故事一開始,從同學四方田千砂的自殺後,玲音的同學陸續收到千砂的電子郵件,他人普遍認為這是惡作劇。玲音收到千砂的電子郵件,千砂告知她拋棄肉體,生活在網絡中。也讓玲音開始探索網絡,之後通過一系列事件逐漸領悟到,世界沒有一件事她是不知道的。
玲音也持續不斷的自我審視,一直在求證她自己到底是什麼,普通的女孩,還是別的。她在網絡上發現自己,發現自由,但自己卻沒有自由可以與網絡外的人做朋友。雖玲音是人類進化更新的希望,拯救人類歷史,卻又沒有人認識她。
這是一部探討人與網絡關係的實驗性動畫,故事情節及內容讓人看了迷忙又失落,如果沒興趣的話,幾乎是壓抑自己看著的。現實物質世界、網絡世界和人的潛意識互相交錯,要有耐心的思考涵義。或許只是囫圇吞棗看了一遍,其中精深的表達方式尚未完全透徹,導致看完後仍覺得腦子鬧轟轟的,不知所云。