1368年9月16日，逃亡的元順帝撤到上都。順帝仍用「大元」國號，當時高麗人叫「北元」。當時政治形勢是除了元順帝據有漠南漠北的蒙古本土，關中還有元將王保保駐守甘肅定西，此外元廷還領有東北與雲南行中書省等地區。而駐守西北的王保保也成為北元政府最後的支柱。依版圖而言，還不算全輸，但大多民心已失，而且依當時元廷常鬧內鬨的情況，焉能不敗？
「明太祖」朱元璋為了驅逐位於蒙古的元廷勢力，採取兵分二路，各個擊破的方式，展開「明太祖第一次北伐」。元順帝則試圖收復大都，再次封王保保為「齊王」，命其從其根據地山西太原北上，繞道雁門關和居庸關奪回大都（當時已被明太祖改名北平），徐達趁王保保進攻大都的機會，攻入山西，在太原城下擊敗了回師救援的王保保，王保保遠走大同，並進一步退出塞外。
1369年，明將常遇春、李文忠率步卒八萬，騎士一萬，自北平往取開平。7月16日，明軍逼近上都，元順帝撤離上都，當天到達應昌。7月20日，明將常遇春攻克上都。明軍北追數百里，俘宗王慶生及平章鼎住等，一律處決。俘虜將士萬人，車萬輛，馬三萬匹，牛五萬頭。薊北元軍全部覆滅。常遇春在凱旋途中病死於柳河川，李文忠代為經略。同年間，大元奇皇后逝世，死後只留下「禍亂宮廷」的汙名，並無韓劇改編的那般偉大。
韓劇《奇皇后》
1370年，明太祖鑒於北宋末年燕山一帶在兩年之內得而復失的前車之鑒，決定北征消滅北元。明太祖命右丞相徐達為征虜大將軍，浙江行省平章李文忠為左副將軍，都督馮勝為右副將軍，御史大夫鄧愈為李文忠副將，中山侯湯和為馮勝副將，出兵進攻元國。
根據當時元順帝在應昌府，王保保在定西的情況，明太祖決定：「分兵為二道：一令大將軍自潼關出西安搗定西，以取王保保；一令左副將軍出居庸關入沙漠以追元主，使其彼此自救，不暇應援。況元主遠居沙漠，不意吾師之至，為孤豚之遇猛虎，取之必矣，事有一舉而兩得者，此是也。」並命大同指揮金朝興、大同都督同知汪興祖（即張興祖）等先期進攻山西、河北北部作為佯攻吸引元軍。1370年1月， 佯攻部隊金朝興一軍攻克東勝州（今內蒙古托克托）。2月，汪興祖一軍攻克武州（今山西五寨）、朔州（今山西朔縣）。2月底，徐達率主力攻到定西，並在沈兒峪（在定西北）大敗保保。王保保逃往哈拉和林（今蒙古烏蘭巴托西南哈爾和林）。
1370年5月27日，元順帝因痢疾駕崩於應昌，享年50歲，在位36年又312天（含北元2年124天）。皇太子愛猷識理答臘在應昌繼承了皇位，史稱「元昭宗」。6月多，徐達派鄧愈去招撫吐蕃，自己則率主力南攻克陝西略陽、沔州（今勉縣）、興元（今漢中）。6月10日，明軍將領李文忠攻克應昌，元昭宗逃往哈拉和林，身邊僅有一小股隨從陪同，他的眾多妃子以及兒子買的里八剌被明軍俘虜，還有五萬餘元軍投降明軍。1371年，元朝遼陽行省平章劉益降明，明朝控制今遼寧南部。然而之外的遼陽行省地區仍由元朝太尉納哈出控制，納哈出屯兵二十萬於金山（今遼寧省昌圖金山堡以北遼河南岸一帶），自恃畜牧豐盛，與明軍對峙了十幾年，多次拒絕明太祖的招撫。不過明軍第一次北征可謂大獲全勝。此外，同年間明太祖還派遣湯和、傅友德攻蜀，夏兵不敵，「夏帝」明升投降，「明夏政權」滅亡，四川歸明朝統治。
韓劇《奇皇后》元順帝駕崩
哈拉和林成為元朝最後的國都、最後的堡壘。元昭宗與王保保不甘示弱，兩年內又開始南侵，騷擾明朝的北部各邊塞。明太祖本來傾向於依長城防守為主，但經徐達上奏後採納了徐達的主攻意見，於是展開「明太祖第二次北伐」。朱元璋的作戰策略是分三路各5萬人，以中路為正，東、西兩路為奇，奇正並用，三路合擊。中路以徐達為征虜大將軍出雁門關，說是急攻和林，但實際上卻緩慢進軍，誘使北元軍南下作戰以便殲滅；東路曹國公李文忠為左副將軍出居庸關，經應昌府攻和林，讓北元出乎意料，並可在北元軍南下攻中路軍時包抄其後方；西路宋國公馮勝為右副將軍出金蘭，攻打甘肅一帶，作為疑兵誘使北元軍分散兵力。
1372年3月，徐達的中路軍進入山西境內，其先鋒都督僉事藍玉出雁門關在野馬川（臚朐河，即今蒙古的克魯倫河），擊敗王保保並一路追擊。4月，藍玉又於土剌河再敗保保。雖得到一時的勝利，但這樣一來，明中路軍孤軍深入，沒照原來戰略行事。
6月7日，在元臣朱彥德、劉仲德的規劃下，王保保和部將賀宗哲在和林以逸待勞，擊敗徐達帶領的15萬北伐大軍，殺死數萬明軍士兵和許多將領，斷絕了明太祖占領元朝全部故地的企圖，明軍死萬餘人，被迫南逃。8月，偏將軍湯和又在斷頭山（今寧夏寧朔東北約300里處）被北元軍擊敗，指揮同知章存道戰死。中路軍的兩路均敗。
西路軍則比較順利，潁川侯傅友德的5000騎兵於西涼（今甘肅武威）擊敗北元失剌罕，又在永昌（今屬甘肅）忽剌罕口再敗北元太尉朵兒只巴。然後傅友德和馮勝的西路軍主力部隊會師，於掃林山（今甘肅酒泉北）大敗北元軍，斬首400餘級，俘虜北元太尉鎖納兒加、平章管著等人。7月3日，北元將領上都驢以830餘戶投降西路軍。西路軍攻到亦集乃路（今內蒙古額濟納旗東南），北元守將伯顏帖木兒也舉城投降。西路軍在別篤山口大敗北元岐王朵兒只班，俘虜北元平章長加奴等27人及牲畜十餘萬頭。傅友德追擊到瓜州（今甘肅安西）、沙州（今甘肅敦煌西北），再次大勝，俘獲岐王的金銀大印和牲畜2萬頭，然後勝利班師。如此一來，甘肅地區盡歸明朝所有。
東路李文忠一軍於7月多攻到口溫（今內蒙古查干諾爾南），北元守軍聞訊逃走，留下很多牛馬輜重被明軍俘獲。李文忠留部將韓政守輜重，率主力順著哈剌莽來（今蒙古洪戈爾）、臚朐河追擊元軍，在土剌河、阿魯渾河（即今鄂爾渾河，位於蒙古烏蘭巴托西北）一帶與元將蠻子哈剌章激戰多日。最終北元軍被擊敗逃走，被俘北元人馬以萬計，但東路軍死傷也很多。李文忠繼續追擊，一直追到稱海（今蒙古哈臘烏斯湖南、哈臘湖西），各路北元軍又會聚起來回攻東路軍。李文忠見無法取勝，就決定退兵，一路以兵法故布疑陣全身而退，北元軍隊害怕明軍有埋伏，不敢追擊，雙方脫離接觸。東路軍雖有一定優勢，但沒有完全擊敗所遇元軍。
綜觀明軍的第二次北征，三路大軍基本是各自為戰，沒能按照戰前制訂的策略配合，因此按所遇對手的強弱，命運各不相同。孤軍深入到達北元首都哈拉和林一帶的中路軍和東路軍都被北元拼死反擊而損失很大。反而北元在當時仍保持一定的勢力，元軍在王保保指揮下，元朝對於明朝贏得了一個局部勝利。
1373年3月，元昭宗在大喜之餘，派伯都帖木兒、玉山不花到高麗，以璽書賜高麗王：「頃因兵亂，遷於北。今以擴廓帖木兒（王保保）為相，幾於中興。王亦世祖之孫也，宜助朕復正天下。」高麗恭愍王聽了就火大，欲殺北元使者，群臣阻攔。於是恭愍王在夜裡會見伯都帖木兒，說自己有眼病，實際是防止明朝知道，恭愍王向北元獻苧布。
1374年5月，為了復興大元，王保保遣兵攻雁門，不克。12月，王保保自將攻大同，亦不克。1375年5月，明將藍玉攻陷興扣，敗元軍於白酒泉。6月，元昭帝徙帳於金山，繼續籌畫「反攻中原」的大計。8月，明將李文忠敗國兵於大寧高州。初，明人攻陷應昌，獲皇子買的裏八刺，明太祖封爲「崇禮侯」；至是遣歸，並以手書通好。明太祖的示好，意在讓元朝鬆懈，日後再圖進攻的時機。
1375年9月17日，丞相王保保，死於「哈喇那海之衙庭」。王保保的死，象徵著大元最後一根梁柱的倒榻！王保保死後，元朝再無像樣的武將。王保保之驍勇，甚至還曾被明太祖讚嘆為「當世奇男子」。
1376年春季時分，元將伯顏帖木兒攻延安，爲明將傅友德所敗，歸降於明。1377年，那時高麗王朝已換為新王「禑王」，有番僧自和林至高麗，對高麗人說：「帝將以瀋王孫（即脫脫不花）為高麗國王。」高麗將番僧逮捕，經審訊，認為番僧有精神病，釋放。但是之後北元打算用脫脫不花替換禑王。高麗政府堅決抵制，最終作罷。
1378年5月10日，元昭宗駕崩於金山，在位8年，享年40歲。元史有關昭宗的記載相當稀少，大多是元明兩國交戰的事蹟，而且較重要的也只有王保保。不過以元昭宗在「明太祖第二次北伐」獲勝後，就跑去跟高麗炫耀，未免得意忘形，似並非明主之為？而且從他還是皇太子的時候，常陪著奇皇后一直在宮內胡搞瞎搞，排除異己、結黨惡鬥，「內鬥內行，外鬥外行」，辜負前丞相脫脫之栽培，似乎就學他老爸順帝一樣，註定走上昏君的道路。
（未完待續，緊接著請見證 「元天完宗」孛兒只斤脫古思帖木兒）
創作內容
【小魚說史】大元蒙漢志（九）：「元昭宗」孛兒只斤愛猷識理達臘
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