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坐落在望劍峰的天玄門劍派,因調查妖魔傷人事件與一眾夜魑發生爭鬥,最後天玄門大弟子殷劍平因為不忍殺害幼小的夜魑而被掌門應奉仁逐出天玄門。
劍平被逐出師門後來到襄陽城,並且遇上了四象門的女弟子封寒月,兩人在躲避四象門追殺的路途上遇見了運著皇標的京城武官上官遠,就在此時皇標被四邪之一的高戚奪走。
為了奪回皇標眾人陸續向神隱上人、紫楓請教,途中接連遇見了劍聖、血鎖人屠鮮于超、東瀛降魔師真胤等人,並且得知被奪去的皇標乃是上古魔神蚩尤的雙角之一,而四邪等人的目的多半是為了復活蚩尤。
靈山老人因四邪的陰謀而喪命,臨終前將四象門託付給封寒月。劍平在此番爭鬥中,得知劍邪原來便是自己的父親,但為了天下蒼生安危,仍然決定與其父對抗。
眾人為阻止四邪的陰謀,決定前往地界,在赤煉淵通過劍聖的考驗取得九儀天尊劍,但在與蚩尤附身的寒月戰爭中毀壞。
遊戲中若有取得七色瓔絡的話就可以修復九儀天尊劍走向完美結局,在與劍邪的決戰最後,劍邪殷千煬無法完全放下為人父的感情牽掛,刻意中了劍平的九儀天尊劍一擊,臨終之時託付劍平等人阻止蚩尤復活的使命。
遊戲中若無取得七色瓔絡則會走向壞結局,與劍邪的決戰因無任何方法可以擊破殷千煬的天魔護鎧,封寒月只好使用禁法最後與劍邪同歸於盡。
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