田中愛子與田中慎一郎（居酒屋老闆）策劃了一場『大規模惡性爆炸事件』，在暗網上找到了一名炸彈客，談妥後便開始了計畫。
田中愛子與一十五醫院的病患佐倉優希是師生關係，感情頗好，在佐倉優希去世前，曾得知佐倉優希的病況痊癒的消息，然而某天直轉急下，去世的突然，大體也直接被運送去了火葬場，佐倉優希的家屬被醫生忽悠的暈頭轉向，沒發覺到醫院的SOP有問題，便聽從指示草草將骨灰下葬了。
然而，紙包不住火，兄長田中茂得知了事實的真相，他是佐倉優希的追求者。
弟弟田中樹是田中家暗地產業的知情者，可笑的是田中夫婦只想讓不是知情者的長男田中茂繼承家業，田中樹對此怨恨不已，激動之下策劃謀殺兄長，再未實施前被田中茂知曉了。
田中茂意外發現田中樹知曉家族的真實情況，卻選擇了隱瞞，尤其他還發現自己變成家裡蹲與佐倉優希的死亡都與雙親有關。佐倉優希的死亡真相是在一次醫院裡的爭吵下，田中樹的一句『真好啊，只要是長男就能輕鬆繼承家業，然而你根本不知道自己只是井裡的青蛙！你敢不敢去問爸媽你喜歡的女人是怎麼死的？』中得知的，不過因為家裡蹲的性子養成的懦弱，他不敢去問，最終還是不了了之。
直到田中茂親眼見到雙親與外科醫生佐佐木智八的對話，他還偷偷跟下了暗道，親眼見到了活著的佐倉優希在他眼前被殺害以及被取出器官的瞬間。他絕望了……膽小的內心讓他不敢前去阻止，只能眼睜睜看著佐倉優希被取走所有器官，就連皮膚都不被放過——他喜歡的女人就像是那些擁有美麗毛皮的動物一般，哀嚎止住的瞬間，她就如同垃圾似的被丟到了角落，在無人問津了。
絕望的他想過自殺，因為自己的性子根本無法為喜歡的人報仇。
巧合的是，他得知了田中樹欲謀殺他，還有田中愛子尋找佐倉優希死亡真相——他初次升起了復仇的心裡，或許他的內心真的扭曲了吧，喜歡的人在眼前被殘忍殺害……他沒敢復仇，田中樹打算殺他……他就決定要報復。
田中茂將經過寫在了日記本上，在自殺前一天交給了田中愛子，並留下一封信後自殺，知道所有真相的田中愛子找上了以前對她很好的田中慎一郎，並將那封信交給田中茂的父母，造成田中茂父母和親戚誤解田中樹殺害兄長。
安室透的確是田中愛子的第二個保險，如果這個案子沒有受到注目，那麼安室透有必要將所有真相告知警方，並將此事傳上網路。
炸彈的時間是故意設置的，為了讓警方注意……不管如何，更多關於炸彈的部分已經無法釐清了，設置炸彈的人早就趁機銷聲匿跡，真的什麼蹤跡也沒有，因此很難從中找到一點蛛絲馬跡。
當然，彙整這一長串的是拿到了甦醒後的田中愛子遞來的田中茂的日記本的安室透。
安室透再說明給江戶川柯南，不過，有關黑衣組織的部分被減少了，江戶川柯南自己也沒有打算補充什麼……已經死了太多人了，除了大半是罪有應得，其他人都是受害者。
——不過有些時候……真相才是毀掉一個人全部的希望吧。
那些人早就身處在地獄深處了，真的有人能拯救他們嗎？伸手將他們從地獄拉出來——不，已經沒有意義了……全都沒有意義了。
江戶川柯南眼神複雜的想到，眼前浮現的是那個在熊熊火海中迴盪著的充滿悲傷及絕望的月光奏鳴曲。
有時候生命就是如此的脆弱。
一個月後，田中樹因為器官衰竭死亡，隔日，田中愛子自殺身亡。
自此，田中家除了已經離開家族的田中慎一郎和曾經與其結婚後離婚的護士長，就沒有一個田中家的人了。
※※※
夜晚，森冷的月光照射下，那一片片枯萎的花草樹木使寂寥的庭院多了詭譎的氛圍。
宛若廢墟的日式房屋充斥著邪惡氣息，彷彿下一秒便會有惡鬼們竄出。
忽然，吱呀、吱呀的聲響從走廊深處傳來，一個銀色捲髮、身穿破碎染血軍裝的孩童抱著一隻全身都是傷痕的白色小老虎，一小步一小步的走著，他一雙金色獸瞳裡閃過一絲血色，面無表情的臉上多次劃下淚水。
不一會兒，他便來到了天守閣的門口。
「主公大人……拜託您——」孩童聲音微弱，他低聲下氣的請求著，只是門內的那個人始終如一。
「我不是說了不要再來吵我嗎！？」男人以尖銳的嗓音嘶吼道，碰的一聲拉開了拉門，鐵青著臉兇狠地瞪視眼前的孩童，「五虎退！難道你還想再少一隻老虎嗎？」
「嗚！」被稱作五虎退的孩童嚇得顫抖不已，縮緊了抱著小老虎的雙手，就怕眼前的人會突然奪走小老虎。
「就憑你們這種普通刀劍，還要我費什麼心？」男人手一伸就想用力推五虎退一把，只見五虎退懷裡的小老虎在那雙手還未伸到前便開始對他呲牙咧嘴，「該死！就因為你們沒用，才搞的本丸入不敷出……我已經不想管了！連一把稀有刀都撿不到！你們這些廢物！」
男人氣的轉身用力碰的一聲拉上了門。
「給我滾！最好就像其他刀一樣碎的乾淨！」
五虎退低下頭，淚水一滴一滴的落在木製地板上，與顫抖的身軀相比，那被捲髮隱藏住的表情，說多冰冷就有多冰冷。
【公元2205年，時之政府為了和意圖干涉歷史的『歷史修正主義者』對抗，將擁有喚醒沉睡刀劍力量的『審神者』和從刀劍中誕生的付喪神『刀劍男士』送往各個時代展開戰鬥。】
【然而，近年來擁有靈力的『審神者』開始稀缺，時之政府為了增加『審神者』，就算只有一點點靈力的人，也會被招攬，沒有確認其人品，導致『審神者』部分人品極差，隨意碎刀、虐刀、寢當番（陪睡）……最終使刀劍暗墮（墮落）。】
五虎退來到手入室，看見躺在骯髒的床舖上痛苦喘息的青年，臉色更加黯淡，他小心意義的跪坐在青年身邊，為他擦拭傷痕累累的身體，在他們身邊，碎裂的刀劍碎片散落一地，還有遲遲等不到審神者手入的重傷的刀劍男士們變回的本體。
「抱歉……陸奧守先生，我沒能說服主公大人……我太沒用了……」五虎退難過地說，他把趴在身邊的小老虎放在腿上，「我會繼續努力的……至少、至少只有陸奧守先生——」
陸奧守吉行的狀況已經聽不到五虎退說的任何一句話了，他不斷喘息，皮膚上開始延伸黑色的紋路，這是即將暗墮的痕跡。
「陸奧守先生……」五虎退垂下眼簾，下一秒睜開雙眼，一道精光閃過，不似平時個性的說道：「不……等不到那個時候了，陸奧守先生，請你稍等一下吧，我去去就回。」
五虎退抱起腿上的小老虎，從榻榻米上站起，他望著一地未拾起的刀劍碎片和靠在牆邊的刀劍說：「再等我一下，我就會帶大家一起離開。」
五虎退一手抱著小老虎，一手放在腰間欲拿起本體刀並直往那個人所在的方向……
「喵嗚……」
［不是！小柯南你想幹什麼啊！？］小老虎驚恐地小聲叫道。
「你很害怕吧，沒事哦！」
［等等，不要在心裡叫那麼大聲，研二先生，我現在只是去處理人渣而已。］五虎退面上不顯情緒，心裡則無奈的回答。
「喵~~」
［小柯南你忘記小研二是警察嗎！？就算只是爆炸物處理班的警察也還是警察哦！］小老虎努力抬起頭舔了舔男孩的臉頰。
「嗚……好癢，乖，我們要去處理重要的事情！」
［我當然知道，但是任務是這樣的……而且，這裡是法律控管不到的地方，如果繼續下去的話，那位陸奧守先生肯定會……］
不知不覺，他們在邊走邊聊下又來到了天守閣。
「必須下定決心。」
［因為有些人必須用這種方式才能阻止。］五虎退像是想起什麼似的，眼神一暗。
「嗚……」
［小柯南……或許是我想的太簡單了吧，好吧，至少讓hagi幫你！］小老虎堅定的看向眼前的拉門。
「謝謝你。」
［謝謝你，研二先生。］五虎退一瞬間衝進了門內！
「搞什麼！？五虎退你——啊啊啊啊！住手啊！！！五虎退你為什麼……」
審神者痛苦慘叫聲響徹整個本丸，從憤怒到怨恨、難過、絕望……最後，不解的哭嚎。
『副本——時之政府。』
『抽取角色——五虎退、刀劍男士——短刀、粟田口、個性膽小愛哭、沒自信，伴生動物為五隻白色小老虎。』
『抽取角色——五虎退的小老虎之一。』
『副本任務開啟。
一、主線任務-融入本丸。
二、支線任務-初次出陣。』
※※※
時間調轉回最初的時候——
坐在病房裡的江戶川柯南眼睛盯著論壇，萩原研二因為屬於江戶川柯南的『伴生動物』（系統解釋），使他也能看到系統的版面。
【求問】各位都選擇什麼陣營？
1：無名
我記得當初選擇『紅方』啦！本來我就沒辦法幹壞事嘛！
2：無名
哈哈……就我選『黑方』嗎？我超想跟貝爾摩德吃晚餐！
3：天天追柯南
『紅方』，雖然是紅方！明明是紅方！柯南就天天警惕我！我不過是不小心出現在案發現場而已！！！
4：無名
哈哈哈哈！！！我選『中立』，上面那個傢伙不是一次兩次了，我都懷疑你能預知案件在哪裡發生！我已經看到你當『第一發現人』好幾百回了！
5：是我啦！
不會吧？你難道跟蹤他wwww
6：無名
抱歉，忘了說我是警察！雖然選中立，但我是警察。
7：天天追柯南
喂喂喂喂——你該不會是每次都懷疑我殺人的那個混蛋警官嗎？我都說我是無辜的了！！！
8：無名
就你也算無辜嗎？你走到哪都有大堆大堆的屍體！我都懷疑柯南的死神稱號換人當了。
9：天天追柯南
你以為我想嗎！！！！！
……
50：長命百歲的貓
『黑方』，天啊，上面吵了一長串啊，不過說真的每一屆穿越者裡，總會有一個走到哪就引發命案的，就不知道是怎麼回事，我記得當時有個傢伙還天天去神社、寺廟、教堂，想要處理這個體質，導致後期命案都發生在那些神聖場所裡……
51：無名
『紅方』，我知道我知道（舉手）那傢伙超有名的好嗎？我作為水無怜奈的接線人都聽水無怜奈本人說過，『那個人』可能是『組織裡排行極高的代號成員』。
52：天天追柯南
什麼！？這是每一代都有的嗎？
53：長命百歲的貓
噗噗——（打叉）他可是『紅方』哦！隸屬公安，當時作為安室透的屬下，還跟風見感情很好。
54：天天追柯南
嗚嗚嗚嗚嗚嗚——（大哭）為什麼只有我被當成黑方看待！！你看看我啊柯南！我明明最喜歡你了！！！
……
112：黑方殺手
『黑方』，我跟琴酒組過一次搭檔，不過！！被基安蒂搞壞了初次任務之後，我不管做哪個任務都會被那些廢物搞砸！！導致琴酒每次看我都跟看廢物一樣！！你怎麼就不看看是誰搞的鬼！！！
113：無名
上面的冷靜，我跟你一樣『黑方』，不過剛在組織登場一瞬間就被琴酒當作老鼠一槍爆頭，還好我死不了，有夠……
114：黑方殺手
別說，後期我跟你差不多，我看琴酒根本不需要什麼隊友！
115：無名
怎麼會wwww 他還需要有人幫他開直升機wwwww
116：酒瓶
別說我還真幹過，這裡『紅方』，公安臥底。
……
330：路人甲
我選『中立』，對了最近副本任務是不是很難過啊？我都卡關了。
331：副本達人
哪個副本說來聽聽。
332：路人甲
就是時之政府，我抽到審神者，每次都被自己的刀劍給殘忍殺死……我真的受夠了。
333：副本達人
哦，那你可真衰……不過你只要對他們好一點就可以了！
「我說研二先生看的真津津有味，不會覺得很恐怖嗎？這些陌生人對你了解極深，你卻連他們是誰都不知道……」江戶川柯南看著一直在發表意見的萩原研二說道。他有時也會因為留言感到有趣，只是一想到這些人對自己瞭若指掌就無法不懼怕。
［啊……可能是沒提到小研二的事情吧。］小狗狗因為江戶川柯南說話吐出的氣息使耳朵搔癢難耐，他用爪子抓了抓自己兩隻耳朵，一下三角耳一下直立耳，就是完全沒用，［小柯南！hagi覺得耳朵好癢！］完全不覺得這樣撒嬌有什麼問題的萩原研二一邊蹭著江戶川柯南的胸口一邊嗷嗚嗷嗚的叫著。
「好啦好啦！我幫你搔搔。」江戶川柯南伸手指搔了搔萩原研二的耳朵。
忽地，系統特有的電子音迴盪在一人一狗的腦子裡。
『告。距離副本開啟時間剩下——1小時。』
「汪？」
［副本？什麼副本？］萩原研二一臉好奇的說。
「……」
［小柯南？］瞧見江戶川柯南抿著嘴唇，臉色一沉，陰鬱的氣息漸漸壟罩了上來，萩原研二見狀再度叫喚道。
「抱歉。只是不知道怎麼解釋。」江戶川柯南回過神後，勉強地扯出一個笑容，「算是……嗯……另一個世界吧，那裡的一切就跟這裡一樣，都是真實的。」
「總而言之！」江戶川柯南清了清喉嚨，壓下複雜的情緒，面上正色的說道：「如果研二先生跟著我一起去副本世界的話，不要到處亂跑哦！」
［我知道了！不用擔心我哦小柯南！］小狗的小爪子踩在江戶川柯南的大腿上，尾巴也晃動了起來。
「不對！我們現在還在醫院！如果突然消失的話……蘭他們一定會擔心我們的！」江戶川柯南面色難看的說道，他趕緊滑動系統版面到商城，「有什麼辦法……」
萩原研二也幫忙找著，不一會兒他就瞄到一個商品，他伸出爪子放在江戶川柯南活動的手指上，［這裡這裡！這個東西可以嗎？］
「【替代人偶】，代替主人行動……是消耗品，應該不會被發現吧？」江戶川柯南立刻買了兩個。
『告，【替代人偶】已送達……接收成功。』
兩個小木頭人出現在江戶川柯南攤平的手掌上，小木頭人的關節做的很細緻，沒有五官的臉上很平滑不粗糙，其他部位也沒有任何瑕疵。他轉動了幾下後，讓萩原研二叼著小木頭人到地上，並開啟了【替代人偶】的能力！
不一會兒，在病房內出現了兩對長相一模一樣的孩子跟幼犬。
「你……」江戶川柯南才剛說出一個字，對面的『江戶川柯南』就接話了。
「主人，我擁有著你記憶，所以我知道要怎麼做，你不必擔心。」
看到人偶這麼智能後，江戶川柯南反而有點擔心了，他在心裡問道：
<系統，【替代人偶】會有反抗思想嗎？例如殺掉本人代替其身份？>
『告，否定，【替代人偶】無法做出主人要求以外的行動，若是傷及主人，便會在三秒後自毀。』
江戶川柯南得到系統的回答後，心裡稍微放鬆了一些，他抬頭說道：「那就拜託你們了。」
「是。」人偶點點頭回應道。
「汪！」在一旁的小狗汪汪叫了幾聲，緊接著跳到蹲下來準備抱他的『江戶川柯南』懷裡。
「汪！」
［小柯南！這邊是真的狗狗？］萩原研二看著跟他一模一樣的狗狗，興奮的在病床上蹦蹦跳跳。
「看來的確是……？」聲音也沒傳過來……江戶川柯南好奇的觀察了人偶狗狗，「對了，你身體是木頭還是……」
「如果你是擔心觸感的話，這是我的皮膚，還有裡面的血液是主人你的，不必擔心會從這裡被識破。」人偶走到江戶川柯南旁邊，將手臂抬起放在他手上，任由他翻來翻去的檢查。
「真厲害，連指紋也！」江戶川柯南震驚的看著人偶指腹的指紋，他連忙從自己的旁邊的包裡掏出蒐集指紋的貼紙，將它貼在了人偶的指腹上，這個指紋和他自己是一樣的。
就在這時，系統的聲音又傳來。
『告。距離副本開啟時間——5、4、3、2、1！副本即將開啟！』
「那就拜託你們了！」
「汪汪！」
［另一個小研二，就拜託你了哦！］
「我知道了。」
「汪！」
人偶抱著幼犬坐到了病床上，將本來固定在本體身上的儀器一一戴好。
這時，病房門被敲響了。
人偶轉過頭看向走進門來的毛利蘭等人。
