其實黃巾一開始並不是武裝起義而是宗教活動。
張角所創立的太平道為朝廷所承認同時放任其佈道的宗教團體,十餘年來吸收信眾數十萬人,連士族與宦官也有太平道信徒,之後張角以「蒼天已死、黃天當立、歲在甲子、天下大吉」的口號號招信眾前往鉅鹿,準備進行一場由鉅鹿到常山真定的朝聖之旅,同時派遣弟子唐周與馬元義到洛陽向宦官封續報備,結果唐周直接向朝廷告發這場宗教活動,導致馬元義遭到車裂,張角也成為通緝要犯,張角只好提早發動這場宗教活動。
黃巾起事後依然照原訂計畫走向常山真定進行朝聖之旅,同時據{續漢志}的附錄物理論記載:「黃巾被服純黃,不將尺兵,肩長衣,翔行舒步,所至郡縣無不從,是日天大黃也。」可以得知黃巾最初只是沒有武裝的宗教遊行活動,卻因為太平清道領的核心理念是君王集權,直接妨礙到士族的既得利益,朝廷最終將其定義為叛亂後派兵圍剿,黃巾只好武裝起自己反抗鎮壓,只是沒有作戰經驗的平民根本不是正規軍的對手,所以短短九個月就在張角病死後迅速被鎮壓下來。
朝廷將領們為了爭功,對黃巾進行殘酷的屠戮,朱雋為了累積功勳拒絕黃巾投降一律斬殺,皇甫嵩甚至將數十萬遭到屠戮的黃巾築成京觀彰顯自己的功績,結果導致更多百姓家破人亡流離失所,張角死後各州郡都湧現百萬流民,這些流民一律被朝廷定義為黃巾殘黨,同時士族藉由討伐黃巾為由開放地方政府擁兵的權力,徹底弱化朝廷對地方的控制力,成為後來群雄割據的導火線。
在討伐黃巾的將領中唯有曹操同情黃巾,而且曹操在擔任濟北相期間拆除許多怪力亂神的淫祠,卻唯獨保護道家的祠堂,使得黃巾普遍對曹操有好感,曹操被鮑信擁立為兗州牧後黃巾殘黨曾寫信給曹操釋出善意,曹操在擊敗黃巾後也投桃報李將黃巾殘黨一律收編麾下號為青州兵,之後的白波賊徐晃、黑山賊張燕等黃巾殘黨也紛紛投靠曹操,甚至後來的漢中張魯也因為曹操對道教的寬容,被曹操打敗後有人勸說張魯投靠劉備,結果張魯怒罵寧為曹操奴不為劉備座上賓選擇歸降曹操,從此張魯的五斗米教被曹操信奉為國教,直到東晉時期依然有人信奉五斗米教。
只是由黃巾組成的青州兵雖然數量龐大,戰鬥能力卻非常低落,而且軍紀相當敗壞,經常趁亂掠奪百姓,所以曹操後來除了利用青州兵人數優勢來震懾內部其他擁有私兵的將領外,基本上只讓他們參與屯田,同時青州兵只願意效忠曹操一人,曹操死後青州兵拒絕效忠曹丕,紛紛選擇卸甲歸田,曹丕也因為害怕青州兵會成為他稱帝後的社會治安隱患,在黃初四年以及黃初五年接連派兵鎮壓青州兵主要卸甲歸田的廣陵,從此青州兵再也沒有出現在歷史舞台中。