雖然Grimoire Nier出版後解答了不少疑問，但還有幾點未解之謎。
①過場畫面裡的報告書有這麼一項：
成功例の報告 2039.01.15
完全なる成功例を発見し、保護。
（中譯）成功例報告 2039.01.15
發現完全成功的例子，並進行保護。
「成功例」是甚麼？
如果是指Gestalt Nier，他Gestalt化的年份是2053年才對…
疑惑度：★★★★★
找砸度：★
感想：如果說那個「成功例」是指13本封印之書，但用「發現」／「保護」的字眼好像不妥……
②Replicant沒有生殖能力，那麼Replicant Nier和Replicant Yonah是以甚麼形式出生的？
疑惑度：★★★★★
找砸度：★★
感想：Replicant的生死由Android控制，但具體情況是……
Replicant Nier怎樣看著妹妹出生的？？
③3288年，Legion和魔素消失。
為甚麼Popola和Devola不立即執行「黑之書計劃」，以致魔王等不耐煩擅自行動？
疑惑度：★★★★★
找砸度：★★
感想：資料集裡其實有說過受到Android控制的地區Gestalt逐步回到Replicant身體的情況……
但為甚麼不執行「黑之書計劃」一口氣去做呢？
④「這個錯誤似乎是Gestalt計劃其中一個程式員故意所為。
那程式員認為Replicant才是真正應該統治世界的人。」
搞怪的程式員具體做了些甚麼？
疑惑度：★★★★★
找砸度：★★
感想：（可能一）令Gestalt即使得到魔王的穩定魔素仍不免崩壞；（可能二）令Popola腦殘……![]()
⑤Replicant Nier的時代裡，還有沒有人類在背後主持「Gestalt計劃」？
還是所有人類都已經Gestalt化了？把一切交給Android真的好嗎？
疑惑度：★★★★★
找砸度：★★★
感想：這個問題「找砸度」頗高，我沒有感想……
⑥引導少年Nier去石之神殿找「白之書」的是Popola嗎？用意是…？
為甚麼Popola把Replicant Nier引到魔王之城搗亂，但又阻止他前進？
疑惑度：★★★★★
找砸度：★★★★
感想：同上……
⑦結局A裡Gestalt Yonah放棄Replicant的身體，迎向陽光自殺……
Gestalt可以自由離開Replicant的軀殼？
如果「黑之書計劃」成功，被強制回歸Replicant身體的人類都一樣可以自殺？
疑惑度：★★★★
找砸度：★★
感想：如果進入Replicant身體的Gestalt可以隨時自殺，整個「Gestalt計劃」很不安全呢～
⑧為甚麼必須殺魔物（=人類）才能得到「封印されし言葉」？
Popola指引Nier收集「封印されし言葉」，不就是讓他殺「人類」嗎？
疑惑度：★★★★
找砸度：★★★
感想：勉強說的話，殺死崩壞化的Gestalt是計劃所容許的。
⑨不需要融合「黑之書」和「白之書」Gestalt都可以進入Replicant的身體？
（例子：Gestalt Yonah和崖之村村民。）
這種形式的附身，和「黑之書計劃」強制回歸身體有甚麼不一樣嗎？
疑惑度：★★★★
找砸度：★★
感想：求解……![]()
⑩Director橫尾說就算Gestalt Yonah繼續寄宿Replicant Yonah的身體裡，但治不好黑文病還是會死…
為甚麼五年來Gestalt Yonah+Replicant Yonah的黑文病沒有發作？
疑惑度：★★★
找砸度：★★★★
感想：純找砸？！
⑪為甚麼魔王之城的鑰匙碎片會散落各魔物中？
疑惑度：★★
找砸度：★★★★★
感想：遊戲嘛～
⑫在Replicant生死輪迴當中，Nier有時以Yonah哥哥的身份出現，有時以父親的姿態出現。
那麼在一千多年前新宿Nier和妹妹的真正關係是「父女」還是「兄妹」？
疑惑度：★★
找砸度：★★★★
感想：雖然我很想知道，但應該無解……![]()
⑬Fyra在故事前半／後半的年齡是？
Grimoire Nier有三種說法：
1. 人物介紹──5/10
2. Abyss of Nier──10/15
3. 《小公女》──8/13
疑惑度：★
找砸度：★★★★★
感想：不重要的錯誤罷？
呵呵～綜合以上各點，多出一本資料集吧！
像《DOD》般出版小說也不錯。
創作內容
《NieR》十三個未解之謎
NieR: Automata (3)