努力做好遊擊士的工作。途中接了一個保護王都記者奈爾和桃樂絲到古代遺跡翡翠之塔塔頂攝影的工作，在塔頂也遇到了一位前來調查此塔的學者亞魯瓦教授，他表示對傳說中女神賜予人類的七至寶很感興趣，並提到其中之一的至寶輝之環據說就沉眠在利貝爾。
接著，利貝爾的女王誕辰紀念快到了，洛連特市的市長正準備要將地方上產的一塊七耀石結晶加工成禮物，但卻隨即發生這塊結晶遭強盜奪走的事件。經過調查，艾絲蒂爾他們鎖定了偽裝成學生進入洛連特的一名女空賊喬絲特．卡普亞，並且在鎮外的神祕森林追上空賊團。雖然一番戰鬥後喬絲特等人遭壓制，但其兄長吉爾．卡普亞卻突然駕著飛空艇出現將他們救走。
章節Boss：喬絲特及其率領的空賊
第一章 消失的定期船 （柏斯地區）
柏斯地區傳來驚人的消息，一艘原本巡迴王國各地載客的飛空艇被卡普亞空賊團所劫持並囚禁了所有乘客，而乘客名單中包含卡西烏斯！雖然不敢相信，但艾絲蒂爾、約書亞和雪拉還是急忙趕往柏斯市。經過與當地遊擊士協會以及市長交談，得知由於承辦此事件的王國軍封鎖情報且不願與協會合作，因此許多事都還無法明白。艾絲蒂爾等人決定隱瞞身分前往軍方據點探聽情報，不過中途被負責人摩爾根將軍識破而遭轟出。正當事情即將鬧大時，突然一名奇怪的變態帝國來的吟遊詩人奧利維爾．朗海姆亂入高歌一曲，使衝突無疾而終。眾人姑且順路當嚮導帶他回柏斯市。
這時四處探索的艾約，在南方的琥珀之塔遇見前來調查卻被魔獸所困的亞魯瓦教授，順道將他救出塔外。
之後，艾絲蒂爾等人從前來調查空賊事件的奈爾口中得知附近的拉文努村有人目擊到至今下落不明的飛空艇，決定前往調查。在途中遇到另一名遊擊士阿加特．科洛斯納，一副看不起艾約兩人的樣子。經過一番曲折終於在村莊後山的廢棄露天礦場找到飛空艇並遇見吉爾和數名空賊，但打跑他們後卻發現艇上空無一人。就在決定離開時遇上了同樣聞風而來的王國軍，漂亮地被當成嫌疑犯逮捕。
經過一夜牢中生活，由於市長的搭救終於得以被釋放，同時得知原來摩爾根將軍與前軍人的卡西烏斯是舊識，而卡西烏斯跳槽遊擊士正是將軍討厭遊擊士的原因……離開時，眾人順便把據說因為在高級餐廳擅自喝掉天價名酒而同遭逮捕的奧利維爾也領走。
艾絲蒂爾等人繼續調查情報，卻仍然四處被王國軍找麻煩，幸好有一名隸屬王國軍情報部的亞蘭．理查上校和凱諾娜上尉負責調解……總之終於打聽到空賊也在琥珀之塔出沒的消息。眾人在塔旁埋伏到深夜果然等到人，但因怕他們又逃跑，決定全體躲進空賊艇內，就這樣順利混入空賊位於山中古代遺跡的據點。
在據點內一路掃蕩，最後見到空賊首領多倫．卡普亞。此人一開始非常殘暴蠻橫，但被打倒後卻突然性情變得溫順，且像是失去近日所有記憶般。趁著眾人迷惑，吉爾丟出煙霧彈打算逃跑，卻被理查率領的王國軍包圍逮捕。
遊擊士們順利救出所有乘客，卻沒有發現卡西烏斯，從乘務員口中得知原來他在飛空艇開航前就已臨時下機，如今不知去向而留下了一封信。這封信告知艾絲蒂爾和約書亞他前往帝國短時間不會回來，而兩人可以依自己的意願進行修行，隨信附上的還有一個不明用途的半球型黑色導力器，貼著一張便籤＂Ｋ：請轉交R博士＂。艾絲蒂爾和約書亞決定為了取得正遊擊士資格而繼續旅行，同時調查此神秘導力器的來歷。雪拉則返回洛連特，同時基於某些理由拐走奧利維爾。
章節Boss：卡普亞空賊團
第二章 白花戀曲（盧安地區）
艾絲蒂爾和約書亞越過險峻的古羅尼山，前往臨海的盧安市。在古羅尼山頂關所過夜時再次遇見阿加特，並於深夜時遭到不明的犬型魔獸襲擊，雖然合力擊退了牠們，但總覺得事情不單純。
第二天的路途經過了瑪諾利亞村，在這裡遇到一名傑尼斯王立學園的女學生克蘿賽．琳茲，幫她尋找一位走丟的小男孩克拉姆，找到後得知克拉姆是附近瑪希亞孤兒院的孤兒，克蘿賽常到那裡去幫忙。接著在克蘿賽的帶領下抵達盧安市。
到了盧安，艾約兩人在倉庫區與當地＂渡鴉幫＂的小混混洛克、迪恩、雷斯起了一些口角，這時盧安市長戴爾蒙和秘書基爾巴特前來解了圍。到了協會辦好轉屬手續後，克蘿賽在道別前邀請艾約兩人參加數日後的學園祭。
艾約兩人前往飯店下榻，原本因為其他房間都滿了而住進優惠價的頂層套房，不料卻又被剛好前來的放蕩貴族杜南公爵強佔，只好在其管家菲利普的不斷道歉賠罪下無奈退出。幸好遇上同樣前來盧安的奈爾，以接受挖新聞為代價共住一房。
隔日，突然傳來孤兒院遭人縱火的消息，雖然人都平安但孤兒院付之一炬。戴爾蒙市長主動表示願意把位於王都格蘭賽爾的房子提供孤兒們暫住，院長特蕾莎則猶豫不決。
這時，因為渡鴉幫是嫌疑犯，克拉姆獨自跑去要報仇。大家急忙趕到倉庫及時救下克拉姆並扁了混混一頓，接著前混混首領的阿加特出現開始大哥盤問時間。排除掉混混們是犯人的可能性後，阿加特突然表示此事可能涉及重大案件而禁止艾約兩人繼續調查。艾約兩人只好先準備陪孤兒們參加學園祭轉換心情。
接下來，艾約兩人到王立學園幫助準備學園祭並當了幾天學生。克蘿賽這才說出他們班這次要表演男女反串的古代宮廷愛情劇白花戀曲。於是這齣艾絲蒂爾、克蘿賽扮演騎士，約書亞扮演公主的舞台劇就這麼一直無違和地從排練到正式演出順利結束，大獲前來觀賞的各界人士好評。在學園祭中，學生們成功募到了100萬米拉，全數作為重建資金捐給了孤兒院，孤兒們也因此不用搬家了。
但沒想到，這筆錢旋即在當晚院長回家途中被不明人士搶走，連負責護衛的遊擊士前輩卡露娜都被擊倒了。克蘿賽有一隻非常聰明的白隼朋友吉克，根據牠的空中偵察，犯人逃往了附近的巴倫諾燈塔，此時阿加特也從盧安趕來，眾人一同前往。到了燈塔遇見渡鴉幫，但他們樣子很怪，似乎被人催眠控制並發揮強大戰力。奮力打到燈塔頂，看見基爾巴特正與兩名蒙面奇裝男子對話，原來這一切都是市長打算強搶孤兒院土地的陰謀。一番戰鬥後讓兩名蒙面人跑了，阿加特獨自追上去，其他人則打算待天亮前往盧安與市長對質。
隔日前往市長宅邸，由於奈爾提供的獨家情報終於逼市長招認，但市長也放出私養的兩隻巨大魔獸打算滅口（星軌爆出這兩隻居然是納哈特小隊抓到的XD）。雖然總算是打倒了魔獸，市長卻掏出一枝據說是古代遺物的封印寶杖，當場以神秘的力量束縛住所有人。就在萬分危急的一刻，艾絲蒂爾身上的黑色導力器突然放出不明的黑光令封印寶杖失效。市長見狀拔腿就跑，搭上屋後準備好的快艇揚長而去。正在眾人就要追丟時，不知為何原本負責保護女王，由尤莉亞中尉率領的利貝爾王家親衛隊突然駕著最新型飛空巡洋艦埃爾賽尤出現，當場逮捕市長，而他們似乎是克蘿賽叫來的。
市長被逮捕後，發生了跟空賊多倫一樣的現象，失去了近期的所有記憶。一切看似平安落幕，而為弄清楚黑色導力器的來歷，艾約兩人決定前往下一個目的地導力都市蔡斯。
章節Boss：巨狼魔獸布朗哥、方果
第三章 黑色導力器（蔡斯地區）
艾絲蒂爾和約書亞在通往蔡斯的卡魯迪亞隧道前與克蘿賽道別。由於先前在舞台上約書亞和克蘿賽演出過假吻戲，艾絲蒂爾突然發現自己喜歡上約書亞。
在通過隧道時，艾約兩人遇見了蔡斯中央工房的實習生緹妲．拉賽爾，因為要更換故障路燈而遭野生魔獸攻擊，幫助了她後三人順利來到蔡斯。經過協會接待員霧香．樓蘭的引薦，艾約兩人見到了中央工房的工房長（等同市長），並得知黑色導力器便籤上所言＂R博士＂應該就是居於當地，有著「導力革命之父」名號的拉賽爾博士，而他正是緹妲的爺爺。
到了拉賽爾家，艾約等人認識到拉賽爾博士原來是個一有新點子就會狂熱投入其中絕不分心的老爺爺，陪他鬧騰了一番，完成一個「生命探測器無效化裝置」後，終於可以開始討論黑色導力器。當晚，拉賽爾博士嘗試使用儀器進行檢驗，不料它發出跟先前同樣的黑光，使整個蔡斯市的所有導力器全部停止運作，引起了極大的騷動。
隔日拉賽爾博士前往中央工房，嘗試用其他方法分析黑色導力器。艾約兩人趁此時護送緹妲前往南邊的溫泉鄉亞爾摩村進行修理溫泉幫浦的委託，途中順便救了跑到原野上拍照而迷路的桃樂絲。順利修好幫浦後，三人打算在此地住一晚。晚上泡溫泉時，緹妲在浴室內問起艾約兩人的關係，讓情竇初開的艾絲蒂爾慌張地跑進混浴的露天浴池，剛好撞見已經在那的約書亞，用尖叫聲引起了更大的騷動……
隔天返回蔡斯途中，遇見一位共和國來的高壯武術家陣．瓦賽克，也要往亞爾摩溫泉去。
回到蔡斯，卻發現中央工房被人放了發煙筒，濃煙瀰漫、人員四處竄逃。闖入其中發現了先前盧安那群蒙面黑衣人，他們擄走了拉賽爾博士並搶走了黑色導力器和中央工房的導力演算器卡佩爾，雖然跟追逐他們至此的阿加特一同追趕但仍然追丟。回到協會見到亞魯瓦教授，他來通報看見那群黑衣人進入紅蓮之塔。因為危險，眾人要緹妲留下等待，讓她哭著跑走了。
趕到紅蓮之塔頂，雖然壓制了待在那的黑衣人，但他們跟空賊一樣有飛空艇接應。正當艾約和阿加特打算趁機突襲時，偷偷跟來的緹妲卻先衝了上去，為了保護她，阿加特挨了對方一發子彈，並還是讓他們逃脫了。阿加特這時擺出年長者的架式，以雖有些粗暴但嚴實的方法教訓了緹妲，同時贏得了她的尊敬。不過在返回蔡斯途中才發現阿加特中的是毒藥彈，走著走著就突然倒下了。
艾約和剛好從亞爾摩回來的陣一起將阿加特抬回蔡斯，得知陣也是資深遊擊士，並且是表面等級最高的Ａ級（然後卡西烏斯是隱藏的Ｓ級）。同時打聽到救助阿加特必須用卡魯迪亞隧道深處的一種特別藥草，於是三位遊擊士和緹妲一起前往，順利打退了棲息在該處的魔獸並取得藥草。
隔日，眾人正苦無黑衣人的線索，桃樂絲突然造訪，出示了在附近的王國軍基地雷斯頓要塞拍到了黑衣人飛艇的照片。艾約立刻前往雷斯頓要塞試探，理所當然地吃了負責人希德少校的閉門羹，但這門閉到一半卻突然不能動了，儼然是導力停止現象，讓大家確信黑色導力器一定在此。
回到蔡斯，阿加特在緹妲的徹夜悉心照料下終於復原了，並且兩人也變得挺要好。大家開始討論潛入要塞的方法，提到進入要塞的貨物為反潛一定會做生命探測，這麼說……前幾天博士發明的東西正好能派上用場。當緹妲提出為操作儀器而要同行時，遭到阿加特的強烈反對，但在艾約的勸說下總算勉強同意。於是四人就在中央工房人員的掩護下，躲在貨櫃裡混入要塞。
等到當晚，四人順利在要塞內找到監禁拉賽爾博士的房間，卻發現他在理查上校及黑衣人的逼迫下，用卡佩爾及黑色導力器進行某項工程。原來黑衣人們正是理查上校率領的情報部特務兵。接著理查上校與看似特務兵領導的紅衣面具男拿著黑色導力器一同離去，約書亞不知為何非常在意那位紅衣男……
隨後四人闖入房內救出博士並奪回卡佩爾，卻馬上被發現行蹤。被追到無處可逃的眾人意外得到希德少校的幫助，這才得知希德少校也是卡西烏斯的舊識，並且相當尊敬曾為上校的卡西烏斯。順利逃出要塞後，阿加特提議為保護博士和緹妲，最好兵分兩路逃走。同時博士也委託艾約前往王都格蘭賽爾，通知艾莉西亞女王軍中正企圖利用黑色導力器「福音」發動政變的陰謀。
章節Boss：沒有，硬要說的話就是看守博士的特務兵…
終章 王都撩亂（格蘭賽爾地區）
第二天一早，艾絲蒂爾和約書亞原本要搭飛空艇快速趕往王都，卻得知軍隊已經開始嚴格盤查，於是改走陸路。到了前往王都的聖海姆門關所正煩惱要怎麼通過，亞魯瓦教授出現並配合擔保了他們的身分。
順利抵達王都協會，剛好看見四為遊擊士前輩卡露娜、克魯茨、庫拉茲、亞妮拉絲正準備參加女王誕辰慶典的武術大會。不過這件事先放一邊，艾約通知協會接待艾南理查上校的陰謀，艾南表示王城裡已經有了可疑的動作，要見到女王是困難重重。
在城裡打聽情報後，得知女王疑似已遭到幽禁，而她的職位現在由理查上校的傀儡杜南公爵代理……不過也同時獲悉杜南公爵將招待武術大會的優勝者入城參加晚宴，又正巧獨自來參加武術大會的陣缺少隊友……於是艾絲蒂爾熱血沸騰，決定挑戰武術大會！在城內外尋找陣的途中，遇見了從酒鬼雪拉那裡＂逃＂出來的奧利維爾，正好當作第四名隊員。
武術大會其餘的出場選手因為有人刻意安排而令人吃驚，是渡鴉幫、卡普亞一家、還有紅衣男洛倫斯少尉率領的特務兵。特務兵，尤其是洛倫斯少尉以驚人的實力打敗了卡普亞一家，約書亞對他更加在意。
在決賽的前一天晚上，艾約兩人被某人的信約到王都教堂見面。這個人是偽裝成修女潛伏在教堂內的親衛隊隊長尤莉亞，由於親衛隊已經被特務兵抹黑通緝，她同樣也委託艾約兩人去見女王，並告知城內女僕長可幫助他們。隔天的決賽，艾絲蒂爾等人拚盡全力打贏了特務兵隊，但無論是陣或約書亞都覺得有些奇怪。晚上準備進入王城時，奧利維爾被好友的帝國軍人穆拉．范德爾以素行不良為由拖走。
王城的晚宴上，理查上校對受邀前來參加的各市市長發表驚人言論：將強行把有王位繼承權的克蘿蒂亞公主嫁往帝國並擁戴杜南公爵繼承王位。晚宴後艾約兩人找到女僕長，商議後決定讓兩人都扮成女僕混入女王宮。行動前意外被理查上校叫住，更意外的是理查居然和身為卡西烏斯孩子的他們促膝長談，並似乎下了某個決心。
順利見到女王後，女王也與艾約兩人長談。原本女王勸艾約退出這件危險的事，但艾約當然不肯，於是女王便委託他們救出目前被幽禁在城外艾爾貝離宮的克蘿蒂亞公主。
隔日，協會打算召集王都所有遊擊士及親衛隊進行營救作戰。其中聯絡到克魯茨時發現他就是從特務兵那裏搶到黑色導力器並寫了便籤的＂Ｋ＂，只是他之後似乎被不明人士襲擊，對這整件事的記憶都模糊不清。
當晚，作戰全面展開。眾人順利打退佔據離宮的特務兵並救出公主，這時候才發現克蘿蒂亞公主原來就是克蘿賽。她向所有人表達感謝，並也加入接下來的奪回王城作戰。作戰中，雪拉和奧利維爾也趕到了現場協助。
接著，眾人兵分陸、海、空三路，讓艾絲蒂爾、雪拉和克蘿賽得以僅僅放倒了包括凱諾娜和杜南在內的數人就衝進女王宮。但在女王身邊的是洛倫斯少尉，他脫下了面具，是一名眼神深邃的銀髮青年。隨即洛倫斯以比先前更強數倍的力量以一敵三壓制了所有人，但卻在留下＂要阻止理查就快往地下去＂的留言後就立刻飛躍而走不知所蹤。
這時其他人陸續趕到，正打算帶著女王撤離，女王卻要求眾人盡快趕往地下。原來王城地下有一個由利貝爾王家代代守護，極為巨大的古代遺跡，其中疑似就密藏著女神至寶──輝之環，理查上校政變的其中一個重要目的便是為了取得此物。傳說此物之所以被封存就是因為其具有足以毀滅世界的巨大力量，若被濫用將不堪設想。
來到通往地下的導力梯（電梯）前，發現果然已被上了鎖。幸好阿加特也及時帶著拉賽爾博士和緹妲趕到，順利解鎖。下到地下，眾人看見了已現今完全無法理解的古代超科學技術建造而成的宏偉遺跡，以及徘徊於其中的無數機械守衛。所有人通力合作排除敵人趕到遺跡最深處，發現理查已經將福音連接在最深處的一個不明巨大裝置上，揚言要解除輝之環的封印。約書亞突然質問起理查如何得知這個地方的情報，而理查居然答不上來，看來他的記憶也跟先前數人一樣操控了。但理查仍堅持不放棄計畫，雙方無法溝通只好開打。
雖順利打倒了理查，但他背後的巨大裝置卻突然失去光芒。輝之環沒有出現，四周卻響起神祕的聲音，說＂第一結界遭解除，將展開第二結界，但環之守護者的封印已解除，請所有人迅速撤離＂。隨即一旁的牆壁打開，從中走出一個奇形怪狀的機械巨獸開始攻擊所有人。所有人包含理查拼命與之戰鬥，但逐漸體力不支。在理查決定犧牲自己讓其他人逃走時，卡西烏斯趕到並給予巨獸重創，讓艾約等人得以順利將其擊毀。之後理查挨了卡西烏斯一記修正拳後遭逮捕，整場政變落幕，女王誕辰祭典得以繼續召開。
最終Boss：理查上校、龍獸機「幻想樂曲」←私心希望加入世界討伐
艾約兩人一起逛祭典，艾絲蒂爾正猶豫著是否趁機告白，最後仍因為害羞而藉故跑開。這時亞魯瓦教授出現，恭喜艾約的活躍得到好結果。但約書亞卻沉聲指出亞魯瓦教授的行動太可疑，似乎一直在跟蹤他們並於適合的時機出現。聽聞此言，教授發出奸笑，稱讚約書亞的聰慧並彈了一下手指。
一瞬間，約書亞想起了大量被遺忘的事，立刻拔出武器警戒後退，並道出亞魯瓦教授的真名：「白面」懷斯曼，神秘結社「噬身之蛇」的最高幹部之一！懷斯曼接著感謝約書亞這些日子以來都在催眠狀態下替他做布萊特家的內應，使得他能順利將卡西烏斯誘去國外，使得這次計畫成功，隨即大笑離去。約書亞聽了大受打擊，當場呆坐在地……
當晚相關人員都受邀請留宿於王城，艾絲蒂爾找到獨自一人在陽台上的約書亞。約書亞向艾絲蒂爾坦白他的真實身分：其實他是噬身之蛇派出，要刺殺卡西烏斯的刺客。後來承蒙卡西烏斯收留，本想藉此機會重新做人，但仍為他們帶來了傷害。他無法原諒這樣的自己，因此決定永遠離去。
艾絲蒂爾聽後憤怒地表示她不允許約書亞無視她的心情離去，因為她喜歡他。約書亞再次震驚不已，下一刻他以口餵麻藥讓艾絲蒂爾倒地。在艾絲蒂爾逐漸模糊的意識中，只聽得見約書亞溫柔的告白與道別的話語……
ＥＤ：
（FC完）
SC開始前 補上一個先前被我省略掉的點 這會是SC劇情的一個關鍵
空軌故事開始十年前，利貝爾王國和埃雷波尼亞帝國曾爆發一場被後人稱為「百日戰役」的戰爭，艾絲蒂爾的母親和許多人都死於這場戰爭中，結果是雙方停戰。卡西烏斯身為當時指揮官，對於自己能結束戰爭卻不能拯救家人深感自責，因此才放棄軍職和「劍聖」的稱號，轉而投身遊擊士協會。理查對於卡西烏斯的離去感到恐慌，深怕若帝國或其他國家再次來襲將會無法對抗，因此才產生政變和追求強大力量的想法，而遭到懷斯曼利用。
蓋魯格．懷斯曼
《ＳＣ》
ＯＰ：
ＦＣ結束後兩年隔天早上，艾絲蒂爾從王城內的房間醒來，一度以為昨晚的事只是惡夢。但在看到自己手上那支約書亞最寶貝的口琴後，艾絲蒂爾立刻再次衝上陽台，結果在那裡的是卡西烏斯。艾絲蒂爾發現卡西烏斯早知道約書亞可能會離去卻未曾阻止，臭罵他一頓後獨自跑出城。
這時艾絲蒂爾開始逃避現實，騙自己說約書亞可能先回了家，於是獨自搭上往洛連特的飛空艇。途中遇上一名綠髮年輕男子──七耀教會的凱文．格拉漢神父，凱文見艾絲蒂爾神色有異，決定尾隨給予幫助。
一直到失魂落魄回了家，看到了約書亞空無一人的房間，艾絲蒂爾才終於在絕望中崩潰。這時凱文適時提點幫艾絲蒂爾理清思路，讓她想到約書亞曾言要對抗結社，那只要自己也做同樣的事，總會能再見到約書亞。此時返家的卡西烏斯和雪拉支持艾絲蒂爾的決定，但現在她的實力還太弱，於是建議前往位於國外的遊擊士訓練設施進行修行。
序章 少女的決心（盧．洛克爾自治州）
艾絲蒂爾和同輩的亞妮拉絲一起來到了位於深山的訓練設施修行，同時擔任兩人教官的是克魯茨前輩。雖然訓練很辛苦但充實，而且也接近尾聲了。夜裡，正當兩人正為迎接最後一天的訓練上床休息時，設施卻遭到不明獵兵團的襲擊！？遊擊士們奮力壓制了一名持劍獵兵，卻遭到另一名持槍女獵兵拋出的麻醉炸彈迷昏。
艾絲蒂爾和亞妮拉絲隔日醒來時發現身處附近的森林深處，經過一番奮鬥順利打跑看守的女獵兵逃出森林。回到設施遇見躲藏起來的設施管理員，得知克魯茨被抓到附近訓練用的小型要塞內，於是決定前往營救。兩人在要塞內過關斬將，最後終於擊倒對方隊長──一名持長槍的獵兵。但在獲勝的同時卻立刻察覺對方反應有異，接著才發現這一切都是遊擊士前輩們──克魯茨、卡露娜、庫拉茲假扮獵兵演出的模擬畢業測試。總算是通過訓練課程的艾絲蒂爾和亞妮拉絲大大鬆了口氣，好好休息一夜後準備回國。
而此時，找到卡普亞空賊團做幫手的約書亞，在探訪過某座村莊的廢墟後，也準備再次回到利貝爾──那被無形的陰影籠罩的舞台。
章節Boss：持長槍的獵兵（克魯茨）
第一章 潛行的白影（盧安地區）
艾絲蒂爾和亞妮拉絲回到王都格蘭賽爾，立刻接到協會正式提出──調查噬身之蛇結社的委託。據悉他們已有派人潛入利貝爾，而且王國各地也發生了一些前所未有的異象，例如四輪之塔（翡翠、紺碧、紅蓮、翡翠四座塔）頂端的不明古代裝置突然開始運作、野生魔獸大幅變強之類（我很肯定這不是結社而是F社搞的鬼），而盧安和柏斯也發來了支援請求。由於亞妮拉絲要回柏斯，所以接下來就必須選擇跟誰一起組隊前往盧安。
（遊戲中這裡要選擇跟阿加特或雪拉走，但因為選阿加特比較合乎劇情，接下來就照這條路線敘述。）
跟阿加特一起搭飛空艇抵達盧安，得知此處發生的異象居然是鬧鬼？雖然艾絲蒂爾很害怕，但只能硬起頭皮來，分別前往三個目擊者處調查。
１.渡鴉幫的手下：三頭領要求再次對決才能問話，雖然仍被兩位遊擊士秒殺但受到艾絲蒂爾的鼓勵。
２.瑪西亞孤兒院的孩子：在此得知孤兒院已順利重建。艾絲蒂爾受到院長的安慰而發洩了些悲傷，之後順利問到情報。同時知道凱文也來到此地。
３.艾爾．雷登關所的衛兵：問到情報後，在關所內遇到前來旅遊，身穿白色禮服的紫髮小女孩蕾恩和其父母。立下了下次見面一起玩的約定。
回到盧安遇見大批民眾喧鬧，原來是新市長選舉的兩派人馬起了衝突，同時追著選舉和幽靈新聞的奈爾和桃樂絲也在場。此時奧利維爾再次華麗亂入囧走所有人，之後也加入隊伍幫忙。
整理三方目擊情報，了解出沒於各處的＂幽靈＂是一身著白色古代貴族華服、帶著奇異面具的男人。並且其活動範圍中心竟是傑尼斯王立學園，於是接下來決定前往該處。
到了學園與克蘿賽重逢，並在數名同學的配合下展開調查。途中艾絲蒂爾和克蘿賽想起白花戀曲的回憶，克蘿賽同時坦承自己也喜歡約書亞，但因自覺贏不過艾絲蒂爾而放棄……最後得知白影出沒地點為學校後方的廢棄舊校舍。
晚上進入舊校舍，發現各處都放置寫著奇妙提示的神祕卡片。順著提示眾人發現了通往舊校舍下方一個古代遺跡的入口，直直走到最深處的房間，發現構造類似王城遺跡，並且那裡站著＂幽靈＂的本尊，看來毫無疑問是個活人。
此人立刻自報名號：噬身之蛇所屬，執行者NO.X──「怪盜紳士」布盧布蘭。他手上持有一個神似「福音」，但比它略大的漆黑導力器。怪盜表示幽靈事件不過是他在此地測試新型福音功能所製造的餘興節目，但除此之外他還說著莫名其妙的自戀話語，跟奧利維爾頗有共鳴！？就在眾人摸不清狀況時，他突然放出了一尊據說是此地守護者的巨大機械人馬進行攻擊。
章節Boss：機械人馬兵「暴風襲擊者」
順利擊毀人馬兵，正打算抓住怪盜問話，他卻突然使出以刀釘影的特技「影縫」束縛住所有人，宛如盧安市長事件再現。不過這時桃樂絲衝進來，一個相機閃光燈解除了影縫。眼看情況轉變的怪盜拿起福音，在奇妙的薔薇色光芒包圍下瞬移而走，宣言一切才剛開始。艾絲蒂爾等人認識到往後的敵人將不是之前所能想像的。
第二章 狂暴的大地（蔡斯地區）
盧安的事件落幕，接下來是蔡斯發來了支援請求，奧利維爾和克蘿賽都將做為協會的＂協助者＂同行。到空港時在盧安認識的大家都來送行，祝福艾絲蒂爾能早日尋回約書亞。
到了蔡斯一下機，眾人立刻感覺到霧香的憤怒劇烈的地震，原來這就是此地出現的異象，原本利貝爾境內是幾乎沒有地震的。聯絡協會和拉賽爾家後，眾人帶著拉賽爾博士製作的地震探測儀前往各處設置，設置作業當然要拜託緹妲了，途中也遇見因為看見緹妲而一度興奮到暴走的亞妮拉絲。不過四處探聽情報時，也得知蔡斯各地都有一名奇怪的黑衣墨鏡男出現。
依據儀器的分析結果，這頻發的地震原因是一股在地下流竄的不明能量，而這能量的來源是亞爾摩溫泉。艾絲蒂爾等人來到亞爾摩村，發現溫泉全部變得沸騰，立刻前往溫泉源流的洞窟進行探查。
在洞窟最深處，眾人見到有一個樁型的機械直插入地底，機械上赫然裝著新型福音。而站在一旁的正是傳言中的墨鏡男，他是執行者NO.VIII──「瘦狼」瓦爾特。此人看似對於地震引起的破壞感到相當有趣，並且立刻叫出了五隻因為地震實驗而怪獸化的蚯蚓，揚言要看看艾絲蒂爾等人的實力。
章節Boss：巨型蚯蚓「深淵蠕蟲」Ｘ５
好不容易打倒了蚯蚓群，瓦爾特嘆道＂比想像的還弱＂，不是說蚯蚓，而是指艾絲蒂爾他們……隨即瓦爾特一拳就震倒了所有人，展現出壓倒的武術實力。不過突然陣趕到了現場，同樣用高強的武術與對方打成平手，看來兩人是舊識。瓦爾特看似對這發展感到無趣，拆下了福音逕自離去……
回到協會，得知陣、霧香和瓦爾特都是武術的同門師兄妹，六年前他誤入歧途，殺死三人的師父後就此失蹤，沒想到最後加入結社。不過也並無法推知他身為結社成員的目的為何，雖然很無奈，但目前也只能到此為止。這時也接到了王國軍對協會提出，需要前往王都格蘭賽爾進行的委託。緹妲也加入隊伍，準備一同往下個目的地格蘭賽爾出發。
第三章 紛亂的茶會（格蘭賽爾地區）
艾絲蒂爾等人風塵僕僕趕到了王都協會，然而軍方的聯絡人似乎還未前來。這個時候突然來了新的委託，艾爾貝離宮似乎有一個走失的小女孩，只好先去處理。可是到了離宮，卻聽說那個小女孩自己玩起躲貓貓找不到人了。費了好一番功夫在離宮內找到她，才發現居然就是蕾恩。而且根據蕾恩的說詞，她疑似遭到父母遺棄在此.....？
無論如何只能先將蕾恩帶回協會，這時軍方的人──希德中校也來了，說明了委託詳情。原來女王為了調解利貝爾與周圍兩大國──埃雷波尼亞帝國和卡爾瓦德共和國的關係，正準備在近日簽訂《互不侵犯條約》。但就在這個節骨眼，相關單位卻都收到了不明人士寄出的恐嚇信。信的內容曖昧模糊像是惡作劇，但規模又太大了些，為防萬一才委託協會調查。
大夥於是決定分頭前往各處調查，同時打聽蕾恩父母的消息。但是經過整日奔波，還是無法確定寄信人的身分，而且尋找蕾恩父母的事也沒有結果。倒是緹妲很快就跟蕾恩混熟了，兩人還一起去逛街。
當天深夜，前往柏斯地區調查的亞妮拉絲和雪拉發現了情報部的餘黨。發現對方潛藏地點後進行交戰，但他們卻怎樣都打不倒？這時一個身穿紫色西裝的綠髮少年現身──執行者NO.０──「小丑」坎佩尼拉。他彈了一下手指，那些情報部餘黨瞬間像炸彈一樣爆炸，原來這些只是模仿他們外型的機器人！坎佩尼拉留下一些半帶嘲笑的話語後很快地消失了，正當兩人不知如何是好時，凱文神父跟著出現，提議雙方交換情報......
第二天在王都，艾絲蒂爾等人正打算繼續展開調查時，蕾恩卻又跑不見了。眾人花了半天搜遍整個王都，好不容易才找回了她，她卻拿出一封據她說像是約書亞的人給的信！？信上指示艾絲蒂爾到格魯納門的城牆上會面，艾絲蒂爾當然立刻獨自衝向那裡。不過到了該處卻發現是凱文神父在那，正當凱文說他也是被人叫到這裡時，突然出現兩架飛行的機器人攻擊兩人。擊毀對方後兩人發覺這是陷阱，立刻趕回王都。
回到王都時天也黑了，來到協會時發現包括艾南在內，所有同伴全都昏迷不醒，蕾恩也不見了，只剩白隼吉克還醒著。這時雪拉和亞妮拉絲也趕了來，四人在吉克的帶領下前往王都港口。在那裡聚集的是凱諾娜率領的情報部餘黨，他們開出了一台巨大的導力戰車奧爾傑尤，準備用它攻下王城，逼迫女王釋放理查。雖然尤利亞中尉也察覺到這個行動，事先調來了王家親衛隊和迫擊砲部隊準備反擊，但奧爾傑尤上竟裝有新型福音，發出黑光讓除它以外的導力機械全都失去了效用。
當眾人無計可施之時，凱文突然拿出本該屬於盧安前市長的封印寶杖，用盡全力向福音一擊，結果因寶杖被破壞時釋出的強大導力，讓福音也暫時短路了。於是接下來所有人得以趁機壓制奧爾傑尤。
章節Boss：導力戰車「奧爾傑尤」、凱諾娜
擊敗了凱諾娜，艾絲蒂爾逼問她將蕾恩抓到哪去了。凱諾娜先是錯愕，接著便放聲大笑：「原來我們都被她耍了！」下一刻，旁邊的倉庫屋頂上，現出了蕾恩小小的身影......
（因為原版蕾恩實在比現在的畫風可愛太多，一定要放一張啊啊啊！）
......所以說，王都的所有事件都是蕾恩策畫的，發恐嚇信的目的無他，純粹只是為了好玩而已。雖然難以置信，但已經知道約書亞也是像蕾恩這年紀開始成為執行者NO.XIII的，所以也無法懷疑。接著蕾恩身旁走出了先前看過的她的父母，被蕾恩一下子從屋頂上推落並同時用鐮刀砍成兩半，原來這兩人也是機器人。
「蕾恩真正的爸爸媽媽，在這裡喔。」這麼說著的蕾恩舉起鐮刀，一架如倉庫般巨大的紫色雄偉機器人從天而降，名為「帕蒂爾．瑪蒂爾」(拉丁文＂爸爸．媽媽＂)。蕾恩命它拆下戰車殘骸上的福音，接著便乘上它破空而去，留下驚駭不已的眾人。
（帕蒂爾．瑪蒂爾在星軌也沒能露臉，再補一張圖）
之後，原本凱諾娜面對軍方的審訊拒絕配合，直到卡西烏斯帶來了理查，才讓她終於也從偏執的理想中解放......同時，凱文也對眾人透露他的身分：教會中專門負責回收具有強大力量古代遺物的「星杯騎士」。
第四章 霧魔的標的（洛連特地區）
在王都事件發生的同時，約書亞帶著卡普亞三兄妹入侵了以前位於柏斯山中的舊基地。現在這裡由王國軍看管，四人此行的目的是奪回同樣被保管在此的空賊艇「山貓號」。約書亞展現出驚人的純熟技巧，迅速又確實地陸續撂倒衛兵，讓喬絲特開始對他懷抱著複雜的感情。
雖然順利奪回了飛艇，但就在要逃走前卻被正好來此視察的奧利維爾好友──穆拉少校攔下。約書亞和喬絲特勉強與他打成平手，而穆拉似乎知道一些約書亞的隱晦過去。最終約書亞和三兄妹開動山貓號強行突破，而同樣正好來此採訪的桃樂絲在最後一刻拍到了約書亞的照片。
隔日，艾絲蒂爾看到了照片，心情相當複雜。而他們本來要去先前遇見小丑的柏斯地區繼續調查，但沒想到飛空艇在經過洛連特時突然被一陣詭異的濃霧籠罩，無法繼續飛行。眾人只好下機前往協會，決定先調查這陣古怪的霧。雖然很快弄明白了濃霧只持續壟罩洛連特地區的一部份，但因其形狀不規則，無法像先前一樣找出源頭。
但就在這時爆發了更詭異的事件，洛連特四處紛紛有人陷入昏迷一睡不醒，原因完全不明。前往探聽情報，發現這些人都有共通點：昏迷前在他們附近的人曾聽到一陣鈴聲，以及看見過一名身著黑紅色長袍的綠髮女子。按照至今為止的經驗，這應該是新的一名執行者。接著艾絲蒂爾目擊了好友一家人受一種怪異的迷霧妖攻擊而陷入昏睡的場面，這令她十分沮喪。
在這樣的情況下，疲累的女孩子們接受阿加特的建議回家過夜休息（奧利維爾原本想趁機侵入這樣的後宮環境，但被阿加特拖去夜間巡邏）。經過抱著緹妲睡覺和與雪拉的夜間談話後，艾絲蒂爾恢復了精神。雪拉也提到自己的過去，身為孤兒的她原本是跟著一個旅行劇團四處表演，劇團因故解散後才成為遊擊士。現在洛連特是她重要的故鄉，因此她絕不會放過意圖危害此處的惡徒，無論對方是什麼人......
隔天一早，眾人獲得了神秘女子出現在神秘森林（地名）的情報，立刻前往探查。到達森林最深處發現大量的濃霧正從中心的一口泉水不斷冒出，而附著在泉邊大樹上的正是新型福音。這一刻兩隻巨大的霧魔現身，立刻與大夥展開激戰。
章節Boss：高等式神「無形迷霧」、「氣霧獸」
順利打倒霧魔後，突然霧中傳來一個女人的誇獎話語。福音放出黑光，所有人瞬間失去了意識......
艾絲蒂爾發現自己回到了家，眼前是父親卡西烏斯和.......應該早就死去的母親蕾娜。艾斯蒂爾一瞬間變成八歲的幼小模樣，忘了先前發生的一切，撲進母親懷裡。這個世界沒有憂愁煩惱，只有和父母幸福生活的每一天......不知過了多久，艾絲蒂爾在家裡的空房間裡發現一個口琴。走到陽台上試著吹了一下，然後當場吹出腦海中浮現出的，約書亞最拿手的歌星之所在。周圍的景象開始融化消失，艾斯蒂爾也恢復了原樣......這時母親的幻影出現，但這個幻影沒有繼續迷惑她，反而溫柔地鼓勵艾絲蒂爾勇往直前。艾絲蒂爾向母親道別，轉身奔向現實。
睜開眼睛的艾斯蒂爾發現雪拉已經先醒來，其他同伴也陸續清醒。然後雪拉轉向大樹，直接喊出神秘女人的名字：露西歐拉。
執行者NO.VI──「幻惑之鈴」露西歐拉現身，她是雪拉以前所待劇團的前輩，也是如同親姊姊一樣的人。雖然雪拉早料到是她，也展現出不會以私廢公的決心，不過露西歐拉同樣不願多談，只是跟其他執行者一樣取走福音接著就憑空消失。這次實驗已經證明福音可以干涉人的精神，但一切還未結束，究竟要進行到什麼地步？洛連特的濃霧在露西歐拉離開後隨即散去，昏睡的人也全數甦醒。醒來的人都表示，他們做了一場非常美好的夢……
第五章 守護的信念（柏斯地區）
艾絲蒂爾等人按原計畫繼續前往柏斯。柏斯是阿加特的故鄉，緹妲開心地表示想見見先前曾提阿加特提過的他的妹妹。阿加特不置可否，但似乎欲言又止。
柏斯這裡尚未再度發生什麼事件，只是通緝魔獸比平時要出現得更多，眾人於是幫忙討伐。不過與魔獸交戰時，發現他們好像都是害怕著什麼才會四處亂竄……
討伐完畢回到協會報告時，外頭突然傳來轟然巨響。一跑出門立刻見到超現實的景象──一頭翠綠色的巨龍正站在城市中央，大聲咆哮！而在巨龍旁站著一個面熟的男人，就是昔日的強敵洛倫斯少尉──不，那只是個早被捨棄的假名，他的真實身分是──
通稱萊維，這個名字先前曾被執行者們數次提到。
萊維表示這次實驗和先前完全不同，沒有艾絲蒂爾他們插手的餘地，最好離遠一點，接著立刻乘上了龍飛走。阿加特率先追了上去，其他人在幫忙救助因龍而受傷的市民後，聽說巨龍飛往了拉文努村，也跟著追上去。
到了拉文努村，只看見一片巨龍蹂躪過的殘存景象。而阿加特已經追巨龍追到了以前空賊團藏飛空艇（大型客船）的露天礦場。萊維在此命令巨龍不動而和阿加特單挑，並說兩人似乎有著相似的背景，但心態造成實力有巨大差距。阿加特聽了相當憤怒，結果露出破綻被萊維砍斷了劍。這時艾絲蒂爾等人趕到，緹妲見阿加特已敗立刻跳上前面對萊維並趁亂告白（！？），接著軍方的武裝飛艇也到了，萊維見狀再次跳上飛龍離去。
軍隊隨後幫忙收拾遭破壞的拉文努村，負傷的阿加特向領頭的摩爾根將軍怒吼，責怪每次軍隊都最晚才到，隨即不支暈倒。摩爾根回憶起上次見到阿加特也是類似的情況，那是在百日戰役結束，建造包含阿加特妹妹在內的罹難者慰靈碑的時候。原來阿加特的妹妹早已過世，阿加特一直為不能保護她而自責，所以先前才會沉淪在渡鴉幫中。之後雖然在卡西烏斯的指導下當上遊擊士，但看來還是沒能釋懷。
當晚其他人先返回柏斯，只留緹妲在村裡照顧阿加特。阿加特因自己的失敗而開始自暴自棄，結果被緹妲狠狠訓了一頓。共處一天一夜後，阿加特總算再次振作起來，兩人的關係也因此更加親密。
阿加特受傷的隔日，為了對付巨龍，除了軍方的戰鬥艇將全面出動外，將在引出巨龍後以親衛隊的王牌巡洋艦埃爾賽尤做為主力，以大量的麻醉彈攻擊使巨龍墜落於瓦雷利亞湖。結果這個規模龐大的作戰一切順利，巨龍沉在湖中失去意識，但沒有看到萊維。正當大家放鬆警惕時，赫然發現巨龍頭上安裝著新型福音，而此時福音發光，竟令巨龍一瞬間恢復意識騰空而起，埃爾賽尤即使用盡全速也無法追上，再次讓牠逃走。
既然大張旗鼓的方法沒用，大家接下來打算用相反的方法：找出龍的巢穴，直接在那裡制伏牠！歸隊的阿加特和緹妲也帶來拉賽爾博士的新發明：可以破壞福音的一把高週波劍。至於龍巢的位置倒是很好找，古羅尼山上一名獵人早知龍的存在和其居所，雖然一度不願協助但總算被說服。眾人一路來到一個極度荒僻的深山洞穴內，發現了正在睡覺的巨龍。阿加特衝上去給了龍頭的福音一劍，但卻沒能完全破壞，也把龍打醒了。大夥只好力抗巨龍。
章節Boss：翠耀古龍「雷格納特」 ←私心希望加入世界討伐之二
雖然大家像是一度暫時壓制住巨龍，但牠馬上又恢復力量，擁有極為驚人的再生能力。阿加特這時想出一個方法，由緹妲跟他玩抱抱發射閃光彈、艾絲蒂爾和另一名伙伴絆倒巨龍，他從巨岩上一躍而下。如此重擊總算使福音粉碎，巨龍發出一聲大吼倒地。
沒想到，巨龍過一下子又爬起來，但已不再具有殺氣，甚至用念力說起話來。牠是古代龍「雷格納特」，因為受到福音的操縱才會胡亂攻擊，牠對此深表歉意。經過與艾絲蒂爾的商談後，贈與價值２千萬米拉的空耀晶做為賠償（阿加特：咳咳，搬運委託費１千米拉）。同時牠也提到卡西烏斯在二十年前曾向牠挑戰過……
最後雷格納特說以福音控制牠的不是萊維，而是被稱為「教授」的人物。牠推測教授的目的就是要完美再現古代就存在的漆黑導力器「福音」，並藉此解除輝之環的封印。但對與輝之環牠卻也不願多談，只說「當輝之環再現於世時，人類必須做出選擇」……言畢，牠再次飛出洞穴，不知所蹤。
作戰結束後，緹妲跟阿加特一同前往探視拉文努村的慰靈碑，同行的還有摩爾根將軍，阿加特和他互相溝通後，提出軍隊和遊擊士應互補合作的想法。但沒想到，接著萊維竟也出現在此，並表示也是來掃墓的。摩爾根將軍對萊維這種行為表示疑惑，但萊維反諷像他那樣忘記「哈梅爾」的人沒資格說三道四。摩爾根面露驚詫，萊維也隨即離去。
阿加特曉得哈梅爾是離拉文努村北方不遠，埃雷波尼亞帝國最南端村莊的名字，但不知萊維所指為何。摩爾根表示此事牽扯國際問題他不能透露，但依他推測，萊維肯定見過非常恐怖的地獄。
第六章 羈絆的所在（瓦雷利亞湖）
利貝爾的夜空中，身處山貓號上的約書亞為了摧毀結社，正準備進行某個危險的作戰，喬絲特想勸他打消念頭，但被他刻意無視。接著約書亞就在空賊團的協助下，從空中跳到擦肩而過的結社飛艇上，順利潛入。
（吐槽：除非約書亞身上有裝噴射引擎，否則這根本是不可能的事……）
隔日在柏斯，眾人討論起哈梅爾，但也只有奧利維爾知道此村已廢棄，以前因為山崩死了很多人，詳情仍然不明。不過這時協會卻表示請艾絲蒂爾他們暫作休息，因為分頭行動的克魯茨前輩他們似乎已經快發現結社在利貝爾內的基地，如果成功那就需要立刻展開大規模作戰，在那之前要養精蓄銳。
恭敬不如從命，所有人前往柏斯南方，瓦雷利亞湖畔的川蟬亭旅館度假，到了那裡發現凱文也來了。決定房間時，奧利維爾主動表示要跟阿加特同房，好向他打聽當天他和緹妲獨處的實況，而艾絲蒂爾和雪拉也有同樣意圖……大家一起度過快樂的兩天。第二天傍晚，艾絲蒂爾來到湖畔嘗試再次吹奏星之所在，凱文聞聲而至。就在兩人閒談之時，湖面上漂來一艘小船，上面又躺著克魯茨！
救醒克魯茨後，發現他的記憶和以前一樣再次被催眠消除。凱文用教會的法術嘗試破解，讓克魯茨成功想起他和其他三位遊擊士一同潛入位於湖西岸的結社基地，但遭到伏擊，只有他成功逃出。於是所有人火速準備好，直接進攻結社基地暨救援其他前輩！
橫跨湖岸抵達結社基地，發現這簡直是一座製造戰鬥機械人的工廠，裡面甚至還有一架像是「幻想樂曲」的廢棄機體。眾人在基地內四處搜索，依序擊倒並救出了被催眠的庫拉茲、卡露娜和亞妮拉絲。最後醒來的亞妮拉絲說她在失去意識前曾看到約書亞，讓艾絲蒂爾急忙前往基地最頂層。
來到基地最上層的房間，竟發現約書亞倒在前方地板上。艾絲蒂爾想要前去攙扶，但凱文察覺有異出聲警告，讓艾絲蒂爾及時閃過對方的攻擊。原來又是模仿約書亞外型的機器人，此時從暗處又出現另兩架同樣的機器人攻擊眾人。
將這些冒牌貨打倒後，前方傳來鼓掌聲。還沒能看清是誰，全員就中了催眠瓦斯倒下。雖然其他人在短時間內就恢復意識，但他們只能眼睜睜看著抓走艾絲蒂爾的萊維和其他結社成員搭著飛艇揚長而去……
艾絲蒂爾做了個惡夢，約書亞在她眼前四分五裂……驚醒過來的她，發現身旁正是蕾恩。兩人現在處於一個像是飯店客房的小房間，不過從窗戶一看，這個房間的位置是──
驚愕不已的艾絲蒂爾追問結社拿出這種東西的目的，但蕾恩也不正面回答。此時有個男人透過通訊跟艾絲蒂爾交談邀請會面，艾絲蒂爾只能答應。接著蕾恩就帶領艾絲蒂爾離開客房，前往上層的大廳「聖堂」。那是一個的確如同教堂般宏偉，卻瀰漫著詭異氣氛的巨大房間。在那裡懷斯曼教授現身，艾絲蒂爾關於以前「亞魯瓦」的記憶也全部復甦。
懷斯曼正式自我介紹：蛇之使徒第三柱──「白面」蓋魯格．懷斯曼，比執行者要高階的結社最高幹部。不過教授對於艾絲蒂爾對他的質問皆輕描淡寫的避重就輕，並對約書亞的事講些大言不慚的話，讓艾絲蒂爾憤怒地揮棒打去。但她立刻被閃身而出的萊維擊倒，其他執行者也陸續現身。但正當艾絲蒂爾不知所措的時候，懷斯曼卻提出要艾絲蒂爾加入結社的邀約。
艾絲蒂爾被送回原來的房間，從窗戶看見懷斯曼和其他執行者搭飛艇出去了。這時萊維突然造訪，但並沒有敵意。他說他個人對艾絲蒂爾加入結社持反對意見，主因就是艾絲蒂爾心中的黑暗面太小了。艾絲蒂爾忍不住問究竟萊維和約書亞懷抱著怎樣的黑暗，萊維於是說起那段禁忌的過去：哈梅爾屠村事件。
原本萊維和約書亞及約書亞的姊姊卡玲都和平地生活在哈梅爾，萊維夢想成為優秀的遊擊士而勤練劍，也對卡玲抱有愛慕之意。然而十年前，帝國的主戰派為了製造進攻利貝爾的藉口，派一團獵兵偽裝成利貝爾的士兵，將整座村子屠滅，他和約書亞是僅有的倖存者。但經過此事的打擊，約書亞瘋了，除了整天吹卡玲生前喜愛的口琴外再不會做其他事。
這個時候懷斯曼出現在他們眼前，以兩人加入結社為代價提供幫助。懷斯曼確實以催眠技術治好了約書亞，但也將他改造成冷血無情的殺人機器。萊維在深感自己的無力下毅然投身修羅之道，成為了今天的「劍帝」。而雖然萊維和約書亞曾情同兄弟，但在約書亞背叛結社的現在，他只是萊維需要排除的敵人。
艾絲蒂爾聽到這些，反而更加堅定要找到約書亞的決心。在萊維離開房間後不久，她製造了一場騷動成功逃出。一直逃到甲板上，卻遇見了意外的人物。盧安前市長的秘書基爾巴特，竟淪落至此成為結社獵兵一員。基爾巴特與其他獵兵一同圍攻，但身為中隊長的他比雜魚還弱，反是其他獵兵令艾絲蒂爾逐漸吃不消。
突然另一名獵兵從後方出現，但他拔出刀，一口氣擊倒了其他所有獵兵，這名獵兵果然就是約書亞。艾絲蒂爾還來不及驚訝，萊維也出現了。正當萊維詢問約書亞準備如何對付戰力相差甚多的他時，整艘方舟搖晃了起來。原來約書亞在引擎上做了手腳，如果萊維不去阻止，方舟就會爆炸。萊維聽了露出微笑，收劍離去。
艾約兩人連忙逃跑，途中雖遭到坎佩尼拉有意無意的妨礙，但總算搶到一艘飛艇逃出方舟。不過結社獵兵仍以飛艇緊追不捨，讓兩人陷入危機。幸好山貓號也在此時來到，和約書亞合力甩掉了追兵。
（吐槽：約書亞說坎佩尼拉的戰鬥力與他差不多，但我覺得他絕對搞錯了……）
危機解除後，艾約兩人開始談話。約書亞補完了哈梅爾的故事，他曾一度為了拯救姐姐而能拿起從未見過的槍枝殺人，並對自己這種行為感到可怕，得出自己是天生殺人機器的結論，因此要艾絲蒂爾別再追尋他。
不過就在飛艇降落於盧安海邊，約書亞準備離去時，艾絲蒂爾戳破他的謊言：其實約書亞只是害怕傷害到艾絲蒂爾而在逃避而已。艾絲蒂爾於是跟約書亞立下了守護彼此，絕對不會死的約定，兩人一同向前邁進。約書亞在卡玲死後久違地大哭一場，終於冰釋內心，決定和艾絲蒂爾一同返回夥伴身邊。
第七章 四輪之塔
艾絲蒂爾和約書亞一同回到王都晉見女王，同時受到夥伴們的歡迎。女王表示約書亞於國內的犯罪行為可以一筆勾銷，因為即使這樣這仍不足以表示對他這位哈梅爾遺孤的歉意。當時帝國提出的停戰條件之一，就是要利貝爾對哈梅爾一事保持沉默。但約書亞表示可以體諒女王的決定並表達感謝。
然而這時軍方傳來不得了的消息，結社的軍隊開始全面攻擊王國全土，然後各地區的四輪之塔被執行者佔領，並且塔頂被一層黑色的詭異結界所覆蓋。艾約決定跟夥伴們搭乘埃爾賽尤即刻趕往各處，全力阻止結社的陰謀。
不過，這時奧利維爾卻突然說因故須返回帝國而無法同行，眾人只能與他道別。離別時他低語著：下次見面，就是敵人了。
抵達塔的所在之處時，發現塔的內部都從原本殘舊的古代遺跡變成了奇妙的異空間，全然由常識所無法理解的高科技建築所構成，也根本分不清上下左右。但在內部前進至路的終點後就來到了黑色結界內側的塔頂，在那裡有裝在塔頂裝置上，看來比新型福音還大一圈的「福音β」，以及據守此處的執行者。
（四輪之塔的劇情全部都是爬塔→與執行者交戰→結界解除→執行者奉命撤退的固定套路，我就不再贅述，僅敘述個別劇情）
翡翠之塔：怪盜的行動的目的仍讓人無法理解，交戰時也未盡全力。戰後塔頂裝置失去光芒，結界隨之消失，怪盜也立刻撤離。
紅蓮之塔：一陣戰鬥過後，陣開始與瓦爾特單挑，不過正要以決死之力互擊時，霧香突然亂入中斷兩人的打鬥，並說了些看似與她和瓦爾特才懂的密約。此時結界消失了，瓦爾特撤離。
紺碧之塔：雪拉質問露西歐拉加入結社的理由，她說是想看清自己的黑暗面。雪拉以前待的劇團是因為團長身亡才解散的，而露西歐拉就是兇手。雪拉震驚時結界消失，露西歐拉撤離。
琥珀之塔：艾絲蒂爾見到蕾恩，勸說她離開結社，並說她這麼小就待在結社是錯誤的，應該有自己的判斷力後才做決定。沒想到蕾恩聽了暴怒，直接揚言要殲滅所有人。
交戰後，蕾恩才說她以前被＂假的＂父母捨棄，後來到了一個地方，被許多大人做了各種各樣／色色的事情（色々，奇妙的雙關…簡言之就是被拐去做雛妓）。經過了半年左右，跟她在一起的孩子們都死了，只有蕾恩勉強倖存。這時執行者的萊維和約書亞為掠奪資源滅了那個地方，救起蕾恩並帶入結社。
「因為進入結社，蕾恩才能遇見真正的父母『帕蒂爾．瑪蒂爾』，才能成為世界上最幸福的女孩子！」
蕾恩叫出帕蒂爾．瑪蒂爾進行攻擊，眾人奮力抵擋。正當蕾恩想命令機器人出更大力，結界解除了，蕾恩撂下狠話後撤離。艾絲蒂爾認為自己傷害了蕾恩所以很沮喪，但約書亞卻認為這是點醒了蕾恩，故艾絲蒂爾決定下次見到蕾恩要更努力與她交心。
四座塔都收復了，原本眾人想鬆一口氣，卻收到了來自懷斯曼的聯絡，要他們看看瓦雷利亞湖的上空……
第八章 迷亂的大地（利貝爾全土）
利貝爾全國被巨大浮游都市──也就是輝之環張開的導力停止結界壟罩而陷入混亂，通訊和交通全面癱瘓。雖然卡西烏斯預料到這種事態而早有委託拉賽爾博士開發反制裝置，不過目前也只能讓小型機器恢復功能。艾絲蒂爾等人決定先跑遍各大都市，恢復所有協會支部間的通信。
（這章沒有太多主線，反而有像基爾巴特襲擊王立學園和一場在洛連特舉辦的婚禮之類的有趣支線，有興趣的話請玩遊戲吧）
跑完所有城市後眾人要返回王都，卻看見四位執行者和結社軍隊搭乘的飛艇朝向王城而去！在執行者們華麗的Ｓ戰技表演下，守軍瞬間被擊潰。雖然王城內的「劍狐」菲利浦和杜南公爵奮力抵擋，但等艾絲蒂爾等人趕到，女王和克蘿賽已經被抓住了！幸好這時埋伏的希德中校和理查突襲成功救回了人質，凱諾納率領的前情報部大軍也擊退了結社軍隊，才迫使他們撤離。
不過危險還沒過去。北方帝國的軍隊趁國內混亂，開來大批軍隊藉口要進行援助，實際上是要趁機再次侵略。克蘿賽以下任女王的身分作為代表上前與帝國軍交涉請他們回去，但沒想到身著貴族華服的奧利維爾從帝國軍中走出，自稱帝國皇子奧利巴特，揚言帝國已經認為利貝爾在開發威脅帝國的兵器，若不讓帝國軍入境只怕事情會更嚴重。
艾絲蒂爾這時也做為遊擊士協會的代表出面，宣言協會會負責擔保利貝爾會負責解決浮游都市的問題。然而奧利維爾表示這樣還不足夠，利貝爾必須展現出讓人信服的力量──這一刻，卡西烏斯乘著埃爾賽尤應聲出現，展示了利貝爾已經完成克服導力停止現象的技術，並準備進攻浮游都市。事已至此，帝國軍只好全軍撤退。
當然這一切全是奧利維爾和卡西烏斯商量好的戲碼，成功平息了在此混亂時期爆發的外患。不過接下來的確眾人必須真的乘埃爾賽尤前往浮游都市，無論如何都要阻止教授得到輝之環的力量。在離開前，卡西烏斯交給了約書亞一封秘信，似乎事關極為重大的秘密……
終章 空之軌跡（浮游都市利貝爾．方舟）
埃爾賽尤飛往浮游都市途中遭遇古羅力亞斯的襲擊，雖然總算是憑著速度躲過，但接下來卻出現乘著紫色幻想樂曲的萊維，他給了埃爾賽尤一記重擊，使整艘船迫降浮游都市邊緣。
在機組員努力修船的同時，艾斯蒂爾等人盡力進行探索。行至半途，發現同樣迫降在此的山貓號和喬絲特。他們在輝之環出現時從境外乘山貓號入境想要查看，卻因為導力停止而墜落。
（吐槽：從國境的位置開始失速，居然能墜落到王國中央上空的浮游都市上，山貓號的性能真是太了不起了）
另得知除喬絲特外其餘空賊團都被結社抓走，於是大家特地繞到停靠於浮游都市另一端的古羅力亞斯，打飛基爾巴特後順利救出卡普亞一家。
經過漫長的探索，終於來到浮游都市中央的「中樞塔」，看來教授和執行者們都已在此嚴陣以待……
第一層，怪盜布盧布蘭：這次終於順利打敗怪盜，讓他的面具破碎後認輸離去，雖然還是不懂他來幹嘛的……
第二層，瘦狼瓦爾特：陣與瓦爾特決戰後得知，原來他們的師父在與瓦爾特對決時早已身患絕症，只是想藉由自身來企圖將瓦爾特拉回正途。最終瓦爾特在第二次的單挑中敗給了陣，倒地不起。
第三層，幻惑之鈴露西歐拉：雪拉同樣靠實力獲得露西歐拉的認同，得知露西歐拉之所以要殺劇團團長，是因為團長認為自己無力照顧團員又不願接受幫助，某種意義上自私自利的行為讓她由愛生恨。坦白一切後，露西歐拉毅然決然由中樞塔上跳下。
第四層，殲滅天使蕾恩：蕾恩想要艾絲蒂爾收回先前要她離開結社的話，遭到艾絲蒂爾拒絕。激戰後眾人順利擊敗蕾恩和帕蒂爾．瑪蒂爾，艾絲蒂爾也在賞了蕾恩一記修正掌後緊抱住她，要蕾恩好好看清自己的想法。蕾恩在混亂中乘上帕蒂爾．瑪蒂爾離去，提醒眾人要當心萊維。
最上層，劍帝萊維：大家抱著覺悟登上塔頂面對萊維，無奈奮戰後看似仍不能將他擊敗。於是約書亞突然提出單挑的請求，用盡渾身解數與萊維拼鬥。在以真實的言語讓萊維內心露出破綻的瞬間，約書亞成功令他的劍脫手，讓萊維認輸。
不過就在萊維和約書亞和解時，懷斯曼突然從背後偷襲令萊維倒地。並且用不可違抗的催眠術「聖痕」完全控制並帶走了約書亞。在萊維的指引下，艾絲蒂爾和同伴們追到了中樞塔地下、浮游都市的核心，那裡有一個漂浮在空中的金色巨環，正就是輝之環的本體。艾絲蒂爾叫懷斯曼放了約書亞，但懷斯曼表示只要約書亞心中刻下的「聖痕」還存在，約書亞就永遠是他的私有物。
言歸正傳，偉大的女神至寶輝之環就在眼前，但古代人卻把它給封印了。原因即是它過於強大的力量，造成人們接近寄生的依賴，且環本身也具有無法分辨是非的自我意識，到最後開始危害人類。於是利貝爾王家的祖先付出了巨大的犧牲，在千辛萬苦之後將環封印，但也使人類文明倒退回原始時期。懷斯曼揚言為避免歷史重演，他要利用輝之環的力量帶領人類踏上進化的正確道路。
不過以上這些全被艾絲蒂爾否定，她直言懷斯曼無法看見眼前人類的可能性，僅僅是藉著傷害他人來自我滿足，滿足自己孤僻的內心而已。懷斯曼聽了當然暴怒，揮動手上法杖使出邪惡魔法「魔眼」束縛住眾人，然後命令約書亞殺掉艾絲蒂爾，諷刺地表示要看這樣約書亞會不會再度崩潰。艾絲蒂爾在震驚之餘，選擇相信約書亞不會再度逃避現實，會堅強地面對一切……
「……抱歉，我可沒有那個自信啊。」
一瞬間，約書亞恢復了意識攻向懷斯曼，令魔眼隨之解除。原來約書亞早就在卡西烏斯地的建議下，請凱文替他設置了解除聖痕的楔子。只要懷斯曼下令要約書亞去做約書亞最害怕的事，聖痕就會崩潰消失。氣壞了的懷斯曼只能選擇直接與眾人交戰，但仍被艾絲蒂爾等人團結壓制。於是他做出驚人之舉──與輝之環融合！
與環合而為一的懷斯曼變化成銀色的巨大異形，並用強大的攻擊力與完全無法打破的防護罩擊倒了眾人。這時萊維駕著銀色幻想樂曲出現，雖然就連幻想樂曲也不能突破防護罩，但萊維毫不在意，反而問起懷斯曼涉入哈梅爾的悲劇多少程度。對於萊維的質疑，懷斯曼爽快承認哈梅爾事件正是他為了得到約書亞這個素材，混入帝國政壇精心引發的。
得知此事的萊維僅是淡然一笑，揚言要奉還被懷斯曼偷襲的屈辱，接著就一劍劈開了防護罩。原來他的劍和懷斯曼的杖都是結社的盟主所賜予，能將女神至寶的力量無效化的寶物。受到重創的懷斯曼奮力揮開萊維，其他人趁機攻了上去。
最終Boss：白面天使「懷斯曼」
懷斯曼落敗的同時，輝之環突然消失無蹤，無法置信的懷斯曼立刻瞬移而走。艾絲蒂爾和約書亞查看萊維的情況，但他已經奄奄一息，隨即含笑而逝。這時整個浮游都市開始劇烈震動，因為失去輝之環而要解體了。約書亞本因受到過大打擊無法動彈，幸而被艾絲蒂爾一巴掌打醒，兩人開始跟夥伴們一起逃離。
這時在中樞塔的一角，懷斯曼正蹣跚地走著，突然凱文出現擋出他的去路。懷斯曼用魔眼攻擊，但凱文輕鬆抵禦並回擊了一箭。凱文告訴懷斯曼，其實他是教會派來收拾懷斯曼這個破戒僧的使者。懷斯曼本想反擊，卻發現凱文剛剛射的箭乃是禁斷古代遺物鹽之杭。懷斯曼在瞬間就變成了巨大的鹽雕，再也沒了氣息。
接著坎佩尼拉從暗處現身，叫出了凱文的真正名號：星杯騎士團十二位團長之一，「守護騎士」第五位──「異端制裁者」。但坎佩尼拉無意與凱文交手，僅是回收了教授的法杖隨即離去。凱文雖然對他的行動像是領悟了什麼，但也不打算多事，接著裝作若無其事地與艾絲蒂爾等人會合。
逃向埃爾賽尤的路上，約書亞突然停下腳步，原來是去除聖痕的副作用令她頭暈。但這麼一耽擱，艾約兩人面前的道路居然崩毀，把他們跟其他同伴隔開。雖然兩人試圖從其他道路逃脫，但到最後卻被困在室外一處即將崩塌的高架道路上。做好死亡覺悟的艾絲蒂爾和約書亞對彼此獻上道別之吻，隨即從空中墜落。
正當平安上船飛離浮游都市的同伴們為了艾約兩人的死啜泣時，前方空中突然出現某種動靜。下一刻，龍騎士卡西烏斯騎著雷格納特破雲而出，背上載著艾絲蒂爾和約書亞。雷格納特告訴他們，人類已經在輝之環面前做出了選擇，命運的齒輪會繼續運轉，不過會由世上的其他人來背負命運。艾絲蒂爾和約書亞現在要做的，只是好好休息……
ＥＤ：
一段日子後的某一天，艾絲蒂爾和約書亞一起來到了哈梅爾舊址，探望卡玲的墳墓並把萊維的劍也供奉於此。他們接下來的目標是周遊世界，為了償還約書亞以前身為執行者犯下的罪，也為了要粉碎結社的野心。雖然這會很辛苦，但無論如何，兩人都會一起走下去……
（SC完）
如前所述，３rd算是空軌的外傳，因為它的主角不是艾絲蒂爾和約書亞，而是凱文。不過因為出現的基本上全都是空軌的人物，所以仍算是空軌系列。不過因為主線劇情比起前兩作相當的少，因此這部分會寫得很簡略。
另外，這個故事終將會時不時穿插許多凱文過去的回憶，但都十分零碎且片段。為了便於理解，我將它們全都拉到後面一起講。門扉系統的小劇情也是全都放到後面補上。
《３rd》
ＯＰ：
第零章 星杯騎士
埃雷波尼亞帝國上空，有艘豪華飛行船露西塔尼亞正在飛行，船上正舉行著豪華的假面晚宴。而有位綠髮的紳士趁著眾人酒酣耳熱之時溜出會場，來到飛船主人的秘密保險庫。原來這艘飛船的主人是黑手黨，利用一件古代遺物的力量從事各種骯髒交易。正當紳士取走保險庫內古代遺物時，突然警鈴聲大作，厚重的庫房大門應聲關上。
黑手黨的手下趕到現場，卻看見保險庫的門被暗紅的巨大矛槍貫穿。隨即星杯騎士凱文．格拉漢破門而出，當場收拾掉這些手下。凱文一路過關斬將，逃回面對飛船正前方，有大片落地窗的宴會會場。正當黑手黨們認為他無路可逃時，凱文卻直接破窗，跳到下方前來接應的守護騎士專用艇梅爾卡瓦上，對著月光揚長而去。
他們正是怪盜基德星杯騎士，七耀教會中專門回收世上古代遺物的組織。
凱文馬上接到了下一個任務，到利貝爾回收最近從瓦雷利亞湖打撈上來的遺物。隻身來到王都格蘭賽爾的凱文，在教堂底下與軍方代表希德中校一起進入了教會暫時存放古代遺物的設施始源之地。這是一個寬敞高大的圓形房間，中央有個精雕細琢的台座，那裡放置著一個古代技術製成的箱型物體。同行的還有艾莉卡．拉賽爾，她是緹妲的母親，最近才從國外返回，主持利貝爾．方舟的打撈工作。
艾莉卡不願交出遺物。除了它具有高度研究價值外，也因教會對需回收的遺物定義為「仍具功能的物件」，打算以此箱並無任何導力反應為由拒絕教會。但這時出現了另一名女性星杯騎士莉絲．亞潔朵，對艾莉卡的主張也提出質疑。
艾莉卡見到莉絲時瞬間動搖，原因竟是她太可愛了。雖然艾莉卡立刻出示緹妲的照片表示自己具有免疫力，但仍不禁開始痴女發言。就在場面混亂時，那個箱型物體卻突然發光，從中飄出一個被藍光所圍繞的金屬立方體。凱文見狀，當場將此物命名為「方石」，遵照教會與利貝爾的古代盟約將其回收。
凱文和莉絲在稍後的夜晚中來到王都街上，凱文立刻要莉絲別再裝生，畢竟他倆是青梅竹馬，且對她突然出現於此感到訝異。莉絲卻回說這是凱文長期失聯導致的。接下來，肚子餓的莉絲去超市掃光所有打烊前的剩貨，此時兩人卻發現他們被一個技術拙劣的人跟蹤。
凱文和莉絲順勢將跟蹤者引致荒僻的王都港口，發現他是基爾巴特。痛扁他一頓並打倒意外出現的直升機機器人Ｇ．阿帕契後，一旁的倉庫頂突然出現一名戴著黑色假面的銀髮男子。他說著意義不明的話語，而隨著他說的話，凱文手上的方石竟發出強光，將所有人都籠罩住……
第一話 影之國（第一星層）
凱文和莉絲恢復意識時，發現身處一個看似古代遺跡的石造庭園中，中央有座大石碑言明此處名為「隱者的庭園」。庭園四周有一棵大樹、一口泉水，還有一排非常高的書架，而這整座庭園竟漂浮在一大片看似宇宙的星空之中。
兩人返回石碑處時，突然一陣莫名其妙的雷擊將兩人身上的迴路都擊碎為耀晶片，然後四角的設施瞬間活性化，大樹販賣食材、泉水恢復CP、中央石碑也開始供應武器裝備和迴路……正當凱文不知該如何吐槽好時，石碑後方的平台出現了不知通往何處的傳送魔法陣。由於無處可去，只能順著此路前進。
傳送陣將兩人送到一個由綠色建材造成的迷宮翡翠迴廊，這裡徘徊著許多亡靈、骷髏之類的不死系怪物，且有許多通路被怪異的障壁封鎖而無法進入。順著能走的路到底，發現一塊金色的結晶體。這時突然虛空中傳來一位女性的聲音，說此物是「封印石」，要凱文將它拿至庭園的大石碑處「解放」。只能照做的凱文將封印石拿回石碑前，封印石放出耀目的光芒後，竟從中出現了預約禮緹妲．拉賽爾，據她所說她也是突然被一陣光芒壟罩才身處於此的。
緹妲加入後，眾人繼續探索翡翠迴廊，發現有一條路的封鎖解除，而在那條路的盡頭停放著巡洋艦埃爾賽尤。艦上空無一人，但在艦長座位上有另一顆封印石。凱文嘗試將它解放時，莉絲說也許會再抽到…不是，跑出一個緹妲，結果出來的是登入禮尤莉亞。詢問之下，她來到這世界的遭遇也幾乎相同，看來這一切都是在某人的安排下進行。
翡翠迴廊的最後一條路開了，在到達一個大平台，可以看到前方有另一個轉移魔法陣時，突然有一隻外表恐怖的巨大的怪物透過地上的紫色魔法陣召喚而來，眾人只能奮力應戰。
章節Boss：煉獄惡魔─「嘆息之柩」貝沃
好不容易擊倒了這隻可怕的惡魔，先前見過的假面男再次出現。他自稱黑騎士，告訴眾人這裡是「影之國」，而前方還有更多的試煉等著他們。說完話，黑騎士再次消失無蹤……
第二話 異界化王都（第二星層）
從翡翠迴廊的出口前進，大家發現自己回到了王都格蘭賽爾。可是很奇怪，整個王都空無一人、到處都有跟前面一樣的障壁、而且有一樣有許多怪物徘徊。探索帝國大使館、停在港口的山貓號和競技場，分別發現了穆拉、喬絲特和約書亞的介紹信封印石。最後來到王城，在陽台上遇到被怪物攻擊的基爾巴特。但救下他後發現他也是啥都不知道，只是一溜煙地跑了。
到了女王宮後方的陽台，突然出現一個彷彿幽魂的女子。她說了幾句斷斷續續的話，丟下通往地下寶物庫的鑰匙後就消失了。從寶物庫的導力梯下降到地下遺跡封印區域的入口，原本大家還做好在這裡長途跋涉的心理準備，但凱文似乎察覺到了什麼，提議大家再往前走一點。結果才過了一個房間，就突然來到了當初與幻想樂曲對戰的最下層。
在這裡等著的，是一個用黑色袍帽和白色假面遮住全身的詭異人物。他自稱「影之王」，是這個世界的統治者。此時凱文說出了自己的推論：這整個王都不過是虛假的複製品，真的王都並沒有被怪物攻陷。正當身為親衛隊長的尤莉亞鬆了口氣時，影之王卻拿出一個封印石，並暗示裡面正是尤莉亞重要的人。於是影之王召喚出另一隻大惡魔，要眾人以打敗牠為條件換取封印石──！
章節Boss：煉獄惡魔─「暴虐」洛斯托爾姆
打敗惡魔後，影之王爽快地交出封印石，但在離去前留下幾句諷刺凱文的話語……
第三話 金之道、銀之道（第三星層）
影之王的封印石內是克蘿賽和吉克，同樣在說明後加入隊伍。接下來的區域，依照再次出現的神祕女子的說法，強制要所有人分別以凱文和莉絲為隊長分成兩隊才能通過。雖然不願意但也只能遵守規則。
在兩隊分別到達終點時，他們眼前居然出現了好像被控制了的他隊隊長！？
章節Boss：煉獄惡魔─擬態凱文＆擬態莉絲
沒錯，打贏之後才發現那些都是冒牌貨，且各遺落了一顆封印石。兩隊隊伍在第三星層終點會合，而黑騎士再次出現，但他也只是說了些意義不明的「影之王的傳言」就離開了。
第四話 昏之聖痕（第四星層）
這一次從封印石解放的是奧利維爾和陣。雖然他們也都樂意協助，不過看著與眾人寒暄的凱文，莉絲突然不悅地要求暫時離隊。她指責凱文面對這些真心以待的朋友，只是以虛假的演技應對，事實上根本就沒與任何人有任何的交情。
這時約書亞走來，跟凱文確認了懷斯曼的死。雖然凱文強調這只是任務，但約書亞仍表示感謝，並願意代替莉斯與凱文繼續進行探索。
前進到第四星層，眼前的景象是盧．洛克爾的遊擊士訓練設施，可想而知也是虛假的。眾人探索設施各地，遇到了擬態惡魔變身的亞妮拉絲、雪拉、阿加特，並分別回收了他們的封印石。途中又遇見了被怪物抓住但卻毫髮無傷的基爾巴特，看來影之王也有某種惡趣味……
探索過所有地點後，通往下個星層的魔法陣出現在入口附近，但接近時守衛此處的惡魔也出現了。這次的敵人力量不同於以往，竟使用魔眼使凱文等人變成待宰的羔羊。這時莉絲突然出現並奮力與之纏鬥，無奈力不從心，即將被打敗。這時凱文突然暴喝一聲，背後閃現出巨大的神祕紋樣，瞬間打破魔眼的束縛，以冷酷無比的聲音下達宣言──要對被他認定為異端的惡魔進行死的制裁。
章節Boss：煉獄惡魔─「深淵」阿斯塔爾特
在凱文的真Ｓ戰技──魔槍羅亞的威力下，惡魔的身體被無數的巨大漆黑長槍刺穿，立時消失無蹤並落下了封印石。這時影之王再度現身讚嘆凱文的力量，凱文要影之王別再故弄玄虛，趕快現出真面目。但影之王卻反問凱文是否真心想知道他的身分，而凱文竟然也猶豫起來。在猶豫間，影之王表示棋子已差不多到齊，可以準備正式的遊戲盤了。隨後他又再度消失……
回到隱者庭園，解放出來的是艾絲蒂爾。雖然大家看到艾絲蒂爾都很開心，但凱文此時卻倒下了……
第五話 光與影的迷宮（第五星層）
約書亞判斷出現在凱文身上的紋樣應是「聖痕」，此時莉絲也出來解釋：以前懷斯曼控制約書亞的聖痕不過是仿製品，真正的聖痕是會自然出現，同一時間出現於世界上的十二個人身上的東西。這些人會被教會網羅，成為領導星杯騎士團的十二位「守護騎士」，凱文正是其中的第五位，「異端制裁者」。聖痕具有極為強大的力量，但也會給使用者很大的負擔，剛才凱文就是因為過度使用力量才會昏倒。於是接下來，莉絲和興致勃勃的艾絲蒂爾將做為領隊帶領大家繼續探索。
第五星層是閃著金光的空間和盤踞著暗影的虛空構成的世界，莉絲和艾絲蒂爾在兩個空間中分別找到了一個封印石，裡面是理查和蕾恩。理查對於曾造成政變的自己身處此處很困惑，蕾恩更是差點和眾人大打出手，幸好在哭泣的緹妲面前決定暫時合作。
理查身上出現前所未有的現象，應該已經退伍的他身上卻穿著以前情報部的軍服，蕾恩因此推測出影之國是一個會把人們心中的願望轉化為實體的世界。
在第五星層的終點，看守者是三隻噁心的惡魔蜘蛛。
章節Boss：煉獄惡魔─「暴食」三姊妹
這回被打倒的惡魔掉落了一顆藍色的封印石，感覺不像人，反而有種神靈般的聖潔感……回到庭園解放它，出現的就是一直以來做出指引的神祕女性。她的名字是賽雷斯托．D．奧斯雷賽，是克蘿賽的祖先，也是千年前封印輝之環的「封印機構」的領導者。
第六話 守護者的試煉（第六星層）
賽雷斯托向大家說明，這個影之國其實是輝之環的子系統，是為了處理人類向它所許的願望而製作出來的世界。它能夠反映現實及人類的內心，自由自在地改面自身的形貌。當初封印輝之環時，封印機構製作了方石作為連接這個世界的鑰匙，並把賽雷斯托的人格複製進影之國，從後方的這個世界支援封印行動。
封印成功後，賽雷斯托原本是此處的管理者，等待環的封印再次解除時可以對後代的有志之士進行支援。但影之王出現，奪走了她的所有力量，並創造了七個「星層」。雖然能推斷影之王就躲在第七星層，但他的身分和目的就連賽雷斯托也無從知曉。
這時凱文醒來了，表示他對於影之王的真面目已經心裡有數，只是缺乏決定性的證據，應該可在第六星層找到。聽到他這麼說，眾人也只能繼續前進。
來到第六星層，這裡被做成了艾爾貝周遊道（艾爾貝離宮四周的環狀步道，參照地圖）的樣貌。而原本立在周遊道四處的七耀紀念石碑，上面浮現了發光的文字，寫著石碑可通往的「領域」及進入條件，需要特定人物跟隨凱文才可進入。
（這一部分的劇情都是利貝爾各地景致加上駐守在內的空軌角色，需要打贏才能前進。雖有對話但基本都是跟主線無關的敘舊，我就都省略了）
１.無色之學舍：克蘿賽限定，被弄成黑白色的王立學園。守護者是渡鴉幫和菲利浦。
２.鏡中秘所：亞妮拉絲限定，左右顛倒的結社湖畔基地。守護者是克魯茨等遊擊士前輩四人和霧香。
３.鐵壁要塞：理查限定，夜晚的雷斯頓要塞。守護者是王國軍的諸位高級軍官和卡西烏斯。卡西烏斯似乎已看穿一切，僅以點到為止的話提醒凱文。
４.漆黑方舟：約書亞限定，塗成黑色的古羅力亞斯。守護者是卡普亞一家、執行者眾和黑騎士。
其實大家早知道黑騎士是誰，只是約書亞害怕的感情形成了他所戴的面具。打贏他後，發現果然就是死去的萊維。萊維確信了凱文已經決定接下來的計畫後，釋懷地消失了，留下惆悵的眾人……
之後，原本一直不能通過的，周遊道中通往離宮的路打開了。由於某種推斷，凱文說出莉絲必須同行。於是凱文和莉絲一起通過了那條路，來到的卻不是艾爾貝離宮，而是一個寧靜的小型教會建築。
凱文說這裡是「紫苑之家」，是他和莉絲從小長大的地方。
第七話 遙遠的炎群（第七星層）
凱文和莉絲在紫苑之家內巡迴，想起了過去的各種點點滴滴。最後，凱文終於說起了自己的過去，並提到令紫苑之家現已不存在的事件。
凱文原本的家是個單親家庭，媽媽辛苦地獨自扶養他。但是凱文的媽媽受不了現實的艱苦，終於在一個冬日早上要拉凱文一起自殺。凱文逃了出去，等他回家時發現媽媽已經自殺死了。
凱文於是獨自在街上流浪，碰到剛好經過的莉絲和她露菲娜．亞潔朵。露菲娜以半強迫式的溫情帶凱文進入教會，讓她跟莉絲一起在教會經營的孤兒院──紫苑之家長大。凱文非常努力向上，順利成為星杯騎士團的優秀成員。
然而有一天，有個反教會人士雇用的獵兵團襲擊了紫苑之家，剛好此處有對抗能力的人都不在。率先從外地趕回的凱文獨自掃平了所有獵兵，卻發現有個獵兵抓了莉絲當人質，躲進了紫苑之家底下的始源之地。被逼到走投無路的獵兵拿起封印在該處的古代遺物魔槍羅亞，變化成怪物擊敗了凱文。
但沒想到這時凱文身上的聖痕甦醒，吸光了魔槍羅亞的所有力量，並反過來將他殺得屍骨無存。同時間露菲娜趕到，面對無法控制聖痕與魔槍之力而暴走的凱文，她選擇讓自己成為活祭，在犧牲了自己的生命後終於讓凱文恢復理智。
而這之後，凱文非但沒被追究責任，反而因為聖痕的顯現而被封為守護騎士。無法接受的凱文為了讓自己受到懲罰，故意承接大量骯髒、殘忍的任務，特別是手刃與教會為敵的「異端」。而如今，最大最強的懲戒化身為現實出現在他眼前，那就是影之王──露菲娜．亞潔朵！
影之王應聲出現並拿下了面具，真的就是露菲娜。凱文主動向影之王表示他願意接受制裁，相信這樣整件事就能結束。莉絲立刻憤怒地攻擊影之王，表示若是真正的露菲娜也一定不會做出這樣殘忍的計畫。於是影之王轉而對莉絲下手，製造出讓莉絲掉落的無底裂縫。凱文見狀立刻衝過去，兩人一起跌入煉獄。
等到凱文和莉絲終於著地，發現眼前正是滿地烈火與鮮血，人類想像中的恐怖地獄。原本凱文正想讓自己墮落於此，但莉絲的存在讓他下定決心一定要盡早找到出路。兩人在煉獄中跋涉，路上遇到凱文的母親、被凱文制裁的異端等亡靈摧殘身心，但兩人仍在互相鼓勵下勇往直前。
最後，兩人抵達了一扇巨大的門前。這是傳說中的煉獄門，只要通過它應該就可以返回原來世界。正在煩惱如何開門，眼前突然又出現了個熟人：被凱文制裁的懷斯曼。懷斯曼說他並不想向凱文計較殺身之仇，反是對他身上的真正聖痕很有興趣。如果凱文願意配合他的研究，他倆甚至有可能推翻影之王，統治這個世界。但凱文拒絕了，說他果然無法捨棄身為人的感情。
懷斯曼獰笑地叫出兩指先前戰鬥過的大惡魔，以此威脅凱文。但是凱文此時已領悟聖痕真正的力量，以它淨化了魔槍習得新Ｓ戰技聖槍烏爾。
章節Boss：煉獄惡魔「深淵」、「暴虐」，懷斯曼
落敗的懷斯曼仍獰笑著消失，揚言就算在地獄裡也會一直看著凱文能逞強到何時。這時後方傳來騷動，竟是基爾巴特和追著他的一大群上級惡魔。已經不是追究他們為何會在此的場合了，暫時耗盡聖痕之力的凱文已無法再戰，這是真正的危機──
在此瞬間，煉獄門突然大開，從中衝出了待在庭園的夥伴們！原來承蒙賽雷斯托的幫忙，此門已順利與庭園連接。凱文感謝眾人的協助，與莉絲和基爾巴特逃回了庭園。
最終話 終會到達之處（幻影城）
凱文向所有夥伴們坦承一切，並對這整件因他而起的事件道歉。但所有人當然沒責怪他，而是表示會願意幫忙到底。受到感動的凱文終於真正向眾人敞開心扉，準備同心協力一同對抗影之王。
可是……賽雷斯托通知眾人現在影之王已不在第七星層，而是跑到星層外部，有一個大陸大小的荒蕪區域去了。要前往影之王之處絕不可能靠步行，但也想不出其他的移動方法……這時緹妲突然提議使用翡翠迴廊那艘埃爾賽尤，雖是虛像，但只要所有人集合思念，一定可以用影之國的力量將它變成真實。於是這個破天荒的主意就真被實行並且成功了，所有人搭乘埃爾賽尤突出星層之外，並找到了影之王的最後據點，聳立在荒野中的一座詭異城堡──幻影城。
在幻影城內，所有人再次被影之王的規則強行分為四隊。但大家都相信，就算分開了一樣可以團結一心克服困難。
（除了凱文莉絲這隊，其他三隊的戰鬥都只是彩蛋，在此省略）
凱文和莉絲來到了影之城最深處見到了影之王，影之王再次提出類似懷斯曼的建議，要眾人乾脆接受影之國並讓它與現實世界同化。但凱文也再次拒絕，說露菲娜的犧牲，其實就是要凱文和別人互助，一起堅強地活下去。而他也因此能不再逃避，正視過去與現在的自己大步向前。
而接著，凱文突然說知道了影之王隱藏在露菲娜外表下真實的身分。其實他是半年前輝之環消失時，作為代替的控制裝置，被影之國從凱文身上複製到這個世界的聖痕！
影之王大為震驚，接著便現出了聖痕的真面目。聖痕的真正目的是吞噬凱文這個原版，而凱文等人要是不打倒它，就不會有未來……！
最終Boss：世界的意志「萬有之靈」
萬有之靈崩潰四散的瞬間，複製的聖痕也跟著安靜下來。接著，凱文和莉絲再次被一道光籠罩。兩人發現了自己來到了另一個空間，並且眼前出現了身著教會服裝的露菲娜。露菲娜向兩人凱文和莉絲道謝，稱讚兩人的成長。接著她說若放置不管的話不久偽聖痕會再復活，要凱文現在當場解決她。
凱文無奈地舉起弩槍，但莉絲搶握住他的手。不是要阻止他，而是要跟他一起背負重擔。露菲娜欣慰地接下最後一擊而消失，看見這場面，莉絲哭倒在凱文懷裡……
凱文和莉絲睜開了眼睛，發現自己和伙伴們都還身處幻影城內，原來剛剛兩人只有靈魂被露菲娜召去。而影之王毀滅了，幻影城和整個影之國也即將消失。賽雷斯托當場打開通往現實世界的「天上門」，所有夥伴們一一互相道別後，彼此珍重再見。
（這段眾人告別非常地感人，尤其是艾約和蕾恩的部分……同時也象徵著空軌的正式完結，實在沒辦法簡單帶過……推薦沒看過的去找遊戲影片看）
所有人都已離去的最後，凱文和莉絲一同通過了天上門，邁向他們全新的人生……
ＥＤ：
數日後，凱文透過教會得知所有影之國內遇見的夥伴都已平安返回現實。並向上司提出改掉「異端制裁者」稱號的要求。不過在他順帶提出考慮的新稱號時，卻被回說：如果你不想丟臉，多聽聽莉絲的話吧。
（3rd完）
門扉系統
門扉是3rd獨有的系統，在影之國四處散布著一些需要特定條件才能開啟的「門」，有些還會附加額外的戰鬥，都通過後就會開始播放一段來自於某個時空的某人某事的回憶，算是用來補完軌跡故事的官方「文庫」。
門扉有分三種：月之門（長篇故事）、星之門（短篇故事）、太陽之門（小遊戲）
月之門１：導力裝甲開發計畫（前／後篇）
緹妲的父母──丹和艾莉卡兩夫婦返國了，緹妲在高興之餘發現他們回來的目的竟是要開發能與帕蒂爾．瑪蒂爾對抗的載人兵器「導力裝甲」！經過與父母的一番爭辯，緹妲總算能參與進去，做為跟蕾恩交流的一個契機。
然而在試作機完成時，卻剛好碰上阿加特每月固定來訪的日子。這時緹妲才又發現父母（主要是母）歸國的另一目的是要對阿加特進行「實驗」。在緹妲奮力阻止之下，艾莉卡不斷找阿加特麻煩。不過基於種種原因，阿加特還是甘願協助拉賽爾一家進行導力裝甲的測試。
測試過程還算順利，然而在緹妲準備關閉裝甲時，裝甲卻開始失控暴走！在阿加特和丹的合作下順利將導力裝甲擊毀，阿加特卻也受到重擊倒地。緹妲原本自責地大哭，在阿加特的溫柔安慰下恢復──但這一切全被拉賽爾一家看在眼裡。於是，更激烈恐怖的「紅毛實驗」即將繼續下去……
短評：怎樣也想不通，閃軌３時艾莉卡怎可能放阿加特和緹妲兩人獨自前往帝國呢？這中間到底發生過什麼www
月之門２：委託人
五年前，雪拉扎德還是一名準遊擊士，整天在人手不足的王都支部忙進忙出。這時突然有一名叫愛娜的女子委託陪同遊覽王都，雪拉在克魯茨的要求下不甘願地接下。但緊接著雪拉就發現愛娜被一群身分不明的人追殺，問明後才知愛娜是繼承龐大遺產的富家千金，因此才身陷危險。
為將遺產擺脫，愛娜必須在當日正午前抵達王城辦理手續。在兩位女子的通力合作，以及克魯茨的及時支援下，終於順利達成任務，兩人也因此結為好友。後來愛娜成了洛連特遊擊士協會的接待，也跟雪拉締造了更多（酒方面的）傳說……
短評：這篇解釋了愛娜千杯不醉的理由，想想也真蠻驚人的，果然協會接待都不是普通人能可以勝任囧
月之門３：飄落的羽翼
兩年前，克蘿賽剛進入王立學院就讀。剛開始她非常地拘謹，無論面對誰都小心翼翼，直到經歷過一些酸甜苦辣的事件後才逐漸敞開心房，有了以喬兒和漢斯為首的幾位好友。
這其中有一位個性突出的男孩雷克多．亞蘭德爾．身為學生會長卻終日遊手好閒行蹤飄渺。克蘿賽原本以為他是不良少年，但接觸多了之後漸漸發現此人深不可測，有極強並值得敬仰的能力。但就在遇見艾絲蒂爾他們不久前，雷克多卻突然退學，就此真的消失無蹤……
短評：最長的月之門，也是「稻草人」維克多的初登台。這篇故事算是沒有結果，可以接到星之門８。
月之門４：啟程的清晨
五年前，約書亞剛來到布萊特家時，他對周圍所有人都充滿敵意而保持距離，同時也對艾絲蒂爾無所畏懼的天真態度感到非常困擾。不過到最後，他終於敗給艾絲蒂爾陽光般的笑容，開始願意做為約書亞．布萊特而活。而在經歷了空之軌跡的故事後，他也更是堅定了以這個身分和艾絲蒂爾過完一生的決心。
短評：最簡單也是最沒有爆點的月之門，基本上就是看艾約放閃。雖然這段生活是懷斯曼的刻意安排，不過卡西烏斯也可說是將計就計吧。
月之門５：幸福之石
在瑪西亞孤兒院，特蕾莎老師的生日快到了，以瑪麗為首的孩子們打算要盡心為老師準備最棒的禮物。瑪麗輾轉聽說了一個關於得到就可以獲得幸福的「幸福之石」的傳說，打算到附近古羅尼山上尋找，卻跟同伴走丟，自己也迷了路。
不過此時瑪麗遇上一頭奇怪的幼龍型魔獸，牠會說話，個性也很溫和。幼龍和瑪麗一見如故，一起開心地玩了很久。雖然途中曾如幻影般消失，但隨後又出現拯救不慎跌下懸崖的瑪麗，暗示她有些事只有小孩子能辦到。
當瑪麗彷彿從夢中醒來時，發現自己已回到山下，手中多了個發光的漂亮寶石。雖然不知道這是否就是幸福之石，但瑪麗仍將自己所認定的幸福送給了老師。
短評；很溫馨的童話故事，但也有許多疑點發人省思，例如瑪麗和雷格納特的關係之類……之後到底會不會變成伏筆呢？
星之門１：尤莉亞大人的假日
因為解決利貝爾異變的功績，尤莉亞即將面臨升職。但她覺得自己受之有愧，且也害怕會因此離想要保護的克蘿賽更遠，看出她需要時間思考的女王給尤莉亞放了一天假。不過當尤莉亞走出城外時隨即遭大群狂粉攻擊，扮成修女總算蒙混過關，但又即將陷入曝露危機，最後被路過的穆拉所救。
對於與自己立場相似的穆拉，尤莉亞忍不住吐露心中的煩惱，穆拉聞言提出兩人來一場比試。透過比試，尤莉亞確認了自己真正的希望，決定透過更加精進，成為保護即將登上王位的克蘿賽的更強大的盾。
短評：後來到碧軌時尤莉亞的確升上尉了，可見決心不假……不過同意出版寫真集也算在這次的決心裡面嗎XD？
星之門２：鹽之杭
兩份教會的報告書，分別敘述了突然出現的巨塔型不明物質「鹽之杭」將諾森比亞自治州鹽化毀滅的過程（因而產生了「北之獵兵」）；以及凱文以鹽之杭的碎片將懷斯曼擊殺的紀錄，教授還是鹽之杭災難的倖存者，十分諷刺。
短評：結果這個坑一直都沒有填上，只有六柱稍微提過這是所謂「預定外的奇蹟」而已，至今仍然意義不明……
星之門３：慶功宴之夜
利貝爾異變結束後，眾人曾在王城開了一場盛大的慶功宴。趁著眾人酒酣耳熱之時，克蘿賽將約書亞叫到一旁，趁這時向他告白。儘管約書亞當然拒絕了，但克蘿賽僅是想說出自己的心意而已，並做為好友對艾約兩人送上祝福。至少現在，兩人可以一起看煙火……
短評：總覺得克蘿賽有點可憐……與許多男性擦身而過但沒一個有發展的…
星之門４：旅途的盡頭
在利貝爾的旅途結束了，陣正打算返回共和國，不過這時他卻接到了共和國大使邀請他和霧香一起去亞爾摩村旅遊的邀請。事實上大使的目的是要藉此機會將霧香挖角回共和國的情報機關工作，由於霧香也正有此意，因此事情在極短時間內就已成定局……
短評：霧香不滿足協會接待的工作可以理解，可是在後面看到她成為立場和態度都迴異的人就覺得心情相當複雜= =
星之門５：劍之道
有一天，亞妮拉絲接到來自爺爺──同時也是自己和卡西烏斯師父的來信，要她詢問重返軍隊的卡西烏斯是否有意重拾劍術。卡西烏斯給了否定的答案，令亞妮拉絲對於他的態度提出質疑。卡西烏斯於是安排了亞妮拉絲和理查的對決，在對決中亞妮拉絲理解到：卡西烏斯是想藉由不同的手段來貫徹「劍之道」。於是亞妮拉絲也決定要在自己選擇的道路上不斷前行。
短評：卡西烏斯這時把配劍送給亞妮拉絲，但在黎恩面前說成是「拋棄」，這實在有點……
星之門６：重劍流特訓法
渡鴉幫三人組洛克、迪恩、雷斯聽了艾絲蒂爾的建議，真的去報考遊擊士考試了。而進行他們最終測驗的考官正是阿加特，他帶三人到了昔日古龍的居所，宣告考試內容就是通過此迷宮並最終打倒他。三人在考試過程中雖一度因口角而拆夥，最後仍合力渡過危機，通過迷宮打敗了阿加特。於是阿加特以三人共同行動為條件同意三人合格，並之後還要接受更嚴厲的鍛鍊……
短評：最長也最難的星之門，結果就是三人組在影之國戰技強到爆表……同時這裡也可看出準遊擊士考試沒一定標準，全憑考官高興而設。像雪拉、阿加特、蜜雪兒準備的考試水準就天差地別，這樣真的沒問題嗎？
星之門７：愛普斯泰恩財團
這是以導力器發明人愛普斯泰恩博士為名，由其弟子所創立的組織。為了推廣導力器，弟子們分別在大陸各處高就，包括拉賽爾博士、施密特博士、漢密頓博士等。最終造成現今導力技術遍及全世界，成為各國重要命脈的局面。
短評：施密特博士活躍於閃軌，漢密頓博士說要前往邊境，大概會在未來的共和國篇出場吧。不過這篇沒提到某六柱博士，想來他不可能跟財團沒關聯……
星之門８：帝國歸途
奧利維爾──也就是奧利巴特王子在利貝爾的危機平復後也準備返國了，本來都已經向女王和克蘿賽道別了，但意想不到的人物突然來訪──帝國的「鐵血宰相」，吉利亞斯．奧斯本！而且跟在他身邊的書記官居然是雷克多！
宰相跟皇子在小房間內對談，宰相用帶著嘲諷的鼓勵語氣，告訴皇子意圖對抗他的所有計畫早已被他完全看穿。皇子完全無法反擊，只能宣告完敗。
另一邊，克蘿賽和雷克多在陽台上重逢。兩人的互動顯示出此時他們都已經處於互異的立場，朝著各自的目標努力，對於過去也沒有惋惜了。雷克多表示自己只是因為覺得有趣才跟著宰相，並要克蘿賽轉告皇子別大意而被宰相吞掉了。
得知傳言的皇子決定在宰相回國時用埃爾賽尤擦過其搭乘的定期船，並撒下被導力槍射穿的玫瑰花，以此做為正式的開戰宣言，也表達自己絕不認輸的決心。
短評：這篇完全是在為閃軌鋪梗，雷克多雖然碧軌有出現但並不亮眼，一切都等到閃軌才真正爆發開來。對於宰相的評語我完全同意奧利維爾的話：他不是人，是不折不扣的怪物。
星之門９：操之過急的父母心
柏斯市長梅貝爾對於自家女傭兼好友的莉拉其交際狀況感到擔憂，稍微調查之後發現她疑似有緋聞男友？在擔心與嫉妒的矛盾心情下，所有事情變得相當混亂，到最後才發現是烏龍一場，還被莉拉訓了一頓。
短評：跟主線最沒關係的星之門，就不多寫了……話說這兩人有人氣高到可以壓過那些廢案星之門嗎？真是令人驚訝……
星之門10：極限級人形兵器開發計畫書
關於帕蒂爾．瑪蒂爾的開發紀錄。裡面關於機器人的資料，從開發理念、規格到戰鬥力等等都有，另外就是除了蕾恩以外的嘗試操縱者全數死亡的記錄。
短評：雖然這也是蕾恩的黑歷史之一（還出過本子……），不過本篇曾被我惡搞成「超萌級可愛導力人偶開發計畫」XD
星之門11：「怪盜Ｂ」調查報告
帝國的報社對於怪盜布盧布蘭的調查，對於他的身分做了三種揣測。報導刊出後報社收到怪盜的信，上面用曖昧的言語暗示其中之一已為正確答案。
短評：這篇報導和怪盜回答的真實性都十分令人懷疑，而且閃軌中也沒有任何證據支持，可以說整體上沒有什麼意義……
星之門12：接受調查委託
理查離開王國軍後，跟凱諾娜一起在盧安開了一家徵信社，因為適材適用而受到好評，規模也日益壯大。但有一天理查被前情報部成員的密信約出，對方質疑他為何不繼續先前的「愛國行動」。理查解釋自己已經認識到錯誤，打算用新的方法來貫徹信念，但這卻無法得到對方的諒解。在那名成員憤怒離去的同時，感到愧疚的理查一句話都說不出口。但他不會改變自己現在的選擇，即使仍然感到迷惘，仍然會繼續不回頭地走下去。
另外，這裡也埋下獵兵團「赤色星座」在共和國滋事的伏筆。
短評：能馴服凱諾娜的果然只有理查……他倆能在一起真是太好了。而那個伏筆在碧軌也只回收一半，黎軌我還沒能玩上……
星之門13：帝國協會連續襲擊事件
又一份紀錄報告，描述卡西烏斯在FC時間的帝國行。帝國各地的遊擊士協會受到小丑坎佩尼拉帶領的獵兵團攻擊，卡西烏斯迅速地安排人員，在最短時間內就把敵人完全殲滅。因為這次事件讓帝國情報局對卡西烏斯感到恐懼，將他列為了需要最嚴密監視的人物。
短評：這個事件的結果在閃軌就能看出來，遊擊士協會也被趁機打壓到幾乎消失…然而小丑的實力終究還是無法判明。
星之門14：幻焰計畫
利貝爾方舟崩潰的同時，坎佩尼拉避開所有人，獨自進入古羅力亞斯的一個特殊密室「星辰之間」，展開與其他眾使徒及盟主的通訊。坎佩尼拉交還給盟主懷斯曼的法杖及被封印於其中的輝之環，盟主收下後宣布「幻焰計畫」正式開始。
坎佩尼拉退出星辰之間後，自言自語著表示這次的計畫將是先前完全無法比擬的…………然後要玩家不要再偷窺了，等著買新作吧。
短評：……反正就是吊足玩家胃口的宣傳新作用短篇，裡面埋的伏筆多到令人懷疑有生之年是否真能填完。無法簡述，去看遊戲影片吧……
星之門15：樂園的少女
１.蕾恩被帶到叫做「樂園」的地方，原本要「工作」，但有其他四個孩子保護她，讓蕾恩得以獨善其身。
２.其他的人一一消失──或者說從來沒存在過，蕾恩被迫自身面臨「工作」，陷入真正徹底的絕境。
３.約書亞和萊維殺進「樂園」，看見全身赤裸、身上畫滿十字傷的蕾恩，約書亞說「想看看這孩子真正活著的樣子」，問萊維是否能讓她加入結社。
４.蕾恩在某處看著眼前一對似曾相識的男女，他們手上抱著一個男嬰，看似已經忘記了自己曾經的女兒。萊維：要砍了嗎？蕾恩：他們是假的啦。
５.蕾恩從惡夢中醒來，乘著帕蒂爾．瑪蒂爾，飛往克洛斯貝爾……
短評：蕾恩和F社不折不扣的黑歷史，最被所有玩家難忘的劇情……零碧軌將這件事大部分解決了，然後在閃軌４正式畫下句點。
太陽之門１：
卡普亞一家在女王的資助下開起了快遞公司，因為快速方便生意也蒸蒸日上。然而有天發生多倫弄丟約書亞來信的事故，氣憤的喬斯特忍不住扯出以前他們原本是貴族，卻因多倫受騙而傾家蕩產的往事。這時候，突然基爾巴特架著Ｇ．阿帕契前來耀武揚威，在一番激戰後被喬斯特用機關砲打落海中。
短評：欺騙卡普亞一家的詐欺師後來被羅伊德逮捕了，但星軌時多倫眼前卻又出現別的騙徒……女神啊，放過這群老好人吧！
太陽之門２：爆釣傳說艾絲蒂爾
艾絲蒂爾原本只是把垂釣當興趣，卻陸續接到專業釣魚集團「釣公師團」成員的挑戰。不知不覺地位越升越高，最後成了「爆釣王」……
短評：釣魚一直都是純粹的娛樂小遊戲，看看就好。
太陽之門３：裏武術大會
在神祕紳士的邀請下，於異界王都競技場將展開主角們與無法想像的驚人對手的慘烈修羅場……！
短評：專門針對玩家的極限挑戰。全人物北斗神拳化最有看頭。
太陽之門４：賭博師傑克
SC內收集的長篇小說中主角～賭博師傑克及女主角哈璐出現在了眼前，雙方展開了精采的撲克對決。無論最終誰勝誰負都不代表什麼，因為這不過是一場兩邊都沒認真的輕鬆遊戲。
短評：這兩人到底是不是跟紅耀石一樣真實存在啊？
太陽之門５：軌跡之絆
坎佩尼拉無視劇情，換上華麗服裝舉辦的問答大賽。你對於空之軌跡了解到何種程度呢？
短評：提問的內容上至天文下至地理，側寫出軌跡內容有多豐富。
