《民國志》華南史：臺閩地方史─【澎湖志】明鄭時代的澎湖安撫司（約1650─1683）
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清世祖順治元年／大順永昌元年（1644），明朝政權在北方崩潰後，南方尚存心向明室的勢力，但南明暫無暇管治澎湖，使澎湖進入一段無政府狀態，也成為臺灣荷蘭東印度公司（荷蘭語：Vereenigde Oost-Indische Compagnie，簡稱VOC）一個暫時停靠、運輸物資的中介站。
以《熱蘭遮城日誌》（荷蘭語：De Dagregisters van het Kasteel Zeelandia）的記載為例：僅明昭宗永曆2年／順治5年（1648）5月各船從澎湖便引進共185頭牛隻，同年6月也有57頭，而1640年代起幾乎每月都有牛隻從澎湖引進，澎湖乃成為提供臺灣牛隻的重要地方。此時期由大員（臺灣）運往澎湖當地而非為了轉運的貨品則主要為糖水、米、麥、亞拉克酒（Arack）、鹿肉乾、鹿角、芋頭等食用品，其中又以糖水運至澎湖的數量最多，如永曆8年／順治11年（1654）6月6日載2,700斤的糖水，之後在同月17日又運往去2,100斤的糖水。
永曆10年／順治13年（1656），南明延平王鄭成功的軍隊以以福建的廈門、金門為基地，在華南與清軍頻繁交戰，此時亦完全控制了海權。鄭成功還派洪兵爺前往澎湖收取規稅，顯示在南明時澎湖大致上成為明鄭勢力範圍。永曆12年／順治15年（1658），鄭成功讓魯王朱弘桓在此留駐2年。
