長門 有希(ながと ゆき)
声 - 茅原実里
情報統合思念体によって造られた対有機生命体コンタクト用ヒューマノイドインターフェース(宇宙人)。SOS団専属無口キャラ(ただし原作よりは饒舌)。唯一の文芸部員であり、コンピ研準部員。基本的に無表情ではあるが、目を輝かせる、涙を浮かべる、ふくれっ面をする、落ち込むなど、原作よりも感情豊か(ただし声は無感情)。原作では読書家だったが、本作では「ゲーム好き」というキャラ付けになっており、ゲーム以外にもコスプレや特撮などに興味を持ち、多趣味であると補足されている。物事にそれらの趣味が絡むと、しばしば暴走してそれをハルヒに諌められることもある。また様な萌え属性(「妹」、「メイド」「巫女」など)に対して「○○は素晴らしい」と発言しており、その事でキョンに「一度自分のキャラを見直せ」と突っ込まれている。逆に本、特に小説の類は読まなくなり、攻略本や漫画を読むことが多くなっている。原作同様、超人的な能力を持っているが使用することは少ない。キョンにもらったウサギ型ヘッドホンを愛用している。原作の「見た目に反して大食い」という設定をさらに発展させて、トリュフチョコやポッキーの空箱の山を築き上げたり、大食い大会で優勝したりしている。5秒で眠れる(記録5秒43)ほど寝つきがいい。
漫画版では原作とは違い私服を着ている場面が多あるが、アニメでは原作通り家の中でも外出先でも北高の制服を着ており、それ以外の服を着ている回数(コスプレを除く)が少ない。
SOS団やその周囲の人物をモチーフに恋愛ゲームを自作した事があるが、自身のシナリオは原作の『消失』の展開になっていた。
漫画のラスト2ページは彼女とあちゃくら&キミドリさんの4コマとなっており、アニメもあちゃくらさん登場以降、偶数話がその4コマ部分をアニメ化したものになっており、半ば主役級の扱いとなっている。
ナストラップ
キョンの初夢に登場するナスの着ぐるみを着た携帯ストラップサイズの長門。キョンが目覚めるためにアドバイスをする。実際に『少年エース』で付録として作られた。
ナス長門(ナスながと)
ナスの着ぐるみを着た長門。ナストラップが人間サイズになったもので、2度目の初夢話の際、牛になってしまったキョンの妹を元に戻すため構成情報を一手に引き取った事で等身大化した。本人曰く「まだ2つ進化の過程を残している」らしい。